TkA04G127200 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G127200

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 33033538-33036589 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1927 bp · TkA04G127200|TK1151|cDNA

GAAAGGAAGGAGTTTTGATAGGGGCCGAAGAGCAACTTTTTCGAAATACAACAAAAGGGAAACGAAGAAGCTTCGAGGGCTTACCCGTCGATTACCAAGGTATGCCGTCGGTTAGAATCTCCGGCAACTAACCCTAATTTTAATCTCTGAATGCATCCAAACCAAATTGCTCTGATGGGCGGTGATTACTAAGAAGTTCGATATGAGCACTGAAGTTGGGTGGTACATACTTTCCGAAGATCAACAACACGTAGGTCCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1383 bp · TkA04G127200|TK1151|CDS

ATGAGCACTGAAGTTGGGTGGTACATACTTTCCGAAGATCAACAACACGTAGGTCCATATGCTGCTTCCGAATTGAGAGAACACTTTTCTAGTGGATATATTACAGGTGACACACTTGTATGGGCTGAAGGAAGGAGCGAATGGCAGCCCCTTTCCTCTGTTCCTGGATTGATTTCTGACACCCCTGAACAGGAACCCTCACTGGCTGCCATTGATGACGAGTTTGAAAGGTGGCAAAATGAGGTGAAAAGTGCTGAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

460 aa · TkA04G127200|TK1151|PROTEIN

MSTEVGWYILSEDQQHVGPYAASELREHFSSGYITGDTLVWAEGRSEWQPLSSVPGLISDTPEQEPSLAAIDDEFERWQNEVKSAEAEADDMRPSSPPDGQEEFTDDDGTVYKWDKKLRAWVPQDEPIAGSEPYDVDHMTFQQEEELFPTIAADGVPVKEDTNTSIIPNADVIAEKETDDANEPTEANGKRKLPEKPVEKKEANQPPDSWFELKVNTHVYVTGLPDDVTFDEVVEVFSKCGIIKEDPETKKPRVKIYVNK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G127200`
TK1151 ID	TkA04G127200
OH-1004 ID	LXL04_035491
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 86.792 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G127200`
位置	Chr04:33033538-33036589 (+)
描述	Similar to Htatsf1: HIV Tat-specific factor 1 homolog
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_035491` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0034337 RNA folding 生物过程 GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程 GO:1903241 U2-type prespliceosome assembly 生物过程 GO:1990166 protein localization to site of double-strand break 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005684 U2-type spliceosomal complex 细胞组分 GO:0005686 U2 snRNP 细胞组分 GO:0035861 site of double-strand break 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:27336 mmu:72459 pon:100172491 sce:YNL286W spo:2539783 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.737

排名 1 · TkA04G127200 · TK1151

细胞质0.407

排名 2 · TkA04G127200 · TK1151

细胞膜0.032

排名 3 · TkA04G127200 · TK1151

线粒体0.032

排名 4 · TkA04G127200 · TK1151

内质网0.024

排名 5 · TkA04G127200 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14237GYF_27-57 aa

PF02213GYF8-51 aa

PF20236DUF659368-134 aa

PF16367RRM_7218-283 aa

PF00076RRM_1219-289 aa

PF28441RRM_11221-284 aa

PF28441RRM_11308-333 aa

PF29326RRM_MUD2_C357-427 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G127200	`PF14237`	GYF_2	7	57	1.1e-17	64.3
TkA04G127200	`PF02213`	GYF	8	51	0.00012	22.4
TkA04G127200	`PF20236`	DUF6593	68	134	0.064	14.2
TkA04G127200	`PF16367`	RRM_7	218	283	0.0042	17.7
TkA04G127200	`PF00076`	RRM_1	219	289	2.1e-17	63.4
TkA04G127200	`PF28441`	RRM_11	221	284	0.0098	16.9
TkA04G127200	`PF28441`	RRM_11	308	333	0.0098	16.9
TkA04G127200	`PF29326`	RRM_MUD2_C	357	427	0.039	14.7
TkA04G127200	`PF28977`	DUF8489	362	394	0.031	15.2
TkA04G127200	`PF00076`	RRM_1	375	427	2.1e-17	63.4
TkA04G127200	`PF28441`	RRM_11	392	405	0.0098	16.9
TkA04G127200	`PF28977`	DUF8489	396	424	0.031	15.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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