RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G133480
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 34709385-34712261 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1208 bp · TkA04G133480|TK1151|cDNA

GTAATTTTGTGGCCATGTTATAGCTAATCGACTCGTAACCGACTTATCCATTGCCGGCCATCAAGTTTGGTTGGCTCAATAGTCCCATATAGATGTATTCATTGGCATTTCAATTTGCGATTTCTGGAAATGTGGAACGCATAGATATATAAATTGGGTTCTATTAGTATTTTGGCTGATTTACTGAAATGTTCATTTGCCATTGAAAATGAGTGGCCGCTTCTCACGCACTATTTATGTTGGGAACCTTCCCCTTGATA...

CDS

下载 CDS FASTA

750 bp · TkA04G133480|TK1151|CDS

ATGAGTGGCCGCTTCTCACGCACTATTTATGTTGGGAACCTTCCCCTTGATATAAGAGAATGGGAAGTTGAAGACCTTTTCTATAAGTATGGGCGCATATTGGACATAGAATTAAAGATTCCACCTCGTCCTCCTTGTTATTGTTTTGTTGAGTTTGCTAATGCTCGAGATGCTGAAGATGCAATTAGGGGACGTGATGGCTACAATTTCGATGGTTGCCGCCTCAGGGTTGAGCTTGCTCATGGCGGTCGAGGACAATC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

249 aa · TkA04G133480|TK1151|PROTEIN

MSGRFSRTIYVGNLPLDIREWEVEDLFYKYGRILDIELKIPPRPPCYCFVEFANARDAEDAIRGRDGYNFDGCRLRVELAHGGRGQSSSSDRHGSSHGKGRSGLSRYSEFRVIVRKLPSSASWQDLKDHMRKAGDVCFAEVSRDSEGTFGLVDYTNYDDMKYAIRKLDDTEFRNPWAKAYIRVRKYETRPSRSPSRSRSRSRSKSLERSVSRSPSKSRSASPVKPTKSRSRSRSRSKSKSQSPTQGQSQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G133480
TK1151 IDTkA04G133480
OH-1004 IDLXL04_035398
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 77.510 / OH-1004 78.776
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G133480
位置Chr04:34709385-34712261 (-)
描述Similar to SR34A: Serine/arginine-rich splicing factor SR34A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g49430 可能参与内含子识别和剪接体组装。 暂无已核实直接文献
At1g09140 调节特定细胞类型中的可变剪接和基因表达的调控剪接因子。
atSRp30, one of two SF2/ASF-like proteins from Arabidopsis thaliana, regulates splicing of specific plant genes.1999 · DOI: 10.1101/gad.13.8.987
At1g02840 一般剪接因子。
atSRp30, one of two SF2/ASF-like proteins from Arabidopsis thaliana, regulates splicing of specific plant genes.1999 · DOI: 10.1101/gad.13.8.987
At4g02430 可能参与内含子识别和剪接体组装。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035398 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0009636 response to toxic substance 生物过程
GO:0043279 response to alkaloid 生物过程
GO:0048025 negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G02840
ath:AT1G09140
ath:AT3G49430
ath:AT4G02430
rno:288701
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.960
排名 1 · TkA04G133480 · TK1151
细胞质0.201
排名 2 · TkA04G133480 · TK1151
细胞膜0.016
排名 3 · TkA04G133480 · TK1151
线粒体0.012
排名 4 · TkA04G133480 · TK1151
细胞外0.011
排名 5 · TkA04G133480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16367RRM_76-34 aa
PF16842RRM_occluded7-77 aa
PF25701RRM_YTH18-75 aa
PF00076RRM_19-76 aa
PF25701RRM_YTH1109-174 aa
PF00076RRM_1112-174 aa
PF04415DUF515191-248 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G133480PF16367RRM_76340.004117.8
TkA04G133480PF16842RRM_occluded7770.08313.5
TkA04G133480PF25701RRM_YTH18750.02615.1
TkA04G133480PF00076RRM_19762.9e-31107.9
TkA04G133480PF25701RRM_YTH11091740.02615.1
TkA04G133480PF00076RRM_11121742.9e-31107.9
TkA04G133480PF04415DUF5151912481.38.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
A2RVS6拟南芥sp|A2RVS6|SR34A_ARATH Serine/arginine-rich splicing factor SR34A77.000%Swiss-Prot高置信
Q9XFR5拟南芥sp|Q9XFR5|SR30_ARATH Serine/arginine-rich splicing factor SR3071.400%Swiss-Prot高置信
O22315拟南芥sp|O22315|SR34_ARATH Serine/arginine-rich-splicing factor SR3466.500%Swiss-Prot高置信
F4JHI7拟南芥sp|F4JHI7|SR34B_ARATH Serine/arginine-rich splicing factor SR34B65.200%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看