TkA04G111460 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G111460

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 28986391-28989260 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2698 bp · TkA04G111460|TK1151|cDNA

CTCTCTCTCTCTCGCTCGCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCCACCCTTGCATGGCAAGGGGTTTCTTACGAACAATTCCGTTCAAAATTAGGGCTTTCAGCTAATACTCCTGACAAGAATGTGAAGCTTCGAATTCAAATATGTCGAATGAGAAAGATTATGGTCTTATAGGCCCGTTCAAACCTATACCAAAGGAGGCTATATACTGCTCTCACATACATGAAAAACATCCTTTTGGGGTCTTCATCTACGGAGAAAGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1110 bp · TkA04G111460|TK1151|CDS

ATGAGCTTAAGAGGTCAAGTCGAGCTTTTGCTGTTTATTCACTGGTTGGACTTTCAGATGATCGGGGTCCCACAGTTTACTATGTTTGTACTTTTGACAACGGTGATAACGGGAATAGCAACGCCGTTAATAAACGTAGTGTACAATCCAAACAGACCATACATGATCAATAAACGACGAAACATCCAACACACTCCTCCGAACACTGAACTCCCTGTTCTTGTGTGTTTCATCGATGAAGATAGTGTTCCTGGAATGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

369 aa · TkA04G111460|TK1151|PROTEIN

MSLRGQVELLLFIHWLDFQMIGVPQFTMFVLLTTVITGIATPLINVVYNPNRPYMINKRRNIQHTPPNTELPVLVCFIDEDSVPGMIHLLEVSNPTVHSPFLVYALHLVELVGRAAPMFIDHTGEQKDNNEENSERDYSGTVHKSFQNVHETKGDVIKVHSFTSVAPKRSMYQDVCELALNRKVSLIILPYNTSPMMRGVAGTEMVQNSVKSLNITVLDHAPCSVAMLVDKGGFKAPANLRLSVTIQYHFAMLFLGGADA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G111460`
TK1151 ID	TkA04G111460
OH-1004 ID	LXL04_035745
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.729 / OH-1004 43.345 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G111460

位置 Chr04:28986391-28989260 (+)

描述 Similar to CHX24: Cation/H(+) antiporter 24

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g37060`	可能作为阳离子／H⁺反向转运蛋白发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g58460`	可能作为阳离子／H⁺反向转运蛋白发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At2g30240`	高亲和力钾转运蛋白，在K(+)吸收中起作用。	暂无已核实直接文献
`At1g06970`	可能作为阳离子／H⁺反向转运蛋白发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At2g28180`	可能作为阳离子／H⁺反向转运蛋白发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035745 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006813 potassium ion transport 生物过程

GO:0006885 regulation of pH 生物过程

GO:1902600 proton transmembrane transport 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0012505 endomembrane system 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0015297 antiporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G13620

ath:AT3G44900

ath:AT5G22900

ath:AT5G37060

ath:AT5G58460

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.554

排名 1 · TkA04G111460 · TK1151

细胞质0.212

排名 2 · TkA04G111460 · TK1151

细胞核0.170

排名 3 · TkA04G111460 · TK1151

内质网0.086

排名 4 · TkA04G111460 · TK1151

溶酶体／液泡0.083

排名 5 · TkA04G111460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23256CHX17_2nd103-232 aa

PF20951Flu_PB2_6th137-196 aa

PF23259CHX17_C247-368 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G111460	`PF23256`	CHX17_2nd	103	232	1.8e-38	132.2
TkA04G111460	`PF20951`	Flu_PB2_6th	137	196	0.1	12.9
TkA04G111460	`PF23259`	CHX17_C	247	368	5.9e-39	134.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q1HDT2`	拟南芥	sp\|Q1HDT2\|CHX24_ARATH Cation/H(+) antiporter 24	48.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FGH6`	拟南芥	sp\|Q9FGH6\|CHX25_ARATH Cation/H(+) antiporter 25	48.100%	Swiss-Prot	中等置信
`O22920`	拟南芥	sp\|O22920\|CHX13_ARATH Cation/H(+) symporter 13	32.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LMJ1`	拟南芥	sp\|Q9LMJ1\|CHX14_ARATH Cation/H(+) antiporter 14	31.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q58P71`	拟南芥	sp\|Q58P71\|CHX8_ARATH Cation/H(+) antiporter 8	32.000%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情