TkA04G085260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G085260

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 22351190-22353149 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1203 bp · TkA04G085260|TK1151|cDNA

GTTGGAGTCTTGAAATGTGTGATGAGGGTTTTGCTGAAGATGGGAAAGCATATTTTTGTCAACATGCCTTTTATATATATTCAACTACACTCATATTCCCTTTAAATTGCTCCCATTCTCTTCTCTCTCACTACTATTCCCTTCTTTCTCTCTGTAAAAGGTGTTGTTTGTGTTGTTTGACAATGCCTGCAGAGGTGATGCCTGAGAAAACCTTCCATGGGATGTCTGGCCATGTAAAAGAAACCACTTCCGTCTTCCCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1086 bp · TkA04G085260|TK1151|CDS

ATGTGTGATGAGGGTTTTGCTGAAGATGGGAAAGCATATTTTTGTCAACATGCCTTTTATATATATTCAACTACACTCATATTCCCTTTAAATTGCTCCCATTCTCTTCTCTCTCACTACTATTCCCTTCTTTCTCTCTGTAAAAGGTGTTGTTTGTGTTGTTTGACAATGCCTGCAGAGGTGATGCCTGAGAAAACCTTCCATGGGATGTCTGGCCATGTAAAAGAAACCACTTCCGTCTTCCCTAGAAGGTTGGAGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

361 aa · TkA04G085260|TK1151|PROTEIN

MCDEGFAEDGKAYFCQHAFYIYSTTLIFPLNCSHSLLSHYYSLLSLCKRCCLCCLTMPAEVMPEKTFHGMSGHVKETTSVFPRRLEGKIAIVTGGAGGIGSATVRLFVKHGAKVVIADINDERGLALSTSLSPLATYVHCDVSLESDVRNLIDSTVGCYGRIDIMFNNAGVLGNQSKHKSIVNFDVDEFDRVMSVNVRGVALGIKHAARVMIPRGSGCIISTASVASVMGGMGPHAYTASKHAIVGLTKNTACELGGHGI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G085260`
TK1151 ID	TkA04G085260
OH-1004 ID	LXL04_032843
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	48.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 76.731 / OH-1004 94.815 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G085260

位置 Chr04:22351190-22353149 (+)

描述 Similar to Secoisolariciresinol dehydrogenase (Fragment)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g51680`	短链脱氢酶还原酶 2a。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032843 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009688 abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009807 lignan biosynthetic process 生物过程

GO:0016114 terpenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0046211 (+)-camphor biosynthetic process 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0004022 alcohol dehydrogenase (NAD+) activity 分子功能

GO:0010301 xanthoxin dehydrogenase (NAD+) activity 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0047500 (+)-borneol dehydrogenase activity 分子功能

GO:0102960 momilactone-A synthase [NAD(P)H] activity 分子功能

GO:0120529 secoisolariciresinol dehydrogenase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os04g0179200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.485

排名 1 · TkA04G085260 · TK1151

细胞核0.221

排名 2 · TkA04G085260 · TK1151

过氧化物酶体0.219

排名 3 · TkA04G085260 · TK1151

线粒体0.136

排名 4 · TkA04G085260 · TK1151

质体0.059

排名 5 · TkA04G085260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01175Urocanase80-123 aa

PF00106adh_short88-279 aa

PF03807F420_oxidored88-137 aa

PF08659KR91-247 aa

PF010733Beta_HSD91-155 aa

PF01370Epimerase91-155 aa

PF05368NmrA91-152 aa

PF16363GDP_Man_Dehyd91-122 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G085260	`PF01175`	Urocanase	80	123	0.35	11.2
TkA04G085260	`PF00106`	adh_short	88	279	4e-49	167.5
TkA04G085260	`PF03807`	F420_oxidored	88	137	0.049	15.0
TkA04G085260	`PF08659`	KR	91	247	3.3e-11	44.2
TkA04G085260	`PF01073`	3Beta_HSD	91	155	3e-05	23.9
TkA04G085260	`PF01370`	Epimerase	91	155	0.00045	20.4
TkA04G085260	`PF05368`	NmrA	91	152	0.013	15.9
TkA04G085260	`PF16363`	GDP_Man_Dehyd	91	122	0.045	13.9
TkA04G085260	`PF02737`	3HCDH_N	91	123	0.074	13.7
TkA04G085260	`PF03435`	Sacchrp_dh_NADP	95	147	0.0017	19.4
TkA04G085260	`PF13561`	adh_short_C2	96	306	3.4e-56	191.2
TkA04G085260	`PF01175`	Urocanase	222	233	0.35	11.2
TkA04G085260	`PF05368`	NmrA	287	358	0.013	15.9
TkA04G085260	`PF01175`	Urocanase	311	332	0.35	11.2
TkA04G085260	`PF13561`	adh_short_C2	317	350	3.4e-56	191.2
TkA04G085260	`PF01370`	Epimerase	322	343	0.00045	20.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SCU0`	拟南芥	sp\|Q9SCU0\|SDR2A_ARATH Short-chain dehydrogenase reductase 2a	63.700%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情