TkA04G135800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G135800

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 35304145-35308118 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2386 bp · TkA04G135800|TK1151|cDNA

TTTTGGCCAAACTCTATGCTTTTTAAATCATTTACTATCCTAAGTTGCTAACTATGTACCCAAACTCGCTCTAAGATCTTTCTTCGGATTTCGCGCTTTTTTATTTAGAGGTCGAAAAGCAATTAAACCCTCACCCTCTTCGACCCTTCTCTCTCCCCTTTCTCTCTCTCACATAGTGACACACCTTCTCTGTCACACAAATATCGGTCCTAGGATCTGCTTTCCAGCTTCGAATTCACGATACTTTACGTCCTCAATTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1893 bp · TkA04G135800|TK1151|CDS

ATGGAGACCTTGCTCCAGTCTTGCCCCATTTTCACAGCCAAGGCTTCGGTGAGATCGTCTGTTGATAGGCAATTGGCCTTCTCTTCTTTTGCCATTAATAAACAGAGGAATTGTAATGTGAAGTTAAGGGCGATAAGCCGGAGCTCTCAAGATGGATCTTCTTCTATTGAAGATGTAAGGAAGGATGGCATGTTATTGGGTGCTGATAAAGACGAATCTGGTTCGGTCGTTGGATTTCATCTGATTCCTCAATCTGGTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

630 aa · TkA04G135800|TK1151|PROTEIN

METLLQSCPIFTAKASVRSSVDRQLAFSSFAINKQRNCNVKLRAISRSSQDGSSSIEDVRKDGMLLGADKDESGSVVGFHLIPQSGEIEISNSHDTTSNGKEELITDDDSVKTTSAEVTYNIVFVTSEAAPYSKTGGLGDVCGSLPIALAERGHRVMVVSPRYLNGGPADKKFAGAIDLDCRIKVSCSGGVQEVAFFHEYRAGVDWVFVDHPSYHRPGNPYGDAYGAFGDNQFRFTLLCHAACEAPLVLPLGGFTYGEKC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G135800`
TK1151 ID	TkA04G135800
OH-1004 ID	LXL04_035352
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G135800

位置 Chr04:35304145-35308118 (+)

描述 Similar to Soluble starch synthase 1, chloroplastic/amyloplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g24300`	参与叶片中支链淀粉短糖链的合成。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0160700`	参与胚乳淀粉体中的淀粉合成。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2Y9M4`	可溶性淀粉合酶1，叶绿体/淀粉体型。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035352 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009960 endosperm development 生物过程

GO:0010021 amylopectin biosynthetic process 生物过程

GO:0019252 starch biosynthetic process 生物过程

GO:0009501 amyloplast 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0004373 alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity 分子功能

GO:0009011 alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (ADP-glucose donor) activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G24300

sot:102600045

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.909

排名 1 · TkA04G135800 · TK1151

细胞质0.051

排名 2 · TkA04G135800 · TK1151

线粒体0.042

排名 3 · TkA04G135800 · TK1151

过氧化物酶体0.041

排名 4 · TkA04G135800 · TK1151

高尔基体0.037

排名 5 · TkA04G135800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08323Glyco_transf_5121-379 aa

PF20706GT4-conflict132-163 aa

PF00534Glycos_transf_1435-585 aa

PF13692Glyco_trans_1_4437-550 aa

PF20706GT4-conflict441-612 aa

PF08323Glyco_transf_5540-550 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G135800	`PF08323`	Glyco_transf_5	121	379	1.2e-64	219.0
TkA04G135800	`PF20706`	GT4-conflict	132	163	0.00036	20.3
TkA04G135800	`PF00534`	Glycos_transf_1	435	585	2.6e-15	57.1
TkA04G135800	`PF13692`	Glyco_trans_1_4	437	550	1.6e-13	51.9
TkA04G135800	`PF20706`	GT4-conflict	441	612	0.00036	20.3
TkA04G135800	`PF08323`	Glyco_transf_5	540	550	1.2e-64	219.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNF2`	拟南芥	sp\|Q9FNF2\|SSY1_ARATH Starch synthase 1, chloroplastic/amyloplastic	70.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q0DEC8`	水稻	sp\|Q0DEC8\|SSY1_ORYSJ Soluble starch synthase 1, chloroplastic/amyloplastic	73.900%	Swiss-Prot	高置信
`A2Y9M4`	水稻	sp\|A2Y9M4\|SSY1_ORYSI Soluble starch synthase 1, chloroplastic/amyloplastic	73.700%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情