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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G134040
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 34864300-34865720 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1207 bp · TkA04G134040|TK1151|cDNA

CTCCCTTTTCTTTCTTTTCAATTTCGTGGTACTTGGTTTCTCTCAGGGTTTAGGGTTCTGACTCTCCCACAGATTATTAAAACAAACAACTCTCCCGCTACAAAATGCAGCAGCCACCGCCGCCGGCGTCCAAGCTTTCTCCCACTGCTATCACCACCGAGCAGATTCAAAAGGTTTGTTTATGTTCCGATTGGTTTTCGCTGTTGTAATCTCTTAAATAGTTTTGACCTTCAAACTTTACCCCCATTAATCGATGAATA...

CDS

下载 CDS FASTA

555 bp · TkA04G134040|TK1151|CDS

ATGTACCTCCAAATTCCACACCCAAAATTTGATTTAGACTCGTTTTGTGGTAAAATGAGTGCGTATGAACTACAAACGTGTCAATGCCTTGAAGACAACAAGAATTTAATTATGGCGATAATGGAAAATCAAAACCTTGGGAAGTTCCAGGAGTGTGCTCAGTACCAAGCTGTTCTTCAAAAGAACTTAATGTACTTGGCTGCCATTGCCGACACCCACCCACCTCCACCAACACCAACACCAACACAACACCACCACCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

184 aa · TkA04G134040|TK1151|PROTEIN

MYLQIPHPKFDLDSFCGKMSAYELQTCQCLEDNKNLIMAIMENQNLGKFQECAQYQAVLQKNLMYLAAIADTHPPPPTPTPTQHHHHHNYQISLRQLPACLLVSCPSRLITSCSNLNLEFLNSLAAVVVVVVVVVRNFRFSLIPSEPKINNNSCYSFSNSSRFRHRWVSGLAARVVVCLGCIKL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G134040
TK1151 IDTkA04G134040
OH-1004 IDLXL04_035394
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)94.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 27.717 / OH-1004 14.206
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G134040
位置Chr04:34864300-34865720 (+)
描述Similar to GIF3: GRF1-interacting factor 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g01160 转录共激活因子，在叶片和子叶组织的细胞扩展调节中发挥作用（通过相似性推测）。
The Arabidopsis GRF-INTERACTING FACTOR gene family performs an overlapping function in determining organ size as well as multiple developmental properties.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.141838
At4g00850 转录共激活因子，在叶片和子叶组织的细胞扩展调节中发挥作用（通过相似性推测）。
The Arabidopsis GRF-INTERACTING FACTOR gene family performs an overlapping function in determining organ size as well as multiple developmental properties.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.141838
At5g28640 转录共激活因子，在叶片和子叶组织的细胞扩展调控中起作用。
A transcriptional coactivator, AtGIF1, is involved in regulating leaf growth and morphology in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0405450101
The transcription factor AtGRF5 and the transcription coactivator AN3 regulate cell proliferation in leaf primordia of Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02429.x
The Arabidopsis GRF-INTERACTING FACTOR gene family performs an overlapping function in determining organ size as well as multiple developmental properties.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.141838
Stable establishment of cotyledon identity during embryogenesis in Arabidopsis by ANGUSTIFOLIA3 and HANABA TARANU.2012 · DOI: 10.1242/dev.081547

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0733600 转录共激活因子，在调节叶、茎和花序分生组织功能中发挥作用。
The OsmiR396c-OsGRF4-OsGIF1 regulatory module determines grain size and yield in rice.2016 · DOI: 10.1111/pbi.12569
OsGIF1 Positively Regulates the Sizes of Stems, Leaves, and Grains in Rice.2017 · DOI: 10.3389/fpls.2017.01730
Conserved functional control, but distinct regulation, of cell proliferation in rice and Arabidopsis leaves revealed by comparative analysis of GRF-INTERACTING FACTOR 1 orthologs.2018 · DOI: 10.1242/dev.159624
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035394 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0008283 cell population proliferation 生物过程
GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程
GO:0010582 floral meristem determinacy 生物过程
GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程
GO:0045596 negative regulation of cell differentiation 生物过程
GO:0045787 positive regulation of cell cycle 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0048316 seed development 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G01160
ath:AT4G00850
dosa:Os03g0733600
hsa:6760
zma:100101544
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.448
排名 1 · TkA04G134040 · TK1151
细胞质0.433
排名 2 · TkA04G134040 · TK1151
线粒体0.120
排名 3 · TkA04G134040 · TK1151
细胞膜0.081
排名 4 · TkA04G134040 · TK1151
内质网0.075
排名 5 · TkA04G134040 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05030SSXT28-73 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G134040PF05030SSXT28734.7e-1865.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9MAL9拟南芥sp|Q9MAL9|GIF2_ARATH GRF1-interacting factor 282.600%Swiss-Prot低置信
Q93VH6拟南芥sp|Q93VH6|GIF3_ARATH GRF1-interacting factor 380.000%Swiss-Prot低置信
Q8L8A5拟南芥sp|Q8L8A5|GIF1_ARATH GRF1-interacting factor 163.800%Swiss-Prot低置信
Q6AVI1水稻sp|Q6AVI1|GIF1_ORYSJ GRF-interacting factor 166.700%Swiss-Prot低置信

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