TkA04G126430 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G126430

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 32829038-32829713 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

588 bp · TkA04G126430|TK1151|cDNA

ATGGTGGTTCTAGAGAAAAACCCTAATTCCAAAGCTGAAAATGGCGATGGCTCCAACAACAAGAAGAAACGAAAGAGGAACAAGAACAAGAAGAACAATGTAGAGGAAGAGCCTGACATGGCTGCACAAGAACCATCGGAAATCAATGGCAGTGAGAAGGAAGAGGAAGAAGTCACAGCATTGAAAGAATCGAAAAGGAAGAGAAAGAAGAAAGGAAAGAAAGCAAGTGAAGAAGAAGAAAACACAGAGACATATGAAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

588 bp · TkA04G126430|TK1151|CDS

ATGGTGGTTCTAGAGAAAAACCCTAATTCCAAAGCTGAAAATGGCGATGGCTCCAACAACAAGAAGAAACGAAAGAGGAACAAGAACAAGAAGAACAATGTAGAGGAAGAGCCTGACATGGCTGCACAAGAACCATCGGAAATCAATGGCAGTGAGAAGGAAGAGGAAGAAGTCACAGCATTGAAAGAATCGAAAAGGAAGAGAAAGAAGAAAGGAAAGAAAGCAAGTGAAGAAGAAGAAAACACAGAGACATATGAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

195 aa · TkA04G126430|TK1151|PROTEIN

MVVLEKNPNSKAENGDGSNNKKKRKRNKNKKNNVEEEPDMAAQEPSEINGSEKEEEEVTALKESKRKRKKKGKKASEEEENTETYEIKEDEDLNMEEEEEKETETKKKKKVRSSGDSRIMSSDSFTSLPLSEPTKKAIIDMGFQYMTQIQARSIPPLLEGKDVLGAARTGSGKTLAFLIPAVELLYHASIFTTIV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G126430`
TK1151 ID	TkA04G126430
OH-1004 ID	LXL04_035508
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	95.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.923 / OH-1004 30.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G126430

位置 Chr04:32829038-32829713 (+)

描述 Similar to Os03g0802700: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 27

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g18600`	DEAD-box ATP 依赖性 RNA 解旋酶 51。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0802700`	DEAD-box ATP依赖性RNA解旋酶 27。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035508 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000463 maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程

GO:0048866 stem cell fate specification 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005694 chromosome 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003724 RNA helicase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G18600

ath:AT5G65900

ddi:DDB_G0282741

dosa:Os03g0802700

dosa:Os06g0535100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.968

排名 1 · TkA04G126430 · TK1151

细胞质0.065

排名 2 · TkA04G126430 · TK1151

细胞膜0.028

排名 3 · TkA04G126430 · TK1151

内质网0.026

排名 4 · TkA04G126430 · TK1151

细胞外0.008

排名 5 · TkA04G126430 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27024Phage_T7_kinase6-120 aa

PF01080Presenilin12-107 aa

PF19421Fry_C26-139 aa

PF30856ARM_UBR_1_2_339-149 aa

PF00270DEAD147-185 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G126430	`PF27024`	Phage_T7_kinase	6	120	7.5	6.3
TkA04G126430	`PF01080`	Presenilin	12	107	5.2	6.4
TkA04G126430	`PF19421`	Fry_C	26	139	7.2	5.6
TkA04G126430	`PF30856`	ARM_UBR_1_2_3	39	149	0.16	10.9
TkA04G126430	`PF00270`	DEAD	147	185	8.6e-12	45.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LIH9`	拟南芥	sp\|Q9LIH9\|RH51_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 51	79.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q84T03`	水稻	sp\|Q84T03\|RH27_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 27	63.200%	Swiss-Prot	低置信

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