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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G122220
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 31755494-31757724 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1558 bp · TkA04G122220|TK1151|cDNA

CTTTTATCCAACCCTATTTGAACAAAAGAGTAAAACACAGCAAATTACATGAACCCCGGACGATACGGCCAGCCGGCGTTCACCACCGGCGACGTTGGACTCCATTTCCATTCAAGAATGATCCCTTCACTGGTTTCCGAATTACCATTTTACACGCATCAAGGACTAAACCCTAAAGCACCACCAGCTCATACTTTTTGTGACAGCCCCGCCGGCTCTCCTCCTCCTCCACCTCCTCCGCCTCCACCTGCATATTTACC...

CDS

下载 CDS FASTA

939 bp · TkA04G122220|TK1151|CDS

ATGAATGACGAGTATGGGTACCAGAGAAGTGGAAGAAAATGCAAAGAAAAGTTCGAAAATTTGTACAAATATTACAAAAAGACGAAAGATGGTAAAGTTGGAAAACATGATGGTAAACACTATCGGTTTTTTCGCCAGCTTGAATCCCTCTTTGGAGATCAACATGATCTCCGAAGTATCAATAGCAATATCGTTATTACCCAACCGAACTATTCTTCTGAAAATGGAACGCCATCGTTGGAGAAGAATAATCGAAGTAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

312 aa · TkA04G122220|TK1151|PROTEIN

MNDEYGYQRSGRKCKEKFENLYKYYKKTKDGKVGKHDGKHYRFFRQLESLFGDQHDLRSINSNIVITQPNYSSENGTPSLEKNNRSNHKLKKKALIAAIEESMESQFSKLMARQDEFGKNILCTIERKEQERVVGEEEWRRQEVARLDHECEAWASHVARIETRDKCLLDALQNLVRVRSIGSSYRNMVPMENSEENECPSNHEKHKDWIEAEICSLIHIRTAKGCRFDQPVNEEHGKGVWQEVAFELSLLGYNRSESDC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G122220
TK1151 IDTkA04G122220
OH-1004 IDLXL04_035580
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 69.488
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G122220
位置Chr04:31755494-31757724 (-)
描述Similar to PTL: Trihelix transcription factor PTL
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g03680 转录因子，抑制生长。 暂无已核实直接文献
At1g76890 可结合特定DNA序列的可能转录因子。 暂无已核实直接文献
At1g76880 转录抑制因子，通过直接结合 RSL4 启动子并抑制 RSL4 表达，从而负向调控根毛生长。 暂无已核实直接文献
At1g33240 转录抑制因子，可结合特定的DNA序列，如SDD1启动子中的GT3盒 5'-GGTAAA-3'。
The trihelix transcription factor GTL1 regulates ploidy-dependent cell growth in the Arabidopsis trichome.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.068387
The Arabidopsis GTL1 transcription factor regulates water use efficiency and drought tolerance by modulating stomatal density via transrepression of SDD1.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.078691
GTL1 and DF1 regulate root hair growth through transcriptional repression of ROOT HAIR DEFECTIVE 6-LIKE 4 in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1242/dev.159707

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035580 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009909 regulation of flower development 生物过程
GO:0019760 glucosinolate metabolic process 生物过程
GO:0046621 negative regulation of organ growth 生物过程
GO:0048354 mucilage biosynthetic process involved in seed coat development 生物过程
GO:0048358 mucilage pectin biosynthetic process 生物过程
GO:0048441 petal development 生物过程
GO:0048442 sepal development 生物过程
GO:0048498 establishment of petal orientation 生物过程
GO:0048768 root hair cell tip growth 生物过程
GO:0090428 perianth development 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G76880
ath:AT1G76890
ath:AT5G03680
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.972
排名 1 · TkA04G122220 · TK1151
细胞质0.078
排名 2 · TkA04G122220 · TK1151
细胞膜0.022
排名 3 · TkA04G122220 · TK1151
内质网0.011
排名 4 · TkA04G122220 · TK1151
质体0.011
排名 5 · TkA04G122220 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10545MADF_DNA_bdg3-48 aa
PF13837Myb_DNA-bind_44-50 aa
PF12458DUF368613-48 aa
PF10545MADF_DNA_bdg84-109 aa
PF13837Myb_DNA-bind_493-113 aa
PF11014DUF285298-166 aa
PF13837Myb_DNA-bind_4207-283 aa
PF10545MADF_DNA_bdg239-283 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G122220PF10545MADF_DNA_bdg3480.1213.5
TkA04G122220PF13837Myb_DNA-bind_44508.2e-1968.5
TkA04G122220PF12458DUF368613480.08712.0
TkA04G122220PF10545MADF_DNA_bdg841090.1213.5
TkA04G122220PF13837Myb_DNA-bind_4931138.2e-1968.5
TkA04G122220PF11014DUF2852981661.59.7
TkA04G122220PF13837Myb_DNA-bind_42072838.2e-1968.5
TkA04G122220PF10545MADF_DNA_bdg2392830.1213.5
TkA04G122220PF11014DUF28522733071.59.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LZS0拟南芥sp|Q9LZS0|PTL_ARATH Trihelix transcription factor PTL40.000%Swiss-Prot中等置信
Q39117拟南芥sp|Q39117|TGT2_ARATH Trihelix transcription factor GT-250.700%Swiss-Prot低置信
Q9C6K3拟南芥sp|Q9C6K3|DF1_ARATH Trihelix transcription factor DF127.500%Swiss-Prot低置信
Q9C882拟南芥sp|Q9C882|GTL1_ARATH Trihelix transcription factor GTL166.000%Swiss-Prot低置信

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