TkA04G309220 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G309220

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 78012156-78014984 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1599 bp · TkA04G309220|TK1151|cDNA

ATAAATTAGAGAAGAAAGGGAAATAAAGCCACTTCAATTTCTCCCTCAAAACTCAAACACACTCTAAGGTTTTAACCGCCATGCCAATTTCCGGCACACCTCCACCGCCGGTACTTCGATAAATACTCTCGAACGGGAGGAGCTACGATTGCGTCGTTAACAATCTCAAATATCCGATCAAAAACCATGTGTAGCAAATCAAAGAGGCTGACCATGGGCAAAGACAGAGGCCATAAGCAACAAGAAATTGATATCAGCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1377 bp · TkA04G309220|TK1151|CDS

ATGTGTAGCAAATCAAAGAGGCTGACCATGGGCAAAGACAGAGGCCATAAGCAACAAGAAATTGATATCAGCAATCTACCTGATTGTATCCTTCATCATATTCTGTCATTGATGCCCACAAAAGAAGCTGTAAAGACGTCCATATTATCTACAAGATGGAAGAACCTCTGGGCTTTTCTTCCCACCATTGTTCTTGATGATGGATTGTTGATGGCTAAAAAGGTTGAAGATGCAACTTCCTTTGTGAACTTTGTAGAAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

458 aa · TkA04G309220|TK1151|PROTEIN

MCSKSKRLTMGKDRGHKQQEIDISNLPDCILHHILSLMPTKEAVKTSILSTRWKNLWAFLPTIVLDDGLLMAKKVEDATSFVNFVERVLHLRGASNMEKLNLSCRVFQDSLKIRSWISDAIMHNVQELDLSLFANNPSMIPKSIFDNTSLVSLKIRMNCAIELPSHVSFPCLKTLHLFFVWFQNDDFTEKLFSGCPVLEELVLFKNCFKNLKNFVITSSILKSLNIRDQIYFRVFEDVSGCKIKIDAPNLTYFEYLGYLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G309220`
TK1151 ID	TkA04G309220
OH-1004 ID	LXL04_039779
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 81.640 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G309220

位置 Chr04:78012156-78014984 (-)

描述 Similar to At3g59240: Putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At3g59240

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g59240`	推定的F-box/FBD/LRR重复蛋白 At3g59240。	暂无已核实直接文献
`At4g22280`	F-盒蛋白 At4g22280。	暂无已核实直接文献
`At3g58860`	假定的F-box蛋白 At3g58860。	暂无已核实直接文献
`At4g14096`	F-box/LRR重复蛋白 At4g14096。	暂无已核实直接文献
`At3g59210`	F-box/LRR 重复蛋白 At3g59210。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039779 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）暂无功能描述

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G58860

ath:AT3G59240

ath:AT4G22280

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.882

排名 1 · TkA04G309220 · TK1151

细胞质0.176

排名 2 · TkA04G309220 · TK1151

细胞膜0.030

排名 3 · TkA04G309220 · TK1151

内质网0.027

排名 4 · TkA04G309220 · TK1151

质体0.013

排名 5 · TkA04G309220 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box23-58 aa

PF12937F-box-like23-56 aa

PF08387FBD24-34 aa

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF133-65 aa

PF23622LRR_At1g61320_AtMIF199-424 aa

PF24758LRR_At5g56370114-233 aa

PF07723LRR_2171-196 aa

PF07723LRR_2199-210 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G309220	`PF00646`	F-box	23	58	3.9e-09	36.8
TkA04G309220	`PF12937`	F-box-like	23	56	0.011	16.2
TkA04G309220	`PF08387`	FBD	24	34	9.6e-10	38.9
TkA04G309220	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	33	65	8e-15	55.8
TkA04G309220	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	99	424	8e-15	55.8
TkA04G309220	`PF24758`	LRR_At5g56370	114	233	1.2e-18	68.3
TkA04G309220	`PF07723`	LRR_2	171	196	3.1e-08	34.6
TkA04G309220	`PF07723`	LRR_2	199	210	3.1e-08	34.6
TkA04G309220	`PF00646`	F-box	218	233	3.9e-09	36.8
TkA04G309220	`PF24758`	LRR_At5g56370	304	365	1.2e-18	68.3
TkA04G309220	`PF08387`	FBD	344	360	9.6e-10	38.9
TkA04G309220	`PF07723`	LRR_2	350	355	3.1e-08	34.6
TkA04G309220	`PF08387`	FBD	380	422	9.6e-10	38.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LX47`	拟南芥	sp\|Q9LX47\|FDL46_ARATH Putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At3g59240	35.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q3E7K7`	拟南芥	sp\|Q3E7K7\|FB243_ARATH F-box protein At4g22280	30.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LXR6`	拟南芥	sp\|Q9LXR6\|FB207_ARATH Putative F-box protein At3g58860	29.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q94B46`	拟南芥	sp\|Q94B46\|FBL74_ARATH F-box/LRR-repeat protein At4g14096	31.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GW80`	拟南芥	sp\|Q8GW80\|FBL65_ARATH F-box/LRR-repeat protein At3g59210	31.600%	Swiss-Prot	中等置信

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