TkA04G337700 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G337700

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 85331641-85337642 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3496 bp · TkA04G337700|TK1151|cDNA

CCCGATTCTAGATCGGTTGGGATTTCATTTTCTATCTGTAGGTTTCAATGGCGTTTGAAGATCAAAATCCTTCCATCTGTAATCTTGTTGCTGTGTCATCTTCTAAAGCTCCCTCTCAACTAAATAAACCCCATTTATTCCTGTCAAAATCCGCCATCGCCGTCACGCCATGGCCCACGACACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATGGATTCTTTCTCTCTACCACTACAATTACCCTTCCTGCGCCTATCTCTTTTGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2031 bp · TkA04G337700|TK1151|CDS

ATGCTTTGTTTACCTCTCCGTTCTATTTCCCCTCACCCCAAAATCCAATTTCGATCGCAAACCCAAGTGTCGAGATTCTTGTCAACAACCCATTTTGTTCATCTCCATCGTCAAAATAAATATTTGAACAGAATTATCCACAGGAGTTACGGATATACTCCTGGTCCATGTCCTTGTTTGAAATCCGAAACAGAAATCTTCACTTCCAGCGAAGAAGAGTTCGATATGGAATTAGGCCGCCTGTTGAGGCTGTTGCCGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

676 aa · TkA04G337700|TK1151|PROTEIN

MLCLPLRSISPHPKIQFRSQTQVSRFLSTTHFVHLHRQNKYLNRIIHRSYGYTPGPCPCLKSETEIFTSSEEEFDMELGRLLRLLPEEMRRRANEHQELHQLIEVVMDLGRKPLARFPSGDFVLSDHLITVDDLEHATSLVGDFAIDNRAGISRTLHRISAIRNRKGAIIGLTCRVGRAISGSAKLLQDLVKDGASLLLIGPPGVGKTTIIRDIARMLANEYKKRVMIVDTSNEIGGDGDIPHAGIGNARRMQVPDTDMQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G337700`
TK1151 ID	TkA04G337700
OH-1004 ID	LXL04_037713
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G337700

位置 Chr04:85331641-85337642 (+)

描述 Similar to SPD1: Protein SEEDLING PLASTID DEVELOPMENT 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g10420`	胚胎中eoplast质体（种子成熟脱绿和脱水阶段高度简化的质体）的发育，以及幼苗生长早期该质体的再分化所必需。	A mutation in Arabidopsis seedling plastid development1 affects plastid differentiation in embryo-derived tissues during seedling growth.2011 · DOI: 10.1104/pp.110.161414

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037713 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009657 plastid organization 生物过程

GO:0010431 seed maturation 生物过程

GO:0030435 sporulation resulting in formation of a cellular spore 生物过程

GO:0090677 reversible differentiation 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

GO:0031972 chloroplast intermembrane space 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G10420

bsu:BSU24430

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.790

排名 1 · TkA04G337700 · TK1151

线粒体0.121

排名 2 · TkA04G337700 · TK1151

细胞质0.082

排名 3 · TkA04G337700 · TK1151

细胞核0.073

排名 4 · TkA04G337700 · TK1151

过氧化物酶体0.039

排名 5 · TkA04G337700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13238AAA_1833-88 aa

PF07726AAA_362-93 aa

PF13401AAA_2278-137 aa

PF20030bpMoxR79-104 aa

PF19568Spore_III_AA171-323 aa

PF00437T2SSE183-306 aa

PF02367TsaE184-220 aa

PF03193RsgA_GTPase184-217 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G337700	`PF13238`	AAA_18	33	88	2.1e-06	29.0
TkA04G337700	`PF07726`	AAA_3	62	93	0.046	14.3
TkA04G337700	`PF13401`	AAA_22	78	137	4.6e-06	27.7
TkA04G337700	`PF20030`	bpMoxR	79	104	0.014	15.2
TkA04G337700	`PF19568`	Spore_III_AA	171	323	1e-14	55.2
TkA04G337700	`PF00437`	T2SSE	183	306	0.0059	16.0
TkA04G337700	`PF02367`	TsaE	184	220	0.013	16.2
TkA04G337700	`PF03193`	RsgA_GTPase	184	217	0.072	13.6
TkA04G337700	`PF13481`	AAA_25	185	219	0.00013	22.4
TkA04G337700	`PF13604`	AAA_30	185	283	0.00025	21.6
TkA04G337700	`PF04851`	ResIII	185	231	0.026	15.2
TkA04G337700	`PF00931`	NB-ARC	185	233	0.027	14.8
TkA04G337700	`PF12775`	AAA_7	186	226	0.00014	22.2
TkA04G337700	`PF20720`	nSTAND3	188	232	0.00016	22.1
TkA04G337700	`PF01695`	IstB_IS21	189	211	0.13	12.5
TkA04G337700	`PF13086`	AAA_11	191	233	0.0071	16.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4J3R7`	拟南芥	sp\|F4J3R7\|SPD1_ARATH Protein SEEDLING PLASTID DEVELOPMENT 1	49.700%	Swiss-Prot	中等置信

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