TkA04G178280 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G178280

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 46118976-46125114 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4562 bp · TkA04G178280|TK1151|cDNA

TTCTTTTTAACCGCCATTCATACAGAGATATTCGCAGCGAAGCTGAGGATAGCGGGGGAGATTGGAAATGGAGAACAGCACCACAACTTCTCCTCCTACGACATCCAATCACGATAACAATGCAGAAGTCCTTGCGAATTCATCGAAAACCAGAGAAGAAGGCGAGCTTTCTGCTTCTGAAAATGGCGAGTTTACAGGTTCTCAGTTTCCTTATAGGACCACTCTTCCAGAGGCTCAATCAAACAAGGATGCATACTTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

4161 bp · TkA04G178280|TK1151|CDS

ATGGAGAACAGCACCACAACTTCTCCTCCTACGACATCCAATCACGATAACAATGCAGAAGTCCTTGCGAATTCATCGAAAACCAGAGAAGAAGGCGAGCTTTCTGCTTCTGAAAATGGCGAGTTTACAGGTTCTCAGTTTCCTTATAGGACCACTCTTCCAGAGGCTCAATCAAACAAGGATGCATACTTGATAGGGAAGTCTAGTCTGACTCGCAAAACTTTATATTCTACAATGCCTTCAAGAACTTCTGGACATTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1386 aa · TkA04G178280|TK1151|PROTEIN

MENSTTTSPPTTSNHDNNAEVLANSSKTREEGELSASENGEFTGSQFPYRTTLPEAQSNKDAYLIGKSSLTRKTLYSTMPSRTSGHSNNSKATEKNRVPFVISFSDDDSGSDSEEHIKENTIESDDMPRGVMENRKLASSVENRNPQMVQKTTKTNTKIPKKLSGSRTFLSSMNRVNGTSSSKSNGNTFHVKKSSAPSKNKVGPNVHINSSKLQDLRQLIAIRENELKSKASSSIKNSGNANMNPKITAVRSRDSAENVE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G178280`
TK1151 ID	TkA04G178280
OH-1004 ID	LXL04_035027
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 95.983 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G178280`
位置	Chr04:46118976-46125114 (-)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_035027` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	暂无功能描述
KEGG 基因交叉引用	暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.932

排名 1 · TkA04G178280 · TK1151

细胞质0.109

排名 2 · TkA04G178280 · TK1151

细胞膜0.037

排名 3 · TkA04G178280 · TK1151

内质网0.020

排名 4 · TkA04G178280 · TK1151

高尔基体0.012

排名 5 · TkA04G178280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13428TPR_14444-458 aa

PF11006DUF2845503-536 aa

PF10650zf-C3H1698-718 aa

PF25542zf-CCCH_12703-716 aa

PF23233HAT_Syf1_CNRKL1_N838-873 aa

PF23240HAT_PRP39_N838-905 aa

PF29376PRP6_TPR841-898 aa

PF13428TPR_14843-867 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G178280	`PF13428`	TPR_14	444	458	7e-05	23.9
TkA04G178280	`PF11006`	DUF2845	503	536	0.22	12.5
TkA04G178280	`PF10650`	zf-C3H1	698	718	1.4e-09	38.3
TkA04G178280	`PF25542`	zf-CCCH_12	703	716	0.21	12.0
TkA04G178280	`PF23233`	HAT_Syf1_CNRKL1_N	838	873	2.8e-07	31.2
TkA04G178280	`PF23240`	HAT_PRP39_N	838	905	1e-05	26.4
TkA04G178280	`PF29376`	PRP6_TPR	841	898	0.039	13.3
TkA04G178280	`PF13428`	TPR_14	843	867	7e-05	23.9
TkA04G178280	`PF08424`	NRDE-2	844	952	0.016	15.0
TkA04G178280	`PF23233`	HAT_Syf1_CNRKL1_N	882	907	2.8e-07	31.2
TkA04G178280	`PF29376`	PRP6_TPR	920	960	0.039	13.3
TkA04G178280	`PF13428`	TPR_14	933	952	7e-05	23.9
TkA04G178280	`PF29376`	PRP6_TPR	1051	1083	0.039	13.3
TkA04G178280	`PF13428`	TPR_14	1052	1075	7e-05	23.9
TkA04G178280	`PF23240`	HAT_PRP39_N	1083	1124	1e-05	26.4
TkA04G178280	`PF23240`	HAT_PRP39_N	1085	1125	1e-05	26.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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