TkA04G308260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G308260

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 77771892-77774264 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1066 bp · TkA04G308260|TK1151|cDNA

CAGAGCCAGGTTTCGATCCTGGGACCTGTGGGTTATGGGCCCACCACGCTTCCGCTGCGCCACTCTGATTTGGTGATTGTAATAAATCAATAGCTCTCTTCTGCACTAGATTCTAGCCGATTGTATCATCGCACCATGAGACGCCGACCAGGGATCGGTGGCTTACAGACTGCCGCCGCCGCTAGAGATCAATATCGATTACTCGGAGAAAATGTAGCCAAGTTAAGAACCGATCTCATGAAAGAACAGCTTTCCACTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

756 bp · TkA04G308260|TK1151|CDS

ATGAGACGCCGACCAGGGATCGGTGGCTTACAGACTGCCGCCGCCGCTAGAGATCAATATCGATTACTCGGAGAAAATGTAGCCAAGTTAAGAACCGATCTCATGAAAGAACAGCTTTCCACTTTTCGTTCTCAATTAGAAGACTTTGCTCGCAAACACAAGAATGACATCCGAAAGAACCCTGTTTTCAGATCACAGTTCCATGAGATGTGTGCAAAAGTAGGTGTGGATCCACTAGCATCAAACAAAGGTTTCTGGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

251 aa · TkA04G308260|TK1151|PROTEIN

MRRRPGIGGLQTAAAARDQYRLLGENVAKLRTDLMKEQLSTFRSQLEDFARKHKNDIRKNPVFRSQFHEMCAKVGVDPLASNKGFWAELLGIGDFYYELGVQIVDICLATRPHNGGLINLEELCKILSQRRKGAREAVSEDDCLRAISKLKVLGSGFEVITVGKRKLVRSVPTELKKDHNEILELSQAQGFVTVEEVERRLSWPTGRAIDALDTLLDEGLAMIDDGHRDGKRRYWFPCVSSISSFVASDTL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G308260`
TK1151 ID	TkA04G308260
OH-1004 ID	LXL04_037438
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G308260

位置 Chr04:77771892-77774264 (-)

描述 Similar to VP22-1: Vacuolar protein sorting-associated protein 22 homolog 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g27040`	负责运输的内体分选复合体II（ESCRT-II）的组分，参与多泡体（MVB）形成及将内体货蛋白分选入MVB。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037438 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0016236 macroautophagy 生物过程

GO:0032456 endocytic recycling 生物过程

GO:0036258 multivesicular body assembly 生物过程

GO:0042176 regulation of protein catabolic process 生物过程

GO:0043328 protein transport to vacuole involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway 生物过程

GO:0045022 early endosome to late endosome transport 生物过程

GO:0045732 positive regulation of protein catabolic process 生物过程

GO:0061635 regulation of protein complex stability 生物过程

GO:0071985 multivesicular body sorting pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G27040

hsa:11267

mmu:27681

rno:287645

xtr:496607

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.532

排名 1 · TkA04G308260 · TK1151

细胞核0.523

排名 2 · TkA04G308260 · TK1151

溶酶体／液泡0.036

排名 3 · TkA04G308260 · TK1151

高尔基体0.034

排名 4 · TkA04G308260 · TK1151

线粒体0.034

排名 5 · TkA04G308260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04157EAP306-225 aa

PF20975DGCcoil12-60 aa

PF23005DUF703233-73 aa

PF14394DUF442333-55 aa

PF05600CDK5RAP335-77 aa

PF23005DUF7032120-133 aa

PF20975DGCcoil161-197 aa

PF14394DUF4423181-223 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G308260	`PF04157`	EAP30	6	225	4.8e-57	193.8
TkA04G308260	`PF20975`	DGCcoil	12	60	0.17	11.7
TkA04G308260	`PF23005`	DUF7032	33	73	0.18	12.3
TkA04G308260	`PF14394`	DUF4423	33	55	0.18	12.3
TkA04G308260	`PF05600`	CDK5RAP3	35	77	0.033	13.7
TkA04G308260	`PF23005`	DUF7032	120	133	0.18	12.3
TkA04G308260	`PF20975`	DGCcoil	161	197	0.17	11.7
TkA04G308260	`PF14394`	DUF4423	181	223	0.18	12.3
TkA04G308260	`PF01978`	TrmB	190	231	0.13	12.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5M759`	拟南芥	sp\|Q5M759\|VP221_ARATH Vacuolar protein sorting-associated protein 22 homolog 1	83.200%	Swiss-Prot	高置信

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