TkA04G113640 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G113640

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 29495588-29502550 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2199 bp · TkA04G113640|TK1151|cDNA

CTCTAATCAAATCACATATTCAGCACATGCCGATTTAAACGAAGGCCGCGTATCTAAAAACAGTGAACTAAAAAAACACCGGACTTCGGTTGTTTGGGAGATTTATCTCAGATTCAAACCCTAGGGTTTCCATCTTTCACCTTCGCACATGGATCTGTTGCAGACATACAAGGATACGGATGGCGACGATCAACGGATGTCCGATAACTCATCACCGGACTCATCCCCTCCACGTCTCTCTATCGTACCCAAATCCTCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1755 bp · TkA04G113640|TK1151|CDS

ATGGATCTGTTGCAGACATACAAGGATACGGATGGCGACGATCAACGGATGTCCGATAACTCATCACCGGACTCATCCCCTCCACGTCTCTCTATCGTACCCAAATCCTCCGCTCCGAAAGTCGACGACACCATGCTTTCTCTCACCGTCGCCGACGCCATCGCCAGAAAATCCTTAACCAAGCCCCTCGACCCGACGCAACATTTGGTTGCCTTCAACCCTACCTACGATCAGCTCTGGGCTCCAATTGAAGGACCTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

584 aa · TkA04G113640|TK1151|PROTEIN

MDLLQTYKDTDGDDQRMSDNSSPDSSPPRLSIVPKSSAPKVDDTMLSLTVADAIARKSLTKPLDPTQHLVAFNPTYDQLWAPIEGPAHPYAKDGLAQGMRNHKLGFVENDSIAPFVFDEQYNTFYKYGYAADPSASAGHNYVGDMEALKQNDGISVYNIPQHEQKKRKLEKKKEALEKAGDDEEVDEEVQNPATDAWLMKNRKSPWAGKKEGLQGELTEEQKKYAEDYAKKKSEEGEKNKDKGEAMSDKSTFHGKEEKDY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G113640`
TK1151 ID	TkA04G113640
OH-1004 ID	LXL04_030969
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	28.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 52.740 / OH-1004 75.059 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G113640

位置 Chr04:29495588-29502550 (-)

描述 Similar to WDR25: WD repeat-containing protein 25

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g01330`	结合肌动蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030969 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0000974 Prp19 complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

GO:0016607 nuclear speck 细胞组分

GO:0071006 U2-type catalytic step 1 spliceosome 细胞组分

GO:0071007 U2-type catalytic step 2 spliceosome 细胞组分

GO:0071013 catalytic step 2 spliceosome 细胞组分

GO:0071014 post-mRNA release spliceosomal complex 细胞组分

GO:0071020 post-spliceosomal complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

hsa:51362

hsa:79446

mmu:212198

mmu:71713

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.898

排名 1 · TkA04G113640 · TK1151

细胞质0.179

排名 2 · TkA04G113640 · TK1151

细胞膜0.027

排名 3 · TkA04G113640 · TK1151

线粒体0.026

排名 4 · TkA04G113640 · TK1151

内质网0.015

排名 5 · TkA04G113640 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23411Beta-prop_Vps41142-173 aa

PF23098Beta-prop_NOL10_N150-183 aa

PF24017Beta-prop_SCAP157-202 aa

PF29037DSE1_N278-368 aa

PF30151PAC11278-329 aa

PF24796WDR55282-323 aa

PF25168Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd283-325 aa

PF00400WD40284-322 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G113640	`PF23411`	Beta-prop_Vps41	142	173	0.00051	20.1
TkA04G113640	`PF23098`	Beta-prop_NOL10_N	150	183	1e-07	32.2
TkA04G113640	`PF24017`	Beta-prop_SCAP	157	202	0.0071	15.9
TkA04G113640	`PF29037`	DSE1_N	278	368	4.3e-11	43.2
TkA04G113640	`PF30151`	PAC11	278	329	1.4e-06	28.2
TkA04G113640	`PF24796`	WDR55	282	323	3.6e-26	92.6
TkA04G113640	`PF25168`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	283	325	2.6e-24	86.8
TkA04G113640	`PF00400`	WD40	284	322	6.5e-44	147.2
TkA04G113640	`PF23798`	Beta-prop_SPT8	284	340	1.2e-11	44.9
TkA04G113640	`PF24780`	WD40_MABP1-WDR62_1st	284	368	1.2e-07	32.1
TkA04G113640	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	285	390	1.8e-43	149.2
TkA04G113640	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	285	377	6e-39	134.4
TkA04G113640	`PF24814`	WD40_Prp19	285	376	1.4e-38	133.3
TkA04G113640	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	285	346	5.3e-37	128.4
TkA04G113640	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	285	450	4.4e-34	118.8
TkA04G113640	`PF24782`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	285	451	1.5e-16	61.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZU34`	拟南芥	sp\|Q9ZU34\|AIP11_ARATH Actin-interacting protein 1-1	27.600%	Swiss-Prot	低置信

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