TkA04G077180 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G077180

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 20321031-20333143 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2280 bp · TkA04G077180|TK1151|cDNA

ATTCAAATTCAATCGTACTCGTCGCTACTGACCGGAGAAAGTTCGAGAAAACTGACCTAGGTCAACGGTCAACACTGCCGGGAATGGTTTGGCGGAGCCGCGGAGGCGCTGAGTGGTGGCGCCGTGGCGTCTGCCGGACCAATTCTGCTGCCGCCGATGGAGATGCAGCTTCAGAAAGGATTCGCTCTGAGCGAGTGGCGCCGAACGAGTTGAAGGAGTAGACATTAGTGGTGGAGAGGAAGCAATAAATCGGGGTTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1593 bp · TkA04G077180|TK1151|CDS

ATGATTTCTGGATGCGGCTGCGTAACTAACAAATCCCCGTTGCTGTTCCAGACATCTCTAGCAGGTTCATTTCCATCTTCAATATGGAACACAAAAATCAGGTTAAATACCACAAAAAAGACTCCATTTTTTCCTTGCATAAAGTGTTCAAAATCAGATGACGATAACGAAATCGACAAACCATCTTTCGAGAAACTATCCGTTGAGCGGGCCCCATACCACAGTTACAAAGACTCAATATCCGGGCAGGTGGAGCCCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

530 aa · TkA04G077180|TK1151|PROTEIN

MISGCGCVTNKSPLLFQTSLAGSFPSSIWNTKIRLNTTKKTPFFPCIKCSKSDDDNEIDKPSFEKLSVERAPYHSYKDSISGQVEPASGARSSILGQDYLPEGTVGQARAAGARGPDDDSFATPSFGQNPGSKRKMKMYKSSSSTPSSNSTQTTNTVVDQEEGLIGLEDEDEGLNEKFEESKDEFSDFVVYQKESEMEELSGYELDKKIGNPHPFIDPKKRREIKEPLTSEELWWNWRKPDKEQWSRWQKKRPDAETVFL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G077180`
TK1151 ID	TkA04G077180
OH-1004 ID	LXL04_036082
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G077180

位置 Chr04:20321031-20333143 (-)

描述 Similar to PTAC12: Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g34640`	参与质体基因表达。	Arabidopsis HEMERA/pTAC12 initiates photomorphogenesis by phytochromes.2010 · DOI: 10.1016/j.cell.2010.05.007

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0769900`	对质体编码的RNA聚合酶（PEP）的活性和由PEP转录的基因的完全表达是必需的。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036082 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009650 UV protection 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0010218 response to far red light 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0030163 protein catabolic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G34640

dosa:Os01g0769900

osa:4325601

zma:100275546

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.889

排名 1 · TkA04G077180 · TK1151

细胞核0.079

排名 2 · TkA04G077180 · TK1151

线粒体0.061

排名 3 · TkA04G077180 · TK1151

细胞质0.030

排名 4 · TkA04G077180 · TK1151

细胞膜0.017

排名 5 · TkA04G077180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF28667PTAC1215-530 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G077180	`PF28667`	PTAC12	15	530	1.3e-222	741.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IHY7`	拟南芥	sp\|F4IHY7\|PTA12_ARATH Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12, chloroplastic	61.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q0JIZ1`	水稻	sp\|Q0JIZ1\|PTA12_ORYSJ Protein PLASTID TRANSCRIPTIONALLY ACTIVE 12, chloroplastic	53.000%	Swiss-Prot	高置信

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