TkA04G197080 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G197080

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 50763829-50767847 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2908 bp · TkA04G197080|TK1151|cDNA

CAATGACAATTTACGTTCTCTCTCACACACAAACACCATAATCACACACTTCTCTCACTCGTCATCCCCCATGCATTTCTACAAGAAAGATATCCAAGCACAAATTCTTCTTTCTCACACACGCCATCTGTATATATATATATACTCTTCCCCAACTTCCACTTCTTCACACCTCCCATAACTTCTCACCTTCCCTACAACTACCAGCTTGCTGGGTCTCCCATGTCAAGGATAGTGGCGGACAATCTGATGACGGAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2334 bp · TkA04G197080|TK1151|CDS

ATGTCAAGGATAGTGGCGGACAATCTGATGACGGAAGCGTTTCATGATCGGCGACGGCAGGCGGCAGCGAATACAGCGCCTTCTCCGACTCTTGGAGAGCTTTTGAAGTATGTTGGAGATATTAGGAAGGAGGGAAATGGTGATGAGACGCCGGCGCATCGTGTTTTGGAGATGAGTGAAACCAGCAACGAGCCCCGGTCGTTGCCGTTTGTTTTATCGTTTAATAATCTCACCTATAGTGTAAAGGTTCGCAGTAAGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

777 aa · TkA04G197080|TK1151|PROTEIN

MSRIVADNLMTEAFHDRRRQAAANTAPSPTLGELLKYVGDIRKEGNGDETPAHRVLEMSETSNEPRSLPFVLSFNNLTYSVKVRSKMAVPVVFGGTTRLDGAPAATSMEAIGGERLFSRSKVLLNDISGQARDGEILAVLGASGSGKSTLIDALANRIAKGSLKGTVTLNGEQLESRLLKVISAYVMQDDLLFPMLTVEETLMFAAEFRLPRTLSKSKKKLRVQALIDQLGLRNAAKTVIGDEGHRGVSGGERRRVSIGI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G197080`
TK1151 ID	TkA04G197080
OH-1004 ID	LXL04_022004
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	83.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.981 / OH-1004 98.770 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G197080

位置 Chr04:50763829-50767847 (+)

描述 Similar to ABCG1: ABC transporter G family member 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g39350`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 1。	暂无已核实直接文献
`At5g13580`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 6。	暂无已核实直接文献
`At3g55090`	ABC转运蛋白G家族成员16。	暂无已核实直接文献
`At3g53510`	ABC 转运蛋白 G 家族成员 20。	暂无已核实直接文献
`At2g37360`	ABC转运蛋白G家族成员2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022004 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0010208 pollen wall assembly 生物过程

GO:0010345 suberin biosynthetic process 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0042626 ATPase-coupled transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0140359 ABC-type transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G37360

ath:AT2G39350

ath:AT3G53510

ath:AT3G55090

ath:AT5G13580

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.482

排名 1 · TkA04G197080 · TK1151

溶酶体／液泡0.199

排名 2 · TkA04G197080 · TK1151

内质网0.104

排名 3 · TkA04G197080 · TK1151

细胞质0.085

排名 4 · TkA04G197080 · TK1151

高尔基体0.082

排名 5 · TkA04G197080 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20703nSTAND1117-153 aa

PF25201nSTAND6117-162 aa

PF03308MeaB118-160 aa

PF13191AAA_16123-174 aa

PF00005ABC_tran124-276 aa

PF03193RsgA_GTPase126-157 aa

PF25199nSTAND_NTPase5130-180 aa

PF13481AAA_25132-170 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G197080	`PF20703`	nSTAND1	117	153	0.0028	18.1
TkA04G197080	`PF25201`	nSTAND6	117	162	0.0063	17.3
TkA04G197080	`PF03308`	MeaB	118	160	0.02	14.6
TkA04G197080	`PF13191`	AAA_16	123	174	0.00015	23.1
TkA04G197080	`PF00005`	ABC_tran	124	276	5.8e-27	95.7
TkA04G197080	`PF03193`	RsgA_GTPase	126	157	0.0045	17.6
TkA04G197080	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	130	180	0.023	15.2
TkA04G197080	`PF13481`	AAA_25	132	170	0.031	14.6
TkA04G197080	`PF13555`	AAA_29	133	155	1.9e-05	25.1
TkA04G197080	`PF13401`	AAA_22	133	246	0.0029	18.6
TkA04G197080	`PF02463`	SMC_N	135	155	0.0098	16.1
TkA04G197080	`PF20720`	nSTAND3	135	160	0.31	11.4
TkA04G197080	`PF01583`	APS_kinase	136	180	0.31	11.8
TkA04G197080	`PF13304`	AAA_21	137	159	3.2e-05	24.8
TkA04G197080	`PF05729`	NACHT	137	165	0.011	16.2
TkA04G197080	`PF01935`	DUF87	137	166	0.034	15.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80946`	拟南芥	sp\|O80946\|AB1G_ARATH ABC transporter G family member 1	71.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FNB5`	拟南芥	sp\|Q9FNB5\|AB6G_ARATH ABC transporter G family member 6	73.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9M2V7`	拟南芥	sp\|Q9M2V7\|AB16G_ARATH ABC transporter G family member 16	70.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LFG8`	拟南芥	sp\|Q9LFG8\|AB20G_ARATH ABC transporter G family member 20	71.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZUT0`	拟南芥	sp\|Q9ZUT0\|AB2G_ARATH ABC transporter G family member 2	69.500%	Swiss-Prot	高置信

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