TkA04G098080 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G098080

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 25553964-25556191 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1781 bp · TkA04G098080|TK1151|cDNA

AAATCCAAAAAGGTAAAAATAACAGGGGCTATTCTTTGCAAATTTACTTTTAGAAAAAGGCAAAATCGGAATTATTGGGTGTTGTACCTTGTAAATAGTGAAACAATTGTTGTATCGGGGTAAAGTCGCAGTTGATCTATAGCAACATAGATGGGCTCCTTCAACTAACTGACCACTTCAATGGTGCGGTTGGGGAAACAAGATGGTGGCGGTGGCGCTGCTGCTGCTGCTGGATATGGTGGTGGATTGGGCTTGCGGCC...

CDS

下载 CDS FASTA

549 bp · TkA04G098080|TK1151|CDS

ATGAGCTTCCTTGCTGACTTCCTCCGACCTCTTCCTTCTGGAGATGCTGCATGGATCAATTTGCTAAAAAAAGCTGGAGGTGGCTGTAATGATCTTTTATACAGCGGACACATGCTCGTTGCAGTTCTTACAGCCATGGCTTGGACGGAAGCATATGGAGGTTGGAGTTCGTGTTTTATTTGGATGCTAGTGGCGCACAGTGCCCAAAGGGAAGTGAGAGAAAGACACCATTACACAGTGGACTGCATCGTGGCAATCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

182 aa · TkA04G098080|TK1151|PROTEIN

MSFLADFLRPLPSGDAAWINLLKKAGGGCNDLLYSGHMLVAVLTAMAWTEAYGGWSSCFIWMLVAHSAQREVRERHHYTVDCIVAIYVGILLWKMTGFLWPIKNRSRELRLKRLEKIEGRLYQAAKDSDLEKVRDLLKQVDLGSQSKNNEDGKGRGMQFFAGGTIVFALTVVVLAFVLTSDG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G098080`
TK1151 ID	TkA04G098080
OH-1004 ID	LXL04_035899
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 41.535 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G098080

位置 Chr04:25553964-25556191 (+)

描述 Protein of unknown function

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g43580`	催化特长链脂肪酸（VLCFA）鞘脂的生物合成。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035899 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009663 plasmodesma organization 生物过程

GO:0010497 plasmodesmata-mediated intercellular transport 生物过程

GO:0030148 sphingolipid biosynthetic process 生物过程

GO:0042761 very long-chain fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0046513 ceramide biosynthetic process 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0033188 sphingomyelin synthase activity 分子功能

GO:0047493 ceramide cholinephosphotransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G43580

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.616

排名 1 · TkA04G098080 · TK1151

高尔基体0.224

排名 2 · TkA04G098080 · TK1151

细胞核0.076

排名 3 · TkA04G098080 · TK1151

细胞质0.072

排名 4 · TkA04G098080 · TK1151

细胞膜0.050

排名 5 · TkA04G098080 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14360PAP2_C28-95 aa

PF24788AtPDCT1_232-96 aa

PF01569PAP234-94 aa

PF22366NDH2_C45-85 aa

PF00558Vpu59-74 aa

PF00558Vpu81-131 aa

PF22366NDH2_C90-96 aa

PF25399DeaD_dimer110-139 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G098080	`PF14360`	PAP2_C	28	95	1.3e-15	58.4
TkA04G098080	`PF24788`	AtPDCT1_2	32	96	0.0069	17.0
TkA04G098080	`PF01569`	PAP2	34	94	0.0052	17.2
TkA04G098080	`PF22366`	NDH2_C	45	85	0.13	13.1
TkA04G098080	`PF00558`	Vpu	59	74	0.47	11.0
TkA04G098080	`PF00558`	Vpu	81	131	0.47	11.0
TkA04G098080	`PF22366`	NDH2_C	90	96	0.13	13.1
TkA04G098080	`PF25399`	DeaD_dimer	110	139	0.37	11.6
TkA04G098080	`PF14360`	PAP2_C	166	177	1.3e-15	58.4
TkA04G098080	`PF01569`	PAP2	166	175	0.0052	17.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XIG2`	拟南芥	sp\|Q9XIG2\|PLM_ARATH Protein PHLOEM UNLOADING MODULATOR	61.700%	Swiss-Prot	高置信

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