TkA04G339730 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G339730

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 85801174-85811205 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1677 bp · TkA04G339730|TK1151|cDNA

TTTAATGTTTCTTCCATTGATTCTTCTCACGCATGTTATCTTCGTTTACTTTTTTCTGTATTCAAATTCATACGGAAATTAGTTCCGACTGATTTCATATCACCTTCCTATTAGTATGTATACCTACCGTTTCACGGAAGGACGATATGTTTTGATCCGTACCGGTTTTGACTGTATGAAGCTCGTAGAAACTTGATTTACCGTCGTTTTGAGTTTAATTACATCCAGGATCCTGAAATTTTGATATTCATTTCCGCATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1227 bp · TkA04G339730|TK1151|CDS

ATGGCTAAATTCAGTTGCTGCTTTGGGAACGTAGCTTCCCCAACTGGTGATGTTCATAGAGTTTACAATATATATTATTTATTGGATGCAGAACTTTTGGATGTTGACAATATGAGATTGTATACATACAAAGATTTGCAAATTGCCTCACAAGATTTTAAACCTGAAAATAAGATAGGACAGGGAGGTTTCGGTTCCGTTTATAAGGGACAGCTAAAAGATGGCAAATTAGTAGCTATAAAGGTGCTCTCTATTGAATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

408 aa · TkA04G339730|TK1151|PROTEIN

MAKFSCCFGNVASPTGDVHRVYNIYYLLDAELLDVDNMRLYTYKDLQIASQDFKPENKIGQGGFGSVYKGQLKDGKLVAIKVLSIESRQGVREFLTEITVISDIQHENLVKLHGYCVEKNHRILVYGYLKNGSLDQTLLVGGDCSIKFTWEIRRKICIGVAKGLAYLHEEVHPHIIHRDIKASNILLDEDFTPKISDFGLAKLLPSHLTHVSTRIAGTQGYLAPEYAIGGQLTRKADIYSFGVLLLEIVSGRPNQKKCLP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G339730`
TK1151 ID	TkA04G339730
OH-1004 ID	LXL04_037723
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.304 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G339730

位置 Chr04:85801174-85811205 (-)

描述 Similar to CRPK1: Cold-responsive protein kinase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g16670`	冷冻耐受的负调控因子，通过磷酸化14-3-3蛋白（例如GRF6）触发其从细胞质转移到细胞核以应对冷胁迫。	暂无已核实直接文献
`At1g56130`	可能的 LRR 受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g56130。	暂无已核实直接文献
`At1g56140`	可能的 LRR 受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g56140。	暂无已核实直接文献
`At1g07650`	可能的LRR受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At1g07650。	暂无已核实直接文献
`At3g14840`	可能的富含亮氨酸重复（LRR）受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At3g14840。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037723 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009625 response to insect 生物过程

GO:0045088 regulation of innate immune response 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0050826 response to freezing 生物过程

GO:0052542 defense response by callose deposition 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G16670

ath:AT1G29720

ath:AT1G56130

ath:AT1G56140

ath:AT1G70530

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.660

排名 1 · TkA04G339730 · TK1151

细胞质0.235

排名 2 · TkA04G339730 · TK1151

细胞核0.181

排名 3 · TkA04G339730 · TK1151

内质网0.056

排名 4 · TkA04G339730 · TK1151

高尔基体0.039

排名 5 · TkA04G339730 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12330Haspin_kinase40-108 aa

PF00069Pkinase54-323 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr56-324 aa

PF03109ABC158-92 aa

PF03109ABC1165-205 aa

PF17667Pkinase_fungal172-241 aa

PF12330Haspin_kinase174-204 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G339730	`PF12330`	Haspin_kinase	40	108	0.028	14.2
TkA04G339730	`PF00069`	Pkinase	54	323	3.7e-47	161.7
TkA04G339730	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	56	324	2.3e-45	155.6
TkA04G339730	`PF03109`	ABC1	58	92	8.3e-06	25.8
TkA04G339730	`PF03109`	ABC1	165	205	8.3e-06	25.8
TkA04G339730	`PF17667`	Pkinase_fungal	172	241	0.13	11.7
TkA04G339730	`PF12330`	Haspin_kinase	174	204	0.028	14.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93YN1`	拟南芥	sp\|Q93YN1\|CRPK1_ARATH Cold-responsive protein kinase 1	66.200%	Swiss-Prot	高置信
`C0LGH2`	拟南芥	sp\|C0LGH2\|Y1561_ARATH Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g56130	52.300%	Swiss-Prot	高置信
`C0LGH3`	拟南芥	sp\|C0LGH3\|Y5614_ARATH Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g56140	51.900%	Swiss-Prot	高置信
`C0LGE0`	拟南芥	sp\|C0LGE0\|Y1765_ARATH Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g07650	49.700%	Swiss-Prot	中等置信
`C0LGN2`	拟南芥	sp\|C0LGN2\|Y3148_ARATH Probable leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase At3g14840	48.000%	Swiss-Prot	中等置信

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