TkA04G324310 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G324310

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 81958576-81959223 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

582 bp · TkA04G324310|TK1151|cDNA

TCCAAAACCAAAACCAAATCCTTTTCCGTAATTCCGATCTTCGAACAATACCAATGGCATCAAAGAACCAGGAGTTTCACGATTACTTACCTTTAATGGCGGATAAGTTAGGCGGGGAGGGTCTGATCGGGGAATTATGCAGCGGGTTTCAGCTCCTGGTGGACGCCGAAAAGGGGGTTATTACTTTTGAGAGTCTCAAGAACAATTCTTCGATTTTAGGGCTTCAGGATCTGAGCGATGATGATCTTCGGAGTATGTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

348 bp · TkA04G324310|TK1151|CDS

ATGGCATCAAAGAACCAGGAGTTTCACGATTACTTACCTTTAATGGCGGATAAGTTAGGCGGGGAGGGTCTGATCGGGGAATTATGCAGCGGGTTTCAGCTCCTGGTGGACGCCGAAAAGGGGGTTATTACTTTTGAGAGTCTCAAGAACAATTCTTCGATTTTAGGGCTTCAGGATCTGAGCGATGATGATCTTCGGAGTATGTTGAGGGAAGGCGATTTTGATGGAGATGGAGCGCTTAATCAGATGGAATTTTGTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

115 aa · TkA04G324310|TK1151|PROTEIN

MASKNQEFHDYLPLMADKLGGEGLIGELCSGFQLLVDAEKGVITFESLKNNSSILGLQDLSDDDLRSMLREGDFDGDGALNQMEFCVLMFRLSPDLMEQSEFLLEEALEHEFDQI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G324310`
TK1151 ID	TkA04G324310
OH-1004 ID	LXL04_037552
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G324310

位置 Chr04:81958576-81959223 (-)

描述 Similar to KRP1: Calcium-binding protein KRP1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g27280`	潜在的钙感受器，能够体外结合钙。	暂无已核实直接文献
`At5g54490`	潜在的钙感受器，能够体外结合钙。	暂无已核实直接文献
`At2g46600`	钙结合调节蛋白，可钙依赖性地与动力蛋白 KCBP 相互作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037552 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000226 microtubule cytoskeleton organization 生物过程

GO:0006289 nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0007099 centriole replication 生物过程

GO:0007283 spermatogenesis 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0032465 regulation of cytokinesis 生物过程

GO:0051028 mRNA transport 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G46600

ath:AT4G27280

ath:AT5G54490

bta:508601

mmu:26370

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.555

排名 1 · TkA04G324310 · TK1151

细胞核0.305

排名 2 · TkA04G324310 · TK1151

线粒体0.111

排名 3 · TkA04G324310 · TK1151

细胞膜0.096

排名 4 · TkA04G324310 · TK1151

高尔基体0.094

排名 5 · TkA04G324310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13405EF-hand_632-50 aa

PF14658EF-hand_937-90 aa

PF13833EF-hand_839-91 aa

PF00036EF-hand_141-49 aa

PF13499EF-hand_741-88 aa

PF12763EH51-100 aa

PF13405EF-hand_660-71 aa

PF00036EF-hand_164-91 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G324310	`PF13405`	EF-hand_6	32	50	0.032	14.7
TkA04G324310	`PF14658`	EF-hand_9	37	90	0.054	14.7
TkA04G324310	`PF13833`	EF-hand_8	39	91	3.6e-21	75.4
TkA04G324310	`PF00036`	EF-hand_1	41	49	0.00016	21.7
TkA04G324310	`PF13499`	EF-hand_7	41	88	0.0056	17.7
TkA04G324310	`PF12763`	EH	51	100	0.0033	18.0
TkA04G324310	`PF13405`	EF-hand_6	60	71	0.032	14.7
TkA04G324310	`PF00036`	EF-hand_1	64	91	0.00016	21.7
TkA04G324310	`PF13405`	EF-hand_6	65	89	0.032	14.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81831`	拟南芥	sp\|O81831\|CARP1_ARATH Calcium-binding protein KRP1	71.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LSQ6`	拟南芥	sp\|Q9LSQ6\|PBP1_ARATH Calcium-binding protein PBP1	67.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZPX9`	拟南芥	sp\|Q9ZPX9\|KIC_ARATH Calcium-binding protein KIC	56.200%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情