TkA04G139470 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G139470

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 36134724-36137930 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1885 bp · TkA04G139470|TK1151|cDNA

AAGAAACAAGAAATGTTGTTTTCTAGACGAAAACGAAAGCAGAAGTTGATACAGTTGCACCTCCTCTGCATTCAGGTTCACTCGTTCATCCTGGTTATCATCACCTATCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACACTCACTCACTCACCATTGCTAGAGCTCGGTACCGAAGAATTTTGAAGTAAGTGATTGCCAGTAAACCTGGAGACCTGTTCAACAATCTGTTGTATATGTTTAAGAGGAAGTATATCATGGTTTCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1389 bp · TkA04G139470|TK1151|CDS

ATGATGTCTACAACTGCAATTGGACTAAGGGCAGCAAACAGCCTCTTGGGTTCATCCTATTTCTACTCAGATACAACTGAAAAACTGTCCATCAATGGTGACCTAGGGTTCACATCTGTCATCACCAAGAACACAATCACTGCAAAGAAATCATCCAATTCCACAAAAGCTTTAAACCAACATGTAGCAACTGCTTCTGATCCTTCAAACTCCATAGACCAATGGATTCAAAGATCTCACCACATGGAAGACAAAACATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

462 aa · TkA04G139470|TK1151|PROTEIN

MMSTTAIGLRAANSLLGSSYFYSDTTEKLSINGDLGFTSVITKNTITAKKSSNSTKALNQHVATASDPSNSIDQWIQRSHHMEDKTSEQELPDETLLLLQTFLEKQWKLSTKKNTEINSRKVHVTGSQISARKRRISARNKTPNTCPEIGSELLQNQFKGYVNGVRSEALLTQSEVIVLSNKIKIGLRLEEQRSRMKEKLGYEPSEGELATSMRISRMDLRTKQIEFTLAKEKLALSNVRLVMSIAQRYDNMGAQMADLI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G139470`
TK1151 ID	TkA04G139470
OH-1004 ID	LXL04_035351
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G139470

位置 Chr04:36134724-36137930 (+)

描述 Similar to SIGA: RNA polymerase sigma factor sigA

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g64860`	必需蛋白质。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0163400`	Sigma 因子是起始因子，促进质体编码 RNA 聚合酶（PEP）附着到特定起始位点，然后被释放（推测）。	The plastid sigma factor SIG1 maintains photosystem I activity via regulated expression of the psaA operon in rice chloroplasts.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03216.x

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035351 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006352 DNA-templated transcription initiation 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006399 tRNA metabolic process 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0071461 cellular response to redox state 生物过程

GO:0071482 cellular response to light stimulus 生物过程

GO:0080005 photosystem stoichiometry adjustment 生物过程

GO:2001141 regulation of RNA biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:1903865 sigma factor antagonist complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ana:all5263

ath:AT1G08540

ath:AT1G64860

dosa:Os08g0163400

osa:4344738

syf:Synpcc7942_0672

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.633

排名 1 · TkA04G139470 · TK1151

线粒体0.320

排名 2 · TkA04G139470 · TK1151

细胞核0.045

排名 3 · TkA04G139470 · TK1151

细胞质0.031

排名 4 · TkA04G139470 · TK1151

细胞膜0.007

排名 5 · TkA04G139470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13404HTH_AsnC-type119-135 aa

PF04539Sigma70_r3193-219 aa

PF00392GntR204-221 aa

PF04545Sigma70_r4208-226 aa

PF04542Sigma70_r2237-298 aa

PF04539Sigma70_r3317-362 aa

PF13730HTH_36330-352 aa

PF00392GntR332-353 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G139470	`PF13404`	HTH_AsnC-type	119	135	0.027	15.0
TkA04G139470	`PF04539`	Sigma70_r3	193	219	6.6e-10	39.7
TkA04G139470	`PF00392`	GntR	204	221	0.16	12.4
TkA04G139470	`PF04545`	Sigma70_r4	208	226	1.8e-11	44.1
TkA04G139470	`PF04542`	Sigma70_r2	237	298	3.7e-16	59.4
TkA04G139470	`PF04539`	Sigma70_r3	317	362	6.6e-10	39.7
TkA04G139470	`PF13730`	HTH_36	330	352	0.03	14.8
TkA04G139470	`PF00392`	GntR	332	353	0.16	12.4
TkA04G139470	`PF13404`	HTH_AsnC-type	333	350	0.027	15.0
TkA04G139470	`PF08281`	Sigma70_r4_2	333	351	0.23	11.9
TkA04G139470	`PF04545`	Sigma70_r4	335	348	1.8e-11	44.1
TkA04G139470	`PF04545`	Sigma70_r4	399	447	1.8e-11	44.1
TkA04G139470	`PF08281`	Sigma70_r4_2	400	435	0.23	11.9
TkA04G139470	`PF13404`	HTH_AsnC-type	421	436	0.027	15.0
TkA04G139470	`PF04539`	Sigma70_r3	422	438	6.6e-10	39.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O24629`	拟南芥	sp\|O24629\|SIGA_ARATH RNA polymerase sigma factor sigA	55.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q0J7T6`	水稻	sp\|Q0J7T6\|SIGA_ORYSJ RNA polymerase sigma factor sigA	58.900%	Swiss-Prot	高置信

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