TkA04G305880 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G305880

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 77234860-77238550 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2662 bp · TkA04G305880|TK1151|cDNA

CAATTATTTAGTCAACAGTGACCTGGTGTAGTTACCCACTTGCTGGTTCGATTGCTTTTTGGTCGGTATTTTACGTCCGTTTATTTATCCACTATTTTCAACCTGCCGCTTTATCTTTTTGCTTCGTTCCTCCGGCGAACTTGACCGGCGTTCTTTACTCACTTTGCCGGACGTTCTCCAAACACAGGGATCGAACTATTTTAGGGATCTCAACGATTGTTCTCTCAGGAAGTGGATTTTGTGAATTATTAAAGTGTCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1839 bp · TkA04G305880|TK1151|CDS

ATGAAAGAGTTCGAGCACCTTAGAGTACCACTTGACTTCATAAAACATGCCACCAACAACTTTGGTGCGACCAACTTCATCGCCGAAGGTGGATTCGGAAAGGTATACAAAGGAGAATTTCAAGGAGAAGTGTTTTTCCACTCTGAGGGCCGGAATATTGGTGCTGTAAAGATCTTGGATCGATCAAAAGATCAAGCAGATGTTTCATTTTGGAGAGAGATCATGTTGCTATCCAGTTATCGTCATGAAAATATCATCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

612 aa · TkA04G305880|TK1151|PROTEIN

MKEFEHLRVPLDFIKHATNNFGATNFIAEGGFGKVYKGEFQGEVFFHSEGRNIGAVKILDRSKDQADVSFWREIMLLSSYRHENIISLLGFCDECDKRIIVYEYASNKSLDFHLCSPDLTWLQRLKICLGAACGLQYLHDPRGTQQRVLHRDIKSANILLDENWNAKIADFGLSKHGPANQQYTFLFSEAKGTLGYCDPMYVETMLLTKESDVYSFGVVLFEVLCSRHCVDYSYNDERRSLPVLVKKCYREKSLHTIIDV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G305880`
TK1151 ID	TkA04G305880
OH-1004 ID	LXL04_037425
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 50.000 / OH-1004 23.502 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G305880

位置 Chr04:77234860-77238550 (-)

描述 Similar to CPK9: Calcium-dependent protein kinase 9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g22280`	参与光敏色素信号传导的调控。	暂无已核实直接文献
`At1g34750`	可能的蛋白磷酸酶2C 10。	暂无已核实直接文献
`At1g78200`	可能的蛋白磷酸酶2C 17。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q7XQU7`	可能为蛋白磷酸酶2C 41。	暂无已核实直接文献
`Os04g0609600`	可能的蛋白磷酸酶2C 44。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037425 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004683 calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity 分子功能

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0009931 calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G50700

ath:AT3G20410

dosa:Os07g0515100

osa:4343373

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.412

排名 1 · TkA04G305880 · TK1151

细胞膜0.392

排名 2 · TkA04G305880 · TK1151

细胞核0.283

排名 3 · TkA04G305880 · TK1151

内质网0.058

排名 4 · TkA04G305880 · TK1151

高尔基体0.052

排名 5 · TkA04G305880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr26-298 aa

PF00069Pkinase27-296 aa

PF18439zf_UBZ91-103 aa

PF01636APH141-179 aa

PF03109ABC1145-183 aa

PF03109ABC1258-287 aa

PF00481PP2C374-605 aa

PF18439zf_UBZ380-386 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G305880	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	26	298	1.2e-42	146.8
TkA04G305880	`PF00069`	Pkinase	27	296	2.1e-40	139.5
TkA04G305880	`PF18439`	zf_UBZ	91	103	0.25	11.7
TkA04G305880	`PF01636`	APH	141	179	0.14	12.6
TkA04G305880	`PF03109`	ABC1	145	183	0.21	11.4
TkA04G305880	`PF03109`	ABC1	258	287	0.21	11.4
TkA04G305880	`PF00481`	PP2C	374	605	1.4e-53	182.9
TkA04G305880	`PF18439`	zf_UBZ	380	386	0.25	11.7
TkA04G305880	`PF03109`	ABC1	413	434	0.21	11.4
TkA04G305880	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	565	585	1.2e-42	146.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LME4`	拟南芥	sp\|Q9LME4\|P2C09_ARATH Probable protein phosphatase 2C 9	74.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9S9Z7`	拟南芥	sp\|Q9S9Z7\|P2C10_ARATH Probable protein phosphatase 2C 10	74.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q8L7I4`	拟南芥	sp\|Q8L7I4\|P2C17_ARATH Probable protein phosphatase 2C 17	68.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q7XQU7`	水稻	sp\|Q7XQU7\|P2C41_ORYSJ Probable protein phosphatase 2C 41	70.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q0JAA0`	水稻	sp\|Q0JAA0\|P2C44_ORYSJ Probable protein phosphatase 2C 44	61.800%	Swiss-Prot	低置信

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