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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G102860
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 26766793-26767380 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

588 bp · TkA04G102860|TK1151|cDNA

ATGGGCTGCTTGATAGACGCACGAAAGGTGTTCGATGAAATGCTCGACAGAAACGTTGTCTCTTGGACCGCAATGCTTGGTGGGTACCTAAAATACGGGTTTGAAGATGAAGCGATGAAATTATTTACAGACTTTGTTAACAGTGGAATCAGGGCAAATCCCAAAACTTTCGTGTGCCTATTGAATCTTTGTAGCAGGAGATTAGACTTCGAGCTTGGAAGACAACTCCATGCTTGTGTATTCAAAGGGCGTTTTGGTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

588 bp · TkA04G102860|TK1151|CDS

ATGGGCTGCTTGATAGACGCACGAAAGGTGTTCGATGAAATGCTCGACAGAAACGTTGTCTCTTGGACCGCAATGCTTGGTGGGTACCTAAAATACGGGTTTGAAGATGAAGCGATGAAATTATTTACAGACTTTGTTAACAGTGGAATCAGGGCAAATCCCAAAACTTTCGTGTGCCTATTGAATCTTTGTAGCAGGAGATTAGACTTCGAGCTTGGAAGACAACTCCATGCTTGTGTATTCAAAGGGCGTTTTGGTAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

195 aa · TkA04G102860|TK1151|PROTEIN

MGCLIDARKVFDEMLDRNVVSWTAMLGGYLKYGFEDEAMKLFTDFVNSGIRANPKTFVCLLNLCSRRLDFELGRQLHACVFKGRFGNLIVDSSLVYFYAQCGHLDEAFNVFDKMPGRDVVSWTTIITACSQHGQTKEAFTLFSQMLSDGFAPNEFTVCSVLKACGEEQALKFGRQLHATVVKKLFKNDVFRNFFS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G102860
TK1151 IDTkA04G102860
OH-1004 IDLXL04_035849
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)92.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.436 / OH-1004 26.536
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G102860
位置Chr04:26766793-26767380 (+)
描述Similar to PCMP-A2: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g18520, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g18520 对正常叶绿体发育是必需的。
Seedling Lethal1, a pentatricopeptide repeat protein lacking an E/E+ or DYW domain in Arabidopsis, is involved in plastid gene expression and early chloroplast development.2013 · DOI: 10.1104/pp.113.227199
PPR protein PDM1/SEL1 is involved in RNA editing and splicing of plastid genes in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1007/s11120-015-0171-4
At3g13770 假定含有五肽重复蛋白的蛋白 At3g13770，存在于线粒体中。 暂无已核实直接文献
At2g34400 含五肽重复序列的蛋白 At2g34400。 暂无已核实直接文献
At5g52630 假定含五聚肽重复序列蛋白 At5g52630。 暂无已核实直接文献
At3g20730 含五重复肽序列的蛋白 At3g20730。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035849 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11290
ath:AT4G18520
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.669
排名 1 · TkA04G102860 · TK1151
质体0.185
排名 2 · TkA04G102860 · TK1151
细胞核0.042
排名 3 · TkA04G102860 · TK1151
细胞质0.041
排名 4 · TkA04G102860 · TK1151
过氧化物酶体0.011
排名 5 · TkA04G102860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01535PPR2-19 aa
PF13041PPR_26-19 aa
PF12854PPR_16-14 aa
PF13428TPR_146-17 aa
PF12854PPR_115-42 aa
PF13812PPR_316-65 aa
PF13041PPR_217-65 aa
PF24603TPR_3018-48 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G102860PF01535PPR2193.4e-2793.5
TkA04G102860PF13041PPR_26194.6e-30104.2
TkA04G102860PF12854PPR_16143.7e-1659.3
TkA04G102860PF13428TPR_146170.0005521.1
TkA04G102860PF12854PPR_115423.7e-1659.3
TkA04G102860PF13812PPR_316653.3e-1247.0
TkA04G102860PF13041PPR_217654.6e-30104.2
TkA04G102860PF24603TPR_3018480.2812.4
TkA04G102860PF01535PPR20503.4e-2793.5
TkA04G102860PF13428TPR_1421450.0005521.1
TkA04G102860PF29070MSC6_N24636.4e-0522.9
TkA04G102860PF23276TPR_2424620.0006720.3
TkA04G102860PF10037MRP-S2724650.01714.8
TkA04G102860PF17177PPR_long37671.2e-0732.0
TkA04G102860PF13762MNE138660.02715.2
TkA04G102860PF01535PPR56763.4e-2793.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q0WNP3拟南芥sp|Q0WNP3|PP319_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g18520, chloroplastic60.700%Swiss-Prot高置信
Q9LIC3拟南芥sp|Q9LIC3|PP227_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13770, mitochondrial39.600%Swiss-Prot中等置信
O64705拟南芥sp|O64705|PP184_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g3440036.200%Swiss-Prot中等置信
Q9LTF4拟南芥sp|Q9LTF4|PP429_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g5263035.600%Swiss-Prot中等置信
Q9LT48拟南芥sp|Q9LT48|PP244_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2073036.800%Swiss-Prot中等置信

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