TkA04G340050 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G340050

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 85902108-85912942 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2886 bp · TkA04G340050|TK1151|cDNA

TAGAAGGCCCGTGCATCGGGCTTTTCCCTAGTTTCCTAGAATAGAAGAAAATTGCAACAAGCCAACAATAATACATCATACAGACACCACTACCGCCAATGATTTTGTTTTAAAGAAAATGATGCAGTAAGATCAGAGTGACGCCATCATTGTTGCCATCCTGTGTTACCGGAATCTCCATAGCTCAATCCTTCAGGCTTCAGTCACTTCCGCCGATGTACTTGTGAGAAGCGAGACGCGAGTGAGACTGTTCAGAAGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1365 bp · TkA04G340050|TK1151|CDS

ATGTTGAAGTTAAAAAAAATAAAAGTATCACTATCACCACTAGAACATTCCATCACTATACCTGTTAAAATTCCCAAACCAAGATGGAAGGATTCTTCATTCATTGAACTTGAAAAATACGAACTAACTCTCCCACCTAACAATTCCACCATGGATCCTAAACCTATTTTGCGTTATTACACCTACACCTTACTTAAATCATCAGGTTGGTTAATTGGGAGAAGAAACAGAACCACACATTGTAAAGGTCGTGGAGAATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

454 aa · TkA04G340050|TK1151|PROTEIN

MLKLKKIKVSLSPLEHSITIPVKIPKPRWKDSSFIELEKYELTLPPNNSTMDPKPILRYYTYTLLKSSGWLIGRRNRTTHCKGRGEYVFKSPEGRPIREFYRAWNMCGQTLVKDADYKTLRDDINWKDLTQFQSDLSFALTKVKEFVDSVIVTDLAHSWYLLDPFAKLVFIDKRLSLLKEGKEVKAKRSLVNGLYSKNKKPKKEKKEKCCIKDDDLLMSAIFTRKRNRSTITKKNSPVLKVVKKYNNALGVTTVLSWLIK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G340050`
TK1151 ID	TkA04G340050
OH-1004 ID	LXL04_037731
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	75.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.749 / OH-1004 48.873 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G340050

位置 Chr04:85902108-85912942 (+)

描述 Similar to IDM1: Increased DNA methylation 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14980`	组蛋白 H3 乙酰转移酶，在缺乏组蛋白 H3K4 二甲基化或三甲基化的染色质位点结合甲基化 DNA，并催化 H3K18 和 H3K23 乙酰化。	A histone acetyltransferase regulates active DNA demethylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1126/science.1219416 Antisilencing role of the RNA-directed DNA methylation pathway and a histone acetyltransferase in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1208557109 Regulation of active DNA demethylation by an α-crystallin domain protein in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1016/j.molcel.2014.06.008

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037731 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006955 immune response 生物过程

GO:0006959 humoral immune response 生物过程

GO:0032722 positive regulation of chemokine production 生物过程

GO:0034728 nucleosome organization 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G14980

dme:Dmel_CG9594

hsa:326

mmu:11634

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.686

排名 1 · TkA04G340050 · TK1151

细胞质0.246

排名 2 · TkA04G340050 · TK1151

线粒体0.068

排名 3 · TkA04G340050 · TK1151

细胞膜0.044

排名 4 · TkA04G340050 · TK1151

内质网0.035

排名 5 · TkA04G340050 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22970DUF702863-108 aa

PF22970DUF7028194-208 aa

PF16135TDBD284-320 aa

PF07103DUF1365311-388 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G340050	`PF22970`	DUF7028	63	108	0.044	14.4
TkA04G340050	`PF22970`	DUF7028	194	208	0.044	14.4
TkA04G340050	`PF16135`	TDBD	284	320	4.3e-06	27.3
TkA04G340050	`PF07103`	DUF1365	311	388	0.18	12.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IXE7`	拟南芥	sp\|F4IXE7\|IDM1_ARATH Increased DNA methylation 1	38.700%	Swiss-Prot	低置信

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