RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G076050
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 20011754-20014255 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2385 bp · TkA04G076050|TK1151|cDNA

TAATAGATAAATTTCAACGCCAATAGTCTATTGAGCAAGAAAAATGTATAACTGATTAATTCGAGACAAACAAAACTTGTCCTCAATGAACGCACCGAATTCAAATAAAAATTAAATATCTTTCAGCTGTTGCTCCTATTTATCAAGCTACCAATTTCAAACAATAAAAATATCTTTTATCCTCTTACCCATTTAATACATTTGTCATTAAAAATAAAGGATGAACTAAAATAAAAAGATATTACAATGCTTAATTTCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1140 bp · TkA04G076050|TK1151|CDS

ATGAATCCCACAGACCTTGAACAACTTGTAACCAGATCTCCAAATCTCACAAGGCTTACACTAAACATAACCACGACTTCCGACACCATCAGAAGGATCTTGTTAAAAGCTCCTCAACTGACGCACTTGGGTGCTGGCTCCAACAACCCGCAGTTGCAGATAAATCTCTACACTCTACTAGCATCATCATTTCACAAGTGTAAATCAATTAAAAGCCTTGCCCTCTTCCACCTTATTCCCCCTATACTTCTACGATCTAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

379 aa · TkA04G076050|TK1151|PROTEIN

MNPTDLEQLVTRSPNLTRLTLNITTTSDTIRRILLKAPQLTHLGAGSNNPQLQINLYTLLASSFHKCKSIKSLALFHLIPPILLRSIYPICPNLVHLNLRCVVAGIQSLDLIRFIKNCPNLQRLSILDTIGDAGLQVVSHTCKNLQELKIYHGRTVVGVTDIGLTAISTGCQNLRSLRYLCTRMTNTALITFSKNCSSTTCFKLTMLIPKQPDHTTQQPLDDGFRAIVQSCKDLRKLTLAGLLTDQVFLYIGMYAEKLEE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G076050
TK1151 IDTkA04G076050
OH-1004 IDLXL04_010138
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)40.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.681 / OH-1004 61.398
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G076050
位置Chr04:20011754-20014255 (-)
描述Similar to TIR1: Protein TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g12820 赋予对毒力细菌病原体 P.syringae 的敏感性（通过相似性）。 暂无已核实直接文献
At3g26810 SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。
A plant miRNA contributes to antibacterial resistance by repressing auxin signaling.2006 · DOI: 10.1126/science.1126088
At3g62980 生长素受体介导 Aux/IAA 蛋白蛋白酶体降解和生长素调节转录。
Identification of an SCF ubiquitin-ligase complex required for auxin response in Arabidopsis thaliana.1999 · DOI: 10.1101/gad.13.13.1678
Five components of the ethylene-response pathway identified in a screen for weak ethylene-insensitive mutants in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1073/pnas.0438070100
The Arabidopsis F-box protein TIR1 is an auxin receptor.2005 · DOI: 10.1038/nature03542
A plant miRNA contributes to antibacterial resistance by repressing auxin signaling.2006 · DOI: 10.1126/science.1126088
Small-molecule agonists and antagonists of F-box protein-substrate interactions in auxin perception and signaling.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0711146105
The TIR1 protein of Arabidopsis functions in auxin response and is related to human SKP2 and yeast grr1p.1998 · DOI: 10.1101/gad.12.2.198

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0395600 类运输抑制因子响应蛋白 Os04g0395600。 暂无已核实直接文献
Os11g0515500 类运输抑制因子响应蛋白1 Os11g0515500。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010138 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010152 pollen maturation 生物过程
GO:0010311 lateral root formation 生物过程
GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0045014 carbon catabolite repression of transcription by glucose 生物过程
GO:0048443 stamen development 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G12820
ath:AT3G26810
ath:AT3G62980
ath:AT4G03190
dosa:Os04g0395600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.591
排名 1 · TkA04G076050 · TK1151
细胞质0.324
排名 2 · TkA04G076050 · TK1151
线粒体0.071
排名 3 · TkA04G076050 · TK1151
细胞膜0.050
排名 4 · TkA04G076050 · TK1151
内质网0.037
排名 5 · TkA04G076050 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29594LRR_SKP23-130 aa
PF24758LRR_At5g563704-45 aa
PF12799LRR_44-24 aa
PF28505DUF1699_N13-39 aa
PF12799LRR_414-54 aa
PF12799LRR_438-75 aa
PF13306LRR_551-151 aa
PF24758LRR_At5g5637057-148 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G076050PF29594LRR_SKP231302.1e-0731.2
TkA04G076050PF24758LRR_At5g563704453e-1040.9
TkA04G076050PF12799LRR_44240.0007820.3
TkA04G076050PF28505DUF1699_N13390.1712.3
TkA04G076050PF12799LRR_414540.0007820.3
TkA04G076050PF12799LRR_438750.0007820.3
TkA04G076050PF13306LRR_5511510.007216.9
TkA04G076050PF24758LRR_At5g56370571483e-1040.9
TkA04G076050PF12799LRR_4911010.0007820.3
TkA04G076050PF12799LRR_4921280.0007820.3
TkA04G076050PF28505DUF1699_N1081260.1712.3
TkA04G076050PF25372LRR_FBXL151151891.3e-0834.4
TkA04G076050PF13306LRR_51161790.007216.9
TkA04G076050PF12799LRR_41191500.0007820.3
TkA04G076050PF29594LRR_SKP21341992.1e-0731.2
TkA04G076050PF12799LRR_41441780.0007820.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LPW7拟南芥sp|Q9LPW7|AFB3_ARATH Protein AUXIN SIGNALING F-BOX 348.600%Swiss-Prot中等置信
Q9LW29拟南芥sp|Q9LW29|AFB2_ARATH Protein AUXIN SIGNALING F-BOX 247.100%Swiss-Prot中等置信
Q570C0拟南芥sp|Q570C0|TIR1_ARATH Protein TRANSPORT INHIBITOR RESPONSE 142.200%Swiss-Prot中等置信
Q7XVM8水稻sp|Q7XVM8|TIR1B_ORYSJ Transport inhibitor response 1-like protein Os04g039560045.800%Swiss-Prot中等置信
Q2R3K5水稻sp|Q2R3K5|TIRC_ORYSJ Transport inhibitor response 1-like protein Os11g051550045.300%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看