TkA04G195830 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G195830

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 50453689-50455998 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2310 bp · TkA04G195830|TK1151|cDNA

ATGAACACATTGTCGTCTCCCCCAAAACCTCCCTTAAATCCTTCTGAAATCTCTGAAACGCTAACCAAAATCCTCGCGACAAACACTCCTTCCACCTCTTTCACTTCTTCGATCTCCGAATTCATCCCACATTTGACCCCCGGAATCATCCACTCAATTATCTCCTCCAAAACCCTTAAATCAAACCCTCAGTCTCTCCTAAATTTCTTTAAAATATCCCAAAATCACGCTCCCAATTTCGTGATTGGCTCCCCTGCGAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2310 bp · TkA04G195830|TK1151|CDS

ATGAACACATTGTCGTCTCCCCCAAAACCTCCCTTAAATCCTTCTGAAATCTCTGAAACGCTAACCAAAATCCTCGCGACAAACACTCCTTCCACCTCTTTCACTTCTTCGATCTCCGAATTCATCCCACATTTGACCCCCGGAATCATCCACTCAATTATCTCCTCCAAAACCCTTAAATCAAACCCTCAGTCTCTCCTAAATTTCTTTAAAATATCCCAAAATCACGCTCCCAATTTCGTGATTGGCTCCCCTGCGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

769 aa · TkA04G195830|TK1151|PROTEIN

MNTLSSPPKPPLNPSEISETLTKILATNTPSTSFTSSISEFIPHLTPGIIHSIISSKTLKSNPQSLLNFFKISQNHAPNFVIGSPATLPSFFVVLQTLFAHNKWSDAKTLLLNFIGADTRHRLLRTILHPTRDIPRHSKALYDTAIGAYVQMGYPQLAMIVFRRMKRLRIRPKLITCNTLLNSLVKHSSSRSILYSREVINDAILLGVVPNVNMFNIMINGYCLENKFGDAKDLMKKMTDFNCVPDNVTYNTLLNALCKK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G195830`
TK1151 ID	TkA04G195830
OH-1004 ID	LXL04_030038
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	24.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 19.506 / OH-1004 12.753 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G195830

位置 Chr04:50453689-50455998 (-)

描述 Similar to At5g55840: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g55840

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g16880`	含五肽重复结构的蛋白 At2g16880。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030038 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G39710

ath:AT5G55840

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.842

排名 1 · TkA04G195830 · TK1151

质体0.072

排名 2 · TkA04G195830 · TK1151

细胞核0.066

排名 3 · TkA04G195830 · TK1151

细胞质0.035

排名 4 · TkA04G195830 · TK1151

细胞膜0.011

排名 5 · TkA04G195830 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF19189Mtf224-75 aa

PF28737VPS18_solenoid_2nd43-71 aa

PF12895ANAPC388-112 aa

PF14559TPR_1997-111 aa

PF13041PPR_2142-186 aa

PF01535PPR142-169 aa

PF13812PPR_3142-185 aa

PF23276TPR_24142-190 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G195830	`PF19189`	Mtf2	24	75	1.5e-07	32.1
TkA04G195830	`PF28737`	VPS18_solenoid_2nd	43	71	2.6e-09	38.0
TkA04G195830	`PF12895`	ANAPC3	88	112	0.015	16.3
TkA04G195830	`PF14559`	TPR_19	97	111	0.0037	18.3
TkA04G195830	`PF13041`	PPR_2	142	186	5.6e-166	539.3
TkA04G195830	`PF01535`	PPR	142	169	4e-105	337.7
TkA04G195830	`PF13812`	PPR_3	142	185	3.2e-70	232.8
TkA04G195830	`PF23276`	TPR_24	142	190	2.5e-39	135.0
TkA04G195830	`PF29070`	MSC6_N	147	237	1e-34	121.0
TkA04G195830	`PF19189`	Mtf2	152	179	1.5e-07	32.1
TkA04G195830	`PF17177`	PPR_long	158	288	2.2e-33	116.2
TkA04G195830	`PF08579`	RPM2	161	188	0.00011	23.3
TkA04G195830	`PF28722`	WHD_Sfc3_5th	162	192	3.3e-05	24.8
TkA04G195830	`PF24760`	TPR_IF140_C	164	238	5.3e-07	30.8
TkA04G195830	`PF12854`	PPR_1	172	184	1.7e-122	399.4
TkA04G195830	`PF01535`	PPR	175	187	4e-105	337.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZVX5`	拟南芥	sp\|Q9ZVX5\|PP156_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g16880	40.600%	Swiss-Prot	低置信

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