TkA04G336980 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G336980

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 85142761-85148219 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2367 bp · TkA04G336980|TK1151|cDNA

TCTTAATCTTTTCAAGAACTTTTCATCAAATAAATACCTCTCTCCATGATCAAAACACACAAACTTCATTTTCAAAATGGGAAAGTTTGCAAAGATTACAAGAAACTCATTGTTTCTTATAATCCTTCTAACTTTAAATGTTAGTGCGCGTTTCTTACACACCGATTTGATTCAGGATGGCATTGATGATGTGGCACGAGTGGAAAATACATCTTTCTTGCATATCAAAGGAATCGATTCTTCTTCTTCTTCCTCTTCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1689 bp · TkA04G336980|TK1151|CDS

ATGGGAAAGTTTGCAAAGATTACAAGAAACTCATTGTTTCTTATAATCCTTCTAACTTTAAATGTTAGTGCGCGTTTCTTACACACCGATTTGATTCAGGATGGCATTGATGATGTGGCACGAGTGGAAAATACATCTTTCTTGCATATCAAAGGAATCGATTCTTCTTCTTCTTCCTCTTCTTATTCTTCTTCAGAAGATGAACATTGTGAGCAAATGTACGGATTTCTCCCATGTTCTGAAAACATCCTAGGGCATAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

562 aa · TkA04G336980|TK1151|PROTEIN

MGKFAKITRNSLFLIILLTLNVSARFLHTDLIQDGIDDVARVENTSFLHIKGIDSSSSSSSYSSSEDEHCEQMYGFLPCSENILGHIFLIIVYEYLLYHGECYVLSGGKRIFKILGPGIFGASAFQVLGFLPESLILLVSGLFNTQEVAQEYVLTGVGLLGGSTIFLLTVLWGTCVLVGCQEFDSEFSSNASLGPNRTRFKKWYSFLTGCGVTTNEETTSAAKIMLLSLIPFLFLLIPKLFGMSYTSHGYIFIITLPVSV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G336980`
TK1151 ID	TkA04G336980
OH-1004 ID	LXL04_039565
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	94.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.754 / OH-1004 79.044 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G336980

位置 Chr04:85142761-85148219 (-)

描述 Similar to NCL2: Sodium/calcium exchanger NCL2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g53210`	当在异源哺乳动物CHO-K1细胞系统中表达时，具有钠/钙交换（NCX）活性。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0247800`	可能作为钠/钙交换蛋白（NCX）发挥功能，并参与维持钙稳态。	暂无已核实直接文献
`Os01g0212400`	可能作为钠/钙交换蛋白（NCX）发挥功能，并参与维持钙稳态。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039565 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006814 sodium ion transport 生物过程

GO:0006874 intracellular calcium ion homeostasis 生物过程

GO:0055074 calcium ion homeostasis 生物过程

GO:0070588 calcium ion transmembrane transport 生物过程

GO:0071472 cellular response to salt stress 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53210

dosa:Os01g0212400

dosa:Os02g0247800

osa:4325568

osa:4328874

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.530

排名 1 · TkA04G336980 · TK1151

溶酶体／液泡0.196

排名 2 · TkA04G336980 · TK1151

内质网0.162

排名 3 · TkA04G336980 · TK1151

细胞质0.110

排名 4 · TkA04G336980 · TK1151

高尔基体0.067

排名 5 · TkA04G336980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26330DUF8085197-218 aa

PF30624EF_SSP120280-307 aa

PF23564EF-hand_FSTL1289-378 aa

PF25578EF-hand_STIM1301-377 aa

PF13499EF-hand_7315-340 aa

PF13499EF-hand_7316-380 aa

PF00036EF-hand_1317-343 aa

PF13405EF-hand_6317-342 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G336980	`PF26330`	DUF8085	197	218	0.11	13.2
TkA04G336980	`PF30624`	EF_SSP120	280	307	0.0014	19.9
TkA04G336980	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	289	378	1.4e-07	32.6
TkA04G336980	`PF25578`	EF-hand_STIM1	301	377	0.021	15.6
TkA04G336980	`PF13499`	EF-hand_7	315	340	1.6e-18	67.5
TkA04G336980	`PF13499`	EF-hand_7	316	380	1.6e-18	67.5
TkA04G336980	`PF00036`	EF-hand_1	317	343	5.9e-17	60.6
TkA04G336980	`PF13405`	EF-hand_6	317	342	1.2e-12	47.1
TkA04G336980	`PF13202`	EF-hand_5	318	339	4e-06	26.8
TkA04G336980	`PF13833`	EF-hand_8	320	343	1.5e-05	25.4
TkA04G336980	`PF10591`	SPARC_Ca_bdg	320	378	6.1e-05	24.0
TkA04G336980	`PF29248`	TP0900_4th	320	384	0.21	12.1
TkA04G336980	`PF26330`	DUF8085	335	408	0.11	13.2
TkA04G336980	`PF30624`	EF_SSP120	351	378	0.0014	19.9
TkA04G336980	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	352	382	1.4e-07	32.6
TkA04G336980	`PF08807`	DUF1798	353	394	3.0	8.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L636`	拟南芥	sp\|Q8L636\|NCL_ARATH Sodium/calcium exchanger NCL	37.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6K3R5`	水稻	sp\|Q6K3R5\|NCL2_ORYSJ Sodium/calcium exchanger NCL2	41.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q5QNI2`	水稻	sp\|Q5QNI2\|NCL1_ORYSJ Sodium/calcium exchanger NCL1	41.600%	Swiss-Prot	中等置信

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