TkA04G354020 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G354020

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 89302292-89306370 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1414 bp · TkA04G354020|TK1151|cDNA

ATAAGAGCCATTATGTGTTACTAATCATTAATTTAAAGACACATGATTGCTGACTACAGTATATTTTAATCCTTGGCCTCACTTCTTACAACATTAGCATTTAAAAATACGACAAATGTCAACAACATTGAAGCCCCACATCAGAAATTCTTGAACCAAAACTGTAATTTTTGATTTGCATGTGAAAAGTGACATCGAAAGGACCCTTTTATACGACATCATCTTCATCAATGGGTACCAATTTCACTTTCACTTTCACA...

CDS

下载 CDS FASTA

1107 bp · TkA04G354020|TK1151|CDS

ATGGGTACCAATTTCACTTTCACTTTCACATCCATCTTCTTCTCCCAAATCTCCATGAGCAACACTCGGTTTCTGGGTTTATACATCACCATATGCGTATTAGCTTTCATCGTCTCAAAGATCACCATAGCTGTCCTCTGCTATCGCCGATGGCAGAAAAAACAGTTCGTCATTCAAGACACCTTCTCTGGTGGAAAGCTGGTACTGTTCAGATCACCGAAGATCAAAACCGTAAAATCGAATGTGTTTTTGAAGAAGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

368 aa · TkA04G354020|TK1151|PROTEIN

MGTNFTFTFTSIFFSQISMSNTRFLGLYITICVLAFIVSKITIAVLCYRRWQKKQFVIQDTFSGGKLVLFRSPKIKTVKSNVFLKKTMKLTNKDQIGSGGYGMVYKVTIDDSTSFAVKKLRKESSEHDRGFERELEAMGDIKHRNIVTLHGYYTAPNFNLLIYELMPNGSLDVVLHGRTMEKVLDWDTRYKIAIGAARGISYLHHDCIPHIIHRDIKSSNILLDVNMEARVSDFGLATLMDQDKTHVSTLVAGTFGYLAP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G354020`
TK1151 ID	TkA04G354020
OH-1004 ID	LXL04_039751
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.043 / OH-1004 87.097 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G354020

位置 Chr04:89302292-89306370 (+)

描述 Similar to At1g78530: Receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g78530

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g78530`	类受体丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g78530。	暂无已核实直接文献
`At1g31420`	参与细胞壁功能和纤维素生物合成相关的信号转导；该信号可能涉及1-氨基环丙烷-1-羧酸（ACC，乙烯前体）。	Two leucine-rich repeat receptor kinases mediate signaling, linking cell wall biosynthesis and ACC synthase in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.063354
`At2g35620`	参与细胞壁功能和纤维素生物合成相关的信号转导；该信号可能涉及1-氨基环丙烷-1-羧酸（ACC，乙烯前体）。	Two leucine-rich repeat receptor kinases mediate signaling, linking cell wall biosynthesis and ACC synthase in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.063354
`At5g07280`	具有丝氨酸／苏氨酸蛋白激酶活性的受体，决定雄性孢原细胞起始细胞的正确数量，并进一步决定绒毡层和中间层细胞的特性。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0114400`	可能参与油菜素内酯（BR）的感受。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039751 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009664 plant-type cell wall organization 生物过程

GO:0009729 detection of brassinosteroid stimulus 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程

GO:0010192 mucilage biosynthetic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G31420

ath:AT1G78530

ath:AT2G01950

ath:AT2G35620

dosa:Os09g0293500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.767

排名 1 · TkA04G354020 · TK1151

细胞质0.116

排名 2 · TkA04G354020 · TK1151

内质网0.114

排名 3 · TkA04G354020 · TK1151

细胞核0.062

排名 4 · TkA04G354020 · TK1151

溶酶体／液泡0.041

排名 5 · TkA04G354020 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07534TLD31-126 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr91-359 aa

PF00069Pkinase92-357 aa

PF01636APH97-167 aa

PF01636APH209-241 aa

PF17667Pkinase_fungal210-282 aa

PF26146PI-PLC_X236-322 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G354020	`PF07534`	TLD	31	126	0.11	13.1
TkA04G354020	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	91	359	2.5e-47	162.1
TkA04G354020	`PF00069`	Pkinase	92	357	7.3e-48	164.0
TkA04G354020	`PF01636`	APH	97	167	0.034	14.6
TkA04G354020	`PF01636`	APH	209	241	0.034	14.6
TkA04G354020	`PF17667`	Pkinase_fungal	210	282	0.042	13.3
TkA04G354020	`PF26146`	PI-PLC_X	236	322	0.0034	17.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SYM9`	拟南芥	sp\|Q9SYM9\|Y1853_ARATH Receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g78530	69.200%	Swiss-Prot	高置信
`C0LGF4`	拟南芥	sp\|C0LGF4\|FEI1_ARATH LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FEI 1	49.700%	Swiss-Prot	中等置信
`C0LGL9`	拟南芥	sp\|C0LGL9\|FEI2_ARATH LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase FEI 2	48.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LYN8`	拟南芥	sp\|Q9LYN8\|EMS1_ARATH Leucine-rich repeat receptor protein kinase EMS1	47.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7G768`	水稻	sp\|Q7G768\|BRL2_ORYSJ Brassinosteroid LRR receptor kinase BRL2	51.600%	Swiss-Prot	高置信

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