RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G177760
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 46011875-46012396 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

522 bp · TkA04G177760|TK1151|cDNA

ATGACGGATGCAAAGTATCAGGAAACGTTAAGAGAAGATGAAATCAAGGAAAAAATCGAATTAGGGATCAGAGAGAGGAACGTCGAAAGAGCTTTCGCCAACAATTTACTCGTTTCCATTGTTGAGGTCATCGGGATCTCAACCGACCAGTCCGTTCTGCGACAAGAATATGAAGACTTCAAAAACGAAATGGAAATCGTCGGGCCGGCAGAAGACGTGGCGGAGGTATTACAAATCGAACAGATCGTGGCGTTGTTAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

522 bp · TkA04G177760|TK1151|CDS

ATGACGGATGCAAAGTATCAGGAAACGTTAAGAGAAGATGAAATCAAGGAAAAAATCGAATTAGGGATCAGAGAGAGGAACGTCGAAAGAGCTTTCGCCAACAATTTACTCGTTTCCATTGTTGAGGTCATCGGGATCTCAACCGACCAGTCCGTTCTGCGACAAGAATATGAAGACTTCAAAAACGAAATGGAAATCGTCGGGCCGGCAGAAGACGTGGCGGAGGTATTACAAATCGAACAGATCGTGGCGTTGTTAGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

173 aa · TkA04G177760|TK1151|PROTEIN

MTDAKYQETLREDEIKEKIELGIRERNVERAFANNLLVSIVEVIGISTDQSVLRQEYEDFKNEMEIVGPAEDVAEVLQIEQIVALLGKADMIATLEEREKKYFSKRNSLGRQPLESLQSFYCPITGDVMEDPVETPSGHSFERCAIEKWLAEGNNSCPITKKPLKASALRTSD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G177760
TK1151 IDTkA04G177760
OH-1004 IDLXL04_023524
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G177760
位置Chr04:46011875-46012396 (-)
描述Similar to LIN: Putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN-2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g21350 作为 E3 泛素连接酶发挥功能（通过相似性）。
A cryptic modifier causing transient self-incompatibility in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1016/j.cub.2007.03.022
At3g07360 作为 E3 泛素连接酶发挥功能（通过相似性）。
Interactions between the S-domain receptor kinases and AtPUB-ARM E3 ubiquitin ligases suggest a conserved signaling pathway in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.123380

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: A2ZLU6 与防御相关的蛋白，可负向调控程序性细胞死亡。 暂无已核实直接文献
Os12g0570000 E3 泛素蛋白连接酶，负向调节程序性细胞死亡和抗病性。
Spotted leaf11, a negative regulator of plant cell death and defense, encodes a U-box/armadillo repeat protein endowed with E3 ubiquitin ligase activity.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.025171
SPIN1, a K homology domain protein negatively regulated and ubiquitinated by the E3 ubiquitin ligase SPL11, is involved in flowering time control in rice.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058610
Os06g0102700 在体外具有 E3 泛素蛋白连接酶。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023524 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0009877 nodulation 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程
GO:0043069 negative regulation of programmed cell death 生物过程
GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
dosa:Os12g0570000
mtr:11418360
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.644
排名 1 · TkA04G177760 · TK1151
细胞质0.409
排名 2 · TkA04G177760 · TK1151
细胞膜0.051
排名 3 · TkA04G177760 · TK1151
线粒体0.036
排名 4 · TkA04G177760 · TK1151
内质网0.029
排名 5 · TkA04G177760 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04564U-box9-20 aa
PF11789zf-Nse117-159 aa
PF04564U-box120-169 aa
PF13923zf-C3HC4_2121-159 aa
PF13445zf-RING_UBOX122-158 aa
PF00097zf-C3HC4122-158 aa
PF15227zf-C3HC4_4122-158 aa
PF13639zf-RING_2129-159 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G177760PF04564U-box9203.3e-1350.3
TkA04G177760PF11789zf-Nse1171594.6e-0730.3
TkA04G177760PF04564U-box1201693.3e-1350.3
TkA04G177760PF13923zf-C3HC4_21211590.0001222.5
TkA04G177760PF13445zf-RING_UBOX1221581.5e-0525.6
TkA04G177760PF00097zf-C3HC41221580.05814.0
TkA04G177760PF15227zf-C3HC4_41221580.1712.8
TkA04G177760PF13639zf-RING_21291590.2212.5
TkA04G177760PF12678zf-rbx11361590.004118.0
TkA04G177760PF11789zf-Nse1541654.6e-0730.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O81902拟南芥sp|O81902|PUB8_ARATH U-box domain-containing protein 853.300%Swiss-Prot低置信
Q9SRT0拟南芥sp|Q9SRT0|PUB9_ARATH U-box domain-containing protein 934.900%Swiss-Prot低置信
A2ZLU6水稻sp|A2ZLU6|SL11_ORYSI Protein spotted leaf 1141.400%Swiss-Prot低置信
Q0IMG9水稻sp|Q0IMG9|SL11_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase SPL1141.400%Swiss-Prot低置信
Q5VRH9水稻sp|Q5VRH9|PUB12_ORYSJ U-box domain-containing protein 1232.600%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看