基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
TkA04G126120
当前版本: TK1151
染色体: Chr04
坐标: 32765331-32772293
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2239 bp · TkA04G126120|TK1151|cDNA
CTAATACGTCAGCGCTCGCGCTCTCAACCTTAAAGGCTTAAACCCTAATTCTCTTTCTCATTGCCCCCAACACAAGAGGCCGAAACAGTAGCAACATCTGAAGTACCAGACAACGTCTCTCCCCGATAACCACAGCTCACACGCCGTCGATTAAGCGGACGTCCTCTTCAGTCCAGCAGTCCCCTGTTATCGTCTCTCAAAGCTCAGTCCAGCATCCCTCGCCCTTCGCATAATCATTTGGATTTTTGGACAACCACGAA...
CDS
下载 CDS FASTA1926 bp · TkA04G126120|TK1151|CDS
ATGGGGCCGTGTGTTTCGTTTTCCCCCAAGCGATTGAAAATGGATTTTGAAATTGCAGAGCTTAAGCAGAGACAGTGGTGGTTGCCTGCCATGGTTGTTCTAGAGAAGAACCCTAATTCCAAAGCTGAAAATGGCGATGGCTCCAACAGCAAGAAGAAACGAAAGAGGAACAAGAACAAGAAGAACAATGTAGAGGAAGAGCCTGATATGGCTGCACAAGAAGCAGCAGAAATCAATGGCAGTGAGAAGGAAGAGGAAGA...
641 aa · TkA04G126120|TK1151|PROTEIN
MGPCVSFSPKRLKMDFEIAELKQRQWWLPAMVVLEKNPNSKAENGDGSNSKKKRKRNKNKKNNVEEEPDMAAQEAAEINGSEKEEEEVTAVKESKRKRKKKEKKAIEEEQNTETDEIKEDEDLNMEEEEVKETETKKKKKVRSGGDSGIMSSDSFTSLPLSEPTKKAIIDMGFQYMTQIQARSIPPLLEGKDVLGAARTGSGKTLAFLIPAVELLYHASFAPRNGTGVVVICPTRELAIQSHAVAKDLLKYHSQTLGLVI...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | TkA04G126120 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA04G126120 |
| OH-1004 ID | LXL04_035508 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系 |
| 蛋白一致性 (%) | 99.800 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 98.284 / OH-1004 100.000覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | TK1151 / GWHBCHF00000000 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | TkA04G126120 | ||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr04:32765331-32772293 (+) | ||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to Os03g0802700: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 27 | ||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| ||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0000463 maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程 GO:0048866 stem cell fate specification 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005694 chromosome 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0003723 RNA binding 分子功能 GO:0003724 RNA helicase activity 分子功能 GO:0005524 ATP binding 分子功能 GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能 | ||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT3G18600 ath:AT5G65900 ddi:DDB_G0282741 dosa:Os03g0802700 dosa:Os06g0535100 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.943
细胞质0.083
细胞膜0.025
内质网0.019
线粒体0.014
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF05477SURF248-146 aaPF29346GAP4549-142 aaPF00270DEAD177-348 aaPF00271Helicase_C222-245 aaPF00271Helicase_C322-349 aaPF00271Helicase_C389-492 aaPF13959CTE_SPB4546-595 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TkA04G126120 | PF05477 | SURF2 | 48 | 146 | 4.1 | 7.6 |
| TkA04G126120 | PF29346 | GAP45 | 49 | 142 | 4.2 | 8.2 |
| TkA04G126120 | PF00270 | DEAD | 177 | 348 | 3.6e-47 | 160.9 |
| TkA04G126120 | PF00271 | Helicase_C | 222 | 245 | 8.6e-25 | 87.8 |
| TkA04G126120 | PF00271 | Helicase_C | 322 | 349 | 8.6e-25 | 87.8 |
| TkA04G126120 | PF00271 | Helicase_C | 389 | 492 | 8.6e-25 | 87.8 |
| TkA04G126120 | PF13959 | CTE_SPB4 | 546 | 595 | 9e-18 | 64.7 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9LIH9 | 拟南芥 | sp|Q9LIH9|RH51_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 51 | 75.300% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q9SB89 | 拟南芥 | sp|Q9SB89|RH27_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 27 | 64.800% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q84T03 | 水稻 | sp|Q84T03|RH27_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 27 | 69.000% | Swiss-Prot | 高置信 |
Q0DBS1 | 水稻 | sp|Q0DBS1|RH51_ORYSJ Putative DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 51 | 63.500% | Swiss-Prot | 高置信 |