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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G074500
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 19621053-19622303 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

594 bp · TkA04G074500|TK1151|cDNA

ATGCCTGACAGAAACATATTCTCCTGGAATGCTGTTTTATCCACGTTAACAAATGCGGGTCTTTTAGATGAAGCCAACAAGGTGTTCGATCAAATGCCCGACATGTATTCCAAATGCGGAAGTGTGGATTCTGCCCAAAAAATCTTCGATTCCATGACTTCACGTAATGTAGTTTCTTGGAATAGCTTGATCACATGTTATGAACAAAACGGTCCAGCTTCTGAAGCTCTTCATATTTTCACAAAGATGATGAACTCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

594 bp · TkA04G074500|TK1151|CDS

ATGCCTGACAGAAACATATTCTCCTGGAATGCTGTTTTATCCACGTTAACAAATGCGGGTCTTTTAGATGAAGCCAACAAGGTGTTCGATCAAATGCCCGACATGTATTCCAAATGCGGAAGTGTGGATTCTGCCCAAAAAATCTTCGATTCCATGACTTCACGTAATGTAGTTTCTTGGAATAGCTTGATCACATGTTATGAACAAAACGGTCCAGCTTCTGAAGCTCTTCATATTTTCACAAAGATGATGAACTCCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

197 aa · TkA04G074500|TK1151|PROTEIN

MPDRNIFSWNAVLSTLTNAGLLDEANKVFDQMPDMYSKCGSVDSAQKIFDSMTSRNVVSWNSLITCYEQNGPASEALHIFTKMMNSKIEPDEVTLASLISACATLANFNIGREIHNRVMKSNKLTNDLVISNALVDMYVKCGSIEDGKRVFRNMIHKDSVSWNAIIIGFAQNGYGSETLELFNEMLKSGVKNPIMSP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G074500
TK1151 IDTkA04G074500
OH-1004 IDLXL04_024214
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)40.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 89.848 / OH-1004 20.609
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G074500
位置Chr04:19621053-19622303 (-)
描述Similar to PCMP-E90: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g02330, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g13600 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g13600。 暂无已核实直接文献
At4g35130 含五十二氨基酸重复序列的蛋白At4g35130，叶绿体定位。 暂无已核实直接文献
At4g21065 含五聚肽重复的蛋白质 At4g21065。 暂无已核实直接文献
At1g17630 推定含五重复肽的蛋白质 At1g17630。 暂无已核实直接文献
At5g16860 含五基重复蛋白 At5g16860。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_024214 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0060090 molecular adaptor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G02330
ath:AT3G09040
ath:AT4G39530
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.587
排名 1 · TkA04G074500 · TK1151
质体0.266
排名 2 · TkA04G074500 · TK1151
细胞质0.050
排名 3 · TkA04G074500 · TK1151
细胞核0.039
排名 4 · TkA04G074500 · TK1151
过氧化物酶体0.014
排名 5 · TkA04G074500 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_24-33 aa
PF12854PPR_15-32 aa
PF13812PPR_35-32 aa
PF29070MSC6_N5-32 aa
PF01535PPR7-33 aa
PF13428TPR_149-31 aa
PF23276TPR_2411-54 aa
PF24603TPR_3019-35 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G074500PF13041PPR_24332.4e-36124.3
TkA04G074500PF12854PPR_15327.8e-2380.6
TkA04G074500PF13812PPR_35322.7e-1350.5
TkA04G074500PF29070MSC6_N5321.1e-0938.7
TkA04G074500PF01535PPR7339e-35117.2
TkA04G074500PF13428TPR_149310.00917.3
TkA04G074500PF23276TPR_2411542.4e-0731.4
TkA04G074500PF24603TPR_3019350.04914.8
TkA04G074500PF09385HisK_N21320.1912.4
TkA04G074500PF09385HisK_N23320.1912.4
TkA04G074500PF17049AEP127670.009415.8
TkA04G074500PF01535PPR34579e-35117.2
TkA04G074500PF29070MSC6_N341091.1e-0938.7
TkA04G074500PF13041PPR_235572.4e-36124.3
TkA04G074500PF12854PPR_136537.8e-2380.6
TkA04G074500PF13428TPR_1436540.00917.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SIT7拟南芥sp|Q9SIT7|PP151_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g1360034.100%Swiss-Prot中等置信
O49619拟南芥sp|O49619|PP350_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g35130, chloroplastic40.600%Swiss-Prot中等置信
A8MQA3拟南芥sp|A8MQA3|PP330_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g2106537.200%Swiss-Prot中等置信
Q9LNP2拟南芥sp|Q9LNP2|PPR47_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g1763034.200%Swiss-Prot中等置信
Q9LFL5拟南芥sp|Q9LFL5|PP390_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g1686036.600%Swiss-Prot中等置信

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