TkA04G230650 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G230650

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 58582161-58588598 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2148 bp · TkA04G230650|TK1151|cDNA

TGTGTGAAACTCGTGAAACTGATAGTTTAAAATTTAAATAACCATCTCTATCAGCTCCAAACTAATCAGATTACACCGAAGATAGATCAGTTATAATAACCCACTAGATCCGAACTTCAACATCCTTATCAATTCGTGACGAAATCAAATTGGGGGAATTATTTTTCTCTTGTTATATCAATCATCATCGAAGTGTTGTTGGGAGAATCAACAACCGGTGTGCTGGAAGCTTAATCTTTCGCCATTTGTACAAGAGTGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1608 bp · TkA04G230650|TK1151|CDS

ATGATAACGACGATGTTTGCTCGCACAATTCATCGCAGATTCAGTTTTCACCACTCTTCAATCTCACTCTCGAACTCATTACGTGGCAACAACAGCCACTCCCCCACGAATCTTCTTCGTCGCGAGATGAGCATGGAAACAGAACGTATTGTTGATCGGCTCAAGAGTTCTGGGCTATTGCAAACGAAAGGGCTTATTGGAGGGAAGTGGACTGATGCTTATGATGGGAAGACCATTGAGGTTAACAATCCTGCTAGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

535 aa · TkA04G230650|TK1151|PROTEIN

MITTMFARTIHRRFSFHHSSISLSNSLRGNNSHSPTNLLRREMSMETERIVDRLKSSGLLQTKGLIGGKWTDAYDGKTIEVNNPASGDVIASVACMGERETKDAISSAYDAFSHWSKLTANDRSSRLRNWYNLLLQHKEELGQLITLEQGKPLKEAIGEVGYGASFIEFFAEEAKRIYGDIIPSTLSDRRLFVLKQPVGVVAAITPWNFPLAMIARKVGPALACGCTVVIKPSELTPLTALAAAELALQSGIPPGVLNVV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G230650`
TK1151 ID	TkA04G230650
OH-1004 ID	LXL04_039355
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G230650

位置 Chr04:58582161-58588598 (-)

描述 Similar to ALDH5F1: Succinate-semialdehyde dehydrogenase, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g79440`	特异性氧化琥珀酸半醛。	Plant succinic semialdehyde dehydrogenase. Cloning, purification, localization in mitochondria, and regulation by adenine nucleotides.1999 · DOI: 10.1104/pp.121.2.589 Succinic semialdehyde dehydrogenase is involved in the robust patterning of Arabidopsis leaves along the adaxial-abaxial axis.2011 · DOI: 10.1093/pcp/pcr079

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0173900`	特异性氧化琥珀酸半醛。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039355 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006540 gamma-aminobutyrate shunt 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009450 gamma-aminobutyric acid catabolic process 生物过程

GO:0009943 adaxial/abaxial axis specification 生物过程

GO:0010492 maintenance of shoot apical meristem identity 生物过程

GO:0019477 L-lysine catabolic process 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0048825 cotyledon development 生物过程

GO:0051289 protein homotetramerization 生物过程

GO:0072593 reactive oxygen species metabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

aci:ACIAD2539

ath:AT1G79440

dosa:Os02g0173900

ecj:JW2636

eco:b2661

pae:PA0265

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.669

排名 1 · TkA04G230650 · TK1151

质体0.149

排名 2 · TkA04G230650 · TK1151

细胞质0.111

排名 3 · TkA04G230650 · TK1151

过氧化物酶体0.102

排名 4 · TkA04G230650 · TK1151

细胞核0.039

排名 5 · TkA04G230650 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00171Aldedh70-529 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G230650	`PF00171`	Aldedh	70	529	2.9e-174	580.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SAK4`	拟南芥	sp\|Q9SAK4\|SSDH_ARATH Succinate-semialdehyde dehydrogenase, mitochondrial	77.500%	Swiss-Prot	高置信
`B9F3B6`	水稻	sp\|B9F3B6\|SSDH_ORYSJ Succinate-semialdehyde dehydrogenase, mitochondrial	77.300%	Swiss-Prot	高置信

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