TkA04G329140 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G329140

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 83118525-83126495 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4208 bp · TkA04G329140|TK1151|cDNA

ATTAGACTGTTTCCTGCATTCCCATTCTGAGAAAACCGAATATGGCGGTCCACTCCCATATTCCCGAAAACCCAACGGTGGTCGCTCTAGCCAAACCAACAATGATACCTGCACAGATCGGGACGAAAATCAATCCACCAGTCAACGAATTTCAGCCATGATCGGAGGAAACGTCGATTATCCGCGTACACAGTAAAATCAACCAACAATTGAACTCACTCGCCGGACTGATTAGTGATTACCGTCGAAGACAAGGCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

3582 bp · TkA04G329140|TK1151|CDS

ATGGAGAATTTTTTAGCTCAATTTCAGTCCATCAAAAACTCTTGTAATCGCCTCGTCATTGCAGTTGACGATGTGAATGATGTGTGGCCTCTCGTCAAGGAAGGATTTGAGAAACGGCTTCCATTCAAAAAAGCTATATTGAACAACAAAACCCGTAATCCTGTAACTGTACATAATCTACCAGCTGAATTCATCCTAGCATCAGATCTAAAGGTCCGAAGTCGCTTCATTCCAGATCAACCATTGTTCTGGTTTCGAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1193 aa · TkA04G329140|TK1151|PROTEIN

MENFLAQFQSIKNSCNRLVIAVDDVNDVWPLVKEGFEKRLPFKKAILNNKTRNPVTVHNLPAEFILASDLKVRSRFIPDQPLFWFREPYATVVLITCEDLDEFKTILKPRLKLTLQNDEKQWFIVFVSKAARHNDQAYKMAQKVYGRVEVDFNSRKRERCCKYDLHGPEGTFWEELEFKIMECIRNSLDRRIQFYEDEIRKLSELRFMPIWSFCNFFMLKESLAFMFEMAHLNEESLREYDELELCYLETVKNPGRLREF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G329140`
TK1151 ID	TkA04G329140
OH-1004 ID	LXL04_037613
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G329140

位置 Chr04:83118525-83126495 (-)

描述 Similar to TRS130: Trafficking protein particle complex II-specific subunit 130 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g54440`	TRAPP II 复合物的特定亚基，一种高度保守的囊泡束缚复合物，是在高尔基体后运输途径中将蛋白质正确转运到有丝分裂活跃细胞中生长的细胞板所必需的。	A putative TRAPPII tethering factor is required for cell plate assembly during cytokinesis in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03331.x A specific role for Arabidopsis TRAPPII in post-Golgi trafficking that is crucial for cytokinesis and cell polarity.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04681.x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0554400`	TRAPP II复合物的特定亚基，这是一个高度保守的囊泡固定复合物，对于将蛋白质正确运输到有丝分裂活跃细胞中新生细胞板的高尔基体后转运通路是必需的。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037613 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程

GO:0000919 cell plate assembly 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006901 vesicle coating 生物过程

GO:0034498 early endosome to Golgi transport 生物过程

GO:0099022 vesicle tethering 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005769 early endosome 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G54440

ddi:DDB_G0273209

ddi:DDB_G0273719

dosa:Os12g0554400

hsa:7109

mmu:216131

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.506

排名 1 · TkA04G329140 · TK1151

细胞核0.330

排名 2 · TkA04G329140 · TK1151

高尔基体0.151

排名 3 · TkA04G329140 · TK1151

内质网0.095

排名 4 · TkA04G329140 · TK1151

细胞膜0.092

排名 5 · TkA04G329140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23036TRAPPC10_1st16-205 aa

PF13424TPR_12130-146 aa

PF00339Arrestin_N134-186 aa

PF30303TRAPPC10-Trs130_NTS312-484 aa

PF30303TRAPPC10-Trs130_NTS484-633 aa

PF11817Foie-gras_1519-611 aa

PF13424TPR_12548-598 aa

PF00515TPR_1549-572 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G329140	`PF23036`	TRAPPC10_1st	16	205	1.6e-18	67.4
TkA04G329140	`PF13424`	TPR_12	130	146	0.02	15.8
TkA04G329140	`PF00339`	Arrestin_N	134	186	0.074	13.8
TkA04G329140	`PF30303`	TRAPPC10-Trs130_NTS	312	484	3.3e-178	593.2
TkA04G329140	`PF30303`	TRAPPC10-Trs130_NTS	484	633	3.3e-178	593.2
TkA04G329140	`PF11817`	Foie-gras_1	519	611	0.00035	21.0
TkA04G329140	`PF13424`	TPR_12	548	598	0.02	15.8
TkA04G329140	`PF00515`	TPR_1	549	572	0.14	12.7
TkA04G329140	`PF07719`	TPR_2	550	573	0.21	12.5
TkA04G329140	`PF28381`	Ig_TRS130	641	775	2.3e-62	209.4
TkA04G329140	`PF30304`	Ig_TRAPPC10_1st	688	744	5.6e-05	23.9
TkA04G329140	`PF12584`	TRAPPC10_C	700	730	2.7e-09	37.7
TkA04G329140	`PF00339`	Arrestin_N	719	744	0.074	13.8
TkA04G329140	`PF22038`	PRC2_EED_ins	798	860	0.21	12.4
TkA04G329140	`PF12584`	TRAPPC10_C	1081	1161	2.7e-09	37.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4K0C4`	拟南芥	sp\|F4K0C4\|TR130_ARATH Trafficking protein particle complex II-specific subunit 130 homolog	64.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q2QNU0`	水稻	sp\|Q2QNU0\|TR130_ORYSJ Trafficking protein particle complex II-specific subunit 130 homolog	62.100%	Swiss-Prot	高置信

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