TkA04G127800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G127800

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 33231791-33233587 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1496 bp · TkA04G127800|TK1151|cDNA

ATAAACCCATGCATATATAATAAACCCTCCCCATTGCATTCATATCCTCCACAACACAAAAGCATGGCATTCCTTATTTCCTCCAAACAATCCTCCCTTTTCATCTTATTCATCTCAATCTTAGCCTTTTCAACTATAGCCCATGAGTTTTCGATCCTAGGATACGCCCCAGAGGATCTAACATCCATTCACAAAGTCGTCCACCTTTTCGAATCATGGATCAGTAAACACAGTAAATTGTACGAAAGTCTAGATGAGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1053 bp · TkA04G127800|TK1151|CDS

ATGGCATTCCTTATTTCCTCCAAACAATCCTCCCTTTTCATCTTATTCATCTCAATCTTAGCCTTTTCAACTATAGCCCATGAGTTTTCGATCCTAGGATACGCCCCAGAGGATCTAACATCCATTCACAAAGTCGTCCACCTTTTCGAATCATGGATCAGTAAACACAGTAAATTGTACGAAAGTCTAGATGAGAAGCTACATAGATTCGAGATCTTCATGGACAACCTCAAGCACATTGATGACACAAATAGAAAAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

350 aa · TkA04G127800|TK1151|PROTEIN

MAFLISSKQSSLFILFISILAFSTIAHEFSILGYAPEDLTSIHKVVHLFESWISKHSKLYESLDEKLHRFEIFMDNLKHIDDTNRKVSNYWLGLNEFADLTHEEFKNKFLGLAPELKKTELSEDFIYRDFVDLPKSVDWRKKGAVSPVKNQGQCGSCWAFSTVAAVEGINQIVTGNLTVLSEQELIDCDTSFNNGCNGGLMDYAFAYIMRNGGLHKEEEYPYIMSEGTCDDKKDISEKVTITGYHDVPRNNEDSFLKALA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G127800`
TK1151 ID	TkA04G127800
OH-1004 ID	LXL04_035478
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G127800

位置 Chr04:33231791-33233587 (+)

描述 Similar to XCP1: Cysteine protease XCP1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g35350`	半胱氨酸蛋白酶参与根木质化过程中木质部气管元件自溶。	Cysteine proteases XCP1 and XCP2 aid micro-autolysis within the intact central vacuole during xylogenesis in Arabidopsis roots.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03592.x
`At1g20850`	半胱氨酸蛋白酶参与根木质化过程中木质部气管元件自溶。	Cysteine proteases XCP1 and XCP2 aid micro-autolysis within the intact central vacuole during xylogenesis in Arabidopsis roots.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03592.x PIRIN2 stabilizes cysteine protease XCP2 and increases susceptibility to the vascular pathogen Ralstonia solanacearum in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12602
`At1g47128`	半胱氨酸蛋白酶，在免疫、衰老以及生物和非生物胁迫中发挥作用（推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035478 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0010623 programmed cell death involved in cell development 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0051603 proteolysis involved in protein catabolic process 生物过程

GO:0090333 regulation of stomatal closure 生物过程

GO:0140447 cytokine precursor processing 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0000932 P-body 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ag:CAA66378

ath:AT1G20850

ath:AT1G47128

ath:AT4G35350

ath:AT5G43060

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.675

排名 1 · TkA04G127800 · TK1151

细胞质0.165

排名 2 · TkA04G127800 · TK1151

细胞外0.148

排名 3 · TkA04G127800 · TK1151

内质网0.122

排名 4 · TkA04G127800 · TK1151

细胞膜0.089

排名 5 · TkA04G127800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28470PIK3AP1_C41-78 aa

PF10368YkyA41-99 aa

PF08246Inhibitor_I2949-105 aa

PF14131DUF429855-132 aa

PF00112Peptidase_C1133-348 aa

PF03051Peptidase_C1_2146-165 aa

PF28470PIK3AP1_C181-194 aa

PF03051Peptidase_C1_2304-329 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G127800	`PF28470`	PIK3AP1_C	41	78	0.019	15.5
TkA04G127800	`PF10368`	YkyA	41	99	0.23	11.9
TkA04G127800	`PF08246`	Inhibitor_I29	49	105	1.6e-19	70.7
TkA04G127800	`PF14131`	DUF4298	55	132	0.014	16.2
TkA04G127800	`PF00112`	Peptidase_C1	133	348	1.8e-81	274.2
TkA04G127800	`PF03051`	Peptidase_C1_2	146	165	0.0002	21.0
TkA04G127800	`PF28470`	PIK3AP1_C	181	194	0.019	15.5
TkA04G127800	`PF03051`	Peptidase_C1_2	304	329	0.0002	21.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O65493`	拟南芥	sp\|O65493\|XCP1_ARATH Cysteine protease XCP1	68.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LM66`	拟南芥	sp\|Q9LM66\|XCP2_ARATH Cysteine protease XCP2	69.700%	Swiss-Prot	高置信
`P43297`	拟南芥	sp\|P43297\|RD21A_ARATH Cysteine proteinase RD21A	54.200%	Swiss-Prot	高置信

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