TkA04G115570 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G115570

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 30022614-30023607 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

503 bp · TkA04G115570|TK1151|cDNA

ATTCTCCCTTTTACATATTGTAATTGACTTTAAGACACAAAACATGTCCTCTCTCCCACGCCCACCTTCCCCCTCCCCTCTTCACCATGAAGCCGATGGATGATTTATGGAATGAGATCAGCGGCCTACCATCTCCGATCCCCAACCGCTTCCAAAACTTCTTTCCTCAGGCGCTTCGGTCGCCTGGAACCACCACTCAGTTCCTCCCTCCCCCGCCGTCCACCACCACCATGTTAACTCTACTCACGACTACCGACTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

417 bp · TkA04G115570|TK1151|CDS

ATGAAGCCGATGGATGATTTATGGAATGAGATCAGCGGCCTACCATCTCCGATCCCCAACCGCTTCCAAAACTTCTTTCCTCAGGCGCTTCGGTCGCCTGGAACCACCACTCAGTTCCTCCCTCCCCCGCCGTCCACCACCACCATGTTAACTCTACTCACGACTACCGACTCCGCGCATGAAGATCCCAATAAGAGACCTAAACCAAATCCACCACCGCAAAATCTTACGCCGGACGCCACTTCTCCACCTGAATACAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

138 aa · TkA04G115570|TK1151|PROTEIN

MKPMDDLWNEISGLPSPIPNRFQNFFPQALRSPGTTTQFLPPPPSTTTMLTLLTTTDSAHEDPNKRPKPNPPPQNLTPDATSPPEYTEKFRRLMKNRESAARSRARKQARADELEQEVMRLAEENAKLKRLQKEVNYN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G115570`
TK1151 ID	TkA04G115570
OH-1004 ID	LXL04_035691
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G115570

位置 Chr04:30022614-30023607 (-)

描述 Similar to FD: Protein FD

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g41070`	结合胚胎特异元件和Dc3基因启动子的ABA响应元件（ABRE），以及Em1基因启动子的ABRE。	暂无已核实直接文献
`At4g35900`	由FT促进开花所需的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g17770`	由FT促进开花所需的转录因子。	暂无已核实直接文献
`At1g45249`	参与 ABA 和应激反应，并作为葡萄糖信号转导的积极成分。	Arabidopsis basic leucine zipper transcription factors involved in an abscisic acid-dependent signal transduction pathway under drought and high-salinity conditions.2000 · DOI: 10.1073/pnas.190309197 AREB1 is a transcription activator of novel ABRE-dependent ABA signaling that enhances drought stress tolerance in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.035659 Transcriptional regulation of ABI3- and ABA-responsive genes including RD29B and RD29A in seeds, germinating embryos, and seedlings of Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1007/s11103-005-2418-5

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035691 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009648 photoperiodism 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0009911 positive regulation of flower development 生物过程

GO:0010115 regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G45249

ath:AT2G17770

ath:AT2G41070

ath:AT4G35900

dosa:Os01g0859300

osa:4325061

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.959

排名 1 · TkA04G115570 · TK1151

细胞质0.118

排名 2 · TkA04G115570 · TK1151

细胞膜0.022

排名 3 · TkA04G115570 · TK1151

内质网0.013

排名 4 · TkA04G115570 · TK1151

质体0.010

排名 5 · TkA04G115570 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09487HrpB219-38 aa

PF14362DUF440765-134 aa

PF09487HrpB280-136 aa

PF14661HAUS6_N87-134 aa

PF25600TRIM_CC89-134 aa

PF00170bZIP_190-135 aa

PF07716bZIP_290-130 aa

PF03131bZIP_Maf90-130 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G115570	`PF09487`	HrpB2	19	38	0.49	11.6
TkA04G115570	`PF14362`	DUF4407	65	134	0.19	11.7
TkA04G115570	`PF09487`	HrpB2	80	136	0.49	11.6
TkA04G115570	`PF14661`	HAUS6_N	87	134	0.012	16.0
TkA04G115570	`PF25600`	TRIM_CC	89	134	0.65	10.6
TkA04G115570	`PF00170`	bZIP_1	90	135	4.6e-11	43.4
TkA04G115570	`PF07716`	bZIP_2	90	130	2.3e-10	41.1
TkA04G115570	`PF03131`	bZIP_Maf	90	130	0.00091	20.4
TkA04G115570	`PF14197`	Cep57_CLD_2	90	128	0.45	11.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C5Q2`	拟南芥	sp\|Q9C5Q2\|AI5L3_ARATH ABSCISIC ACID-INSENSITIVE 5-like protein 3	70.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q84JK2`	拟南芥	sp\|Q84JK2\|FD_ARATH Protein FD	65.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q7PCC6`	拟南芥	sp\|Q7PCC6\|FDP_ARATH bZIP transcription factor 27	63.400%	Swiss-Prot	低置信
`Q9M7Q4`	拟南芥	sp\|Q9M7Q4\|AI5L5_ARATH ABSCISIC ACID-INSENSITIVE 5-like protein 5	69.000%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情