TkA04G260260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G260260

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 65810098-65812034 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1349 bp · TkA04G260260|TK1151|cDNA

TTTTTTTGTCATTTGACAAATATAAAGTCTTTTACCACCATTGGTTTAGATAACCTATTAACAGAATTCAGTCAAGTGACTTCATTCAGAGAGATCAAACAGATGAATCTTACAAGCTTGGCGCGAGTCTCCTTTCTCTCAACTTCATTCACATCAAGAACACTCAATCGCTCCCTTGCTTACAGACCTATTTCTTGTTCATCACTTTCCCATACACCCACTTCACTAAACCCTAACCTCCCACTATTTCTCCGACCACC...

CDS

下载 CDS FASTA

1194 bp · TkA04G260260|TK1151|CDS

TTTTTTTGTCATTTGACAAATATAAAGTCTTTTACCACCATTGGTTTAGATAACCTATTAACAGAATTCAGTCAAGTGACTTCATTCAGAGAGATCAAACAGATGAATCTTACAAGCTTGGCGCGAGTCTCCTTTCTCTCAACTTCATTCACATCAAGAACACTCAATCGCTCCCTTGCTTACAGACCTATTTCTTGTTCATCACTTTCCCATACACCCACTTCACTAAACCCTAACCTCCCACTATTTCTCCGACCACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

397 aa · TkA04G260260|TK1151|PROTEIN

FFCHLTNIKSFTTIGLDNLLTEFSQVTSFREIKQMNLTSLARVSFLSTSFTSRTLNRSLAYRPISCSSLSHTPTSLNPNLPLFLRPPTFTATVSDLKKWQNWAKSLALSVGSSFADSDNGPDSDILHRELNWLIEDTLESPKSLLLSEHDAVLTLRAELGDLYSLWKQRIEKRRPFQYIVGCEHWRDLVLSVEEGVLIPRPETELIIDLVDDAIKQNVELKNGMWVDLGTGSGAIAIGIGRILGDSVRVTAIDLSPIAVQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G260260`
TK1151 ID	TkA04G260260
OH-1004 ID	LXL04_037218
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.992 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G260260`
位置	Chr04:65810098-65812034 (+)
描述	Similar to prmC: Release factor glutamine methyltransferase (Thermosynechococcus elongatus (strain BP-1)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_037218` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006415 translational termination 生物过程 GO:0032259 methylation 生物过程 GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能 GO:0036009 protein-glutamine N-methyltransferase activity 分子功能 GO:0102559 peptide chain release factor N(5)-glutamine methyltransferase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	gvi:glr1755 mta:Moth_2396 pma:Pro_0359 syn:sll1237 tel:tlr1836 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.760

排名 1 · TkA04G260260 · TK1151

线粒体0.270

排名 2 · TkA04G260260 · TK1151

细胞质0.058

排名 3 · TkA04G260260 · TK1151

细胞核0.047

排名 4 · TkA04G260260 · TK1151

过氧化物酶体0.016

排名 5 · TkA04G260260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10294Methyltransf_16119-133 aa

PF17827PrmC_N128-181 aa

PF00891Methyltransf_2174-286 aa

PF03602Cons_hypoth95187-315 aa

PF06325PrmA203-299 aa

PF01135PCMT214-280 aa

PF12847Methyltransf_18214-290 aa

PF10294Methyltransf_16216-287 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G260260	`PF10294`	Methyltransf_16	119	133	0.0048	17.4
TkA04G260260	`PF17827`	PrmC_N	128	181	0.07	14.5
TkA04G260260	`PF00891`	Methyltransf_2	174	286	0.022	14.8
TkA04G260260	`PF03602`	Cons_hypoth95	187	315	0.00095	19.6
TkA04G260260	`PF06325`	PrmA	203	299	2.4e-07	31.3
TkA04G260260	`PF01135`	PCMT	214	280	0.005	17.4
TkA04G260260	`PF12847`	Methyltransf_18	214	290	0.027	15.2
TkA04G260260	`PF10294`	Methyltransf_16	216	287	0.0048	17.4
TkA04G260260	`PF13489`	Methyltransf_23	218	274	0.0082	16.6
TkA04G260260	`PF05175`	MTS	221	303	5.5e-08	33.3
TkA04G260260	`PF02475`	TRM5-TYW2_MTfase	221	279	0.065	13.9
TkA04G260260	`PF30636`	Methyltransf_37	224	281	0.2	12.3
TkA04G260260	`PF13847`	Methyltransf_31	225	299	4.9e-06	27.1
TkA04G260260	`PF09445`	Methyltransf_15	225	290	0.00048	20.5
TkA04G260260	`PF13649`	Methyltransf_25	226	310	3.3e-05	25.2
TkA04G260260	`PF08242`	Methyltransf_12	226	273	0.033	15.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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