TkA04G264120 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G264120

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 66828596-66829844 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

771 bp · TkA04G264120|TK1151|cDNA

ATTGTTACGTTTTAGATCTCCCGCTTCCCGTCTGAAAATTGGATAATTTTTGGAACCCTAGCTTCTCCTCCAGCGATTCGCGACAATGAAGCTTGTCAGGTTTTTGATGAAGTTGAACAACGAAACTGTTTCGATCGAGCTCAAGAATGGCACAGTTGTACACGGAACCATCACAGGTGTTGATATTAGTATGAACACACACTTGAAGACGGTGAAGTTGACACTGAAAGGGAAAAATCCAGTAACCCTTGACCACTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

345 bp · TkA04G264120|TK1151|CDS

ATGAAGCTTGTCAGGTTTTTGATGAAGTTGAACAACGAAACTGTTTCGATCGAGCTCAAGAATGGCACAGTTGTACACGGAACCATCACAGGTGTTGATATTAGTATGAACACACACTTGAAGACGGTGAAGTTGACACTGAAAGGGAAAAATCCAGTAACCCTTGACCACTTGAGTGTGAGAGGCAATAATATTCGTTATTATATACTTCCCGACAGCTTGAATTTGGAGACTTTGCTAGTGGAAGAGACTCCTAGAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

114 aa · TkA04G264120|TK1151|PROTEIN

MKLVRFLMKLNNETVSIELKNGTVVHGTITGVDISMNTHLKTVKLTLKGKNPVTLDHLSVRGNNIRYYILPDSLNLETLLVEETPRVKPKKPTAGRPVGRGRGRGRGRGRGRGR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G264120`
TK1151 ID	TkA04G264120
OH-1004 ID	LXL04_036989
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 87.719 / OH-1004 87.719 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G264120

位置 Chr04:66828596-66829844 (+)

描述 Similar to SMD1B: Small nuclear ribonucleoprotein SmD1b

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g07590`	参与拼接调节。	The Nuclear Ribonucleoprotein SmD1 Interplays with Splicing, RNA Quality Control, and Posttranscriptional Gene Silencing in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1105/tpc.15.01045
`At4g02840`	参与拼接调节。	The Nuclear Ribonucleoprotein SmD1 Interplays with Splicing, RNA Quality Control, and Posttranscriptional Gene Silencing in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1105/tpc.15.01045

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036989 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程

GO:0000395 mRNA 5'-splice site recognition 生物过程

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0035194 regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing 生物过程

GO:0043484 regulation of RNA splicing 生物过程

GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000243 commitment complex 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005682 U5 snRNP 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G07590

ath:AT4G02840

dme:Dmel_CG10753

mmu:20641

spo:2542690

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.887

排名 1 · TkA04G264120 · TK1151

细胞质0.241

排名 2 · TkA04G264120 · TK1151

细胞膜0.019

排名 3 · TkA04G264120 · TK1151

线粒体0.017

排名 4 · TkA04G264120 · TK1151

内质网0.014

排名 5 · TkA04G264120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11095Gemin72-37 aa

PF01423LSM5-69 aa

PF10842DUF26425-32 aa

PF22166WHD_ArnR19-53 aa

PF10842DUF264241-69 aa

PF25698EBNA2_Core86-114 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G264120	`PF11095`	Gemin7	2	37	0.054	14.1
TkA04G264120	`PF01423`	LSM	5	69	4e-18	65.6
TkA04G264120	`PF10842`	DUF2642	5	32	0.068	13.8
TkA04G264120	`PF22166`	WHD_ArnR1	9	53	0.0013	19.6
TkA04G264120	`PF10842`	DUF2642	41	69	0.068	13.8
TkA04G264120	`PF25698`	EBNA2_Core	86	114	0.16	11.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SSF1`	拟南芥	sp\|Q9SSF1\|SMD1A_ARATH Small nuclear ribonucleoprotein SmD1a	92.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SY09`	拟南芥	sp\|Q9SY09\|SMD1B_ARATH Small nuclear ribonucleoprotein SmD1b	92.100%	Swiss-Prot	高置信

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