TkA04G114380 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G114380

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 29686185-29690233 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1661 bp · TkA04G114380|TK1151|cDNA

AAAAAAAGAATTCGCAAATCATCGGATACAGAAGAACGCTGTTCTTGCTCCCTGCCGATTCTGCAAATCCTTCCTCCTGTTGCGAGAGAAAGGGGAGACATGACTGCTGCGGCATACGGTCAGCTTAATCTCGAAGAGTCGCCATCATGGGGTTCTCGAAGTGTAGACTGTTTCGAAAAACTTGAACAAATTGGCGAAGGAACATACGGTCAAGTATACATGGCCAGAGAATTAAAAACCGGCGAAATTGTTGCATTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1362 bp · TkA04G114380|TK1151|CDS

AAAAAAAGAATTCGCAAATCATCGGATACAGAAGAACGCTGTTCTTGCTCCCTGCCGATTCTGCAAATCCTTCCTCCTGTTGCGAGAGAAAGGGGAGACATGACTGCTGCGGCATACGGTCAGCTTAATCTCGAAGAGTCGCCATCATGGGGTTCTCGAAGTGTAGACTGTTTCGAAAAACTTGAACAAATTGGCGAAGGAACATACGGTCAAGTATACATGGCCAGAGAATTAAAAACCGGCGAAATTGTTGCATTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

453 aa · TkA04G114380|TK1151|PROTEIN

KKRIRKSSDTEERCSCSLPILQILPPVARERGDMTAAAYGQLNLEESPSWGSRSVDCFEKLEQIGEGTYGQVYMARELKTGEIVALKKIRMDNEKEGFPITAIREIKILKKLQHENVIKLKEIVTSSGPEVDEHGKSGGHMYKGSIYMVFEYMDHDLTGLSDRPGLRFTIPQIKCYMKQLLTGLHYCHVNQVLHRDIKGSNLLIDNEGNLKLADFGLARSYSTDCKGNLTNRVITLWYRPPELLLGATRYGPSVDMWSVG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G114380`
TK1151 ID	TkA04G114380
OH-1004 ID	LXL04_035707
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.364 / OH-1004 80.515 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G114380

位置 Chr04:29686185-29690233 (-)

描述 Similar to CDKC-1: Cyclin-dependent kinase C-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g10270`	细胞周期蛋白dependent kinase C-1。	暂无已核实直接文献
`At5g64960`	细胞周期蛋白dependent kinase C-2。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0389700`	细胞周期蛋白dependent kinase C-1。	暂无已核实直接文献
`Os01g0958000`	细胞周期蛋白dependent kinase C-2。	暂无已核实直接文献
`Os08g0453800`	细胞周期蛋白dependent kinase C-3。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035707 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0032968 positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

GO:0048440 carpel development 生物过程

GO:0050792 regulation of viral process 生物过程

GO:0000307 cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0016604 nuclear body 细胞组分

GO:0004693 cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G10270

ath:AT5G64960

dosa:Os01g0958000

dosa:Os05g0389700

osa:9268645

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.804

排名 1 · TkA04G114380 · TK1151

细胞质0.351

排名 2 · TkA04G114380 · TK1151

细胞膜0.046

排名 3 · TkA04G114380 · TK1151

线粒体0.031

排名 4 · TkA04G114380 · TK1151

内质网0.023

排名 5 · TkA04G114380 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03109ABC156-91 aa

PF00069Pkinase58-357 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr60-278 aa

PF12330Haspin_kinase64-112 aa

PF14531Kinase-like65-97 aa

PF07387Seadorna_VP7184-215 aa

PF14531Kinase-like186-252 aa

PF03109ABC1188-235 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G114380	`PF03109`	ABC1	56	91	3.7e-07	30.3
TkA04G114380	`PF00069`	Pkinase	58	357	1.2e-72	245.2
TkA04G114380	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	60	278	1.2e-28	100.8
TkA04G114380	`PF12330`	Haspin_kinase	64	112	0.078	12.7
TkA04G114380	`PF14531`	Kinase-like	65	97	0.037	14.0
TkA04G114380	`PF07387`	Seadorna_VP7	184	215	0.26	11.0
TkA04G114380	`PF14531`	Kinase-like	186	252	0.037	14.0
TkA04G114380	`PF03109`	ABC1	188	235	3.7e-07	30.3
TkA04G114380	`PF12330`	Haspin_kinase	194	221	0.078	12.7
TkA04G114380	`PF03109`	ABC1	314	330	3.7e-07	30.3
TkA04G114380	`PF00069`	Pkinase	381	402	1.2e-72	245.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFT8`	拟南芥	sp\|Q9LFT8\|CDKC1_ARATH Cyclin-dependent kinase C-1	80.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q8W4P1`	拟南芥	sp\|Q8W4P1\|CDKC2_ARATH Cyclin-dependent kinase C-2	81.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q6I5Y0`	水稻	sp\|Q6I5Y0\|CDKC1_ORYSJ Cyclin-dependent kinase C-1	83.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q5JK68`	水稻	sp\|Q5JK68\|CDKC2_ORYSJ Cyclin-dependent kinase C-2	81.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q6ZAG3`	水稻	sp\|Q6ZAG3\|CDKC3_ORYSJ Cyclin-dependent kinase C-3	58.100%	Swiss-Prot	高置信

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