TkA04G072550 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G072550

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 19195003-19197621 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1616 bp · TkA04G072550|TK1151|cDNA

TGTGATTACTAAAAACGTTAGGGGTGGTGAGGAAATATAAATCAAAATAAAAGCCCCCTTTCATTCTCGTTTTTCTCTCAACTGTCTCTCCGTGTTCAACTCGCGTTTCAGCAATAACATTTGAGAGAGAATTTTCTACACCAGCAGCCATTCCCGAAATCGAAGTCGTAATATATTTTACTTTTAAAATTTGCCACTGTCCTGATATTGGATCTTACTCCAATCGCAATTTCCAATTTTGTATTTCGTTGAAAAATCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

948 bp · TkA04G072550|TK1151|CDS

ATGGCATTGCTCTTACACGATCAAACAATGTCGCTTTACATTGGTCGCGAGACTTCCAAGCTGTGGAAAAGAATTAGTGCAGAAACTATAACTGAAGTCAACCTTCTAGCGGAGAACTGGAAGTATATTCTCGGCGGTTTAACTTGCCAGTACATTCATGGGCTGGCTGCTCGAGGTGTTCACTACATTCATCGCCCTGGTCCAATTCTACAAGACACTGGATTCCGTCTACTTCCAGAGCTTGGACAGGAGAGAGCGTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

315 aa · TkA04G072550|TK1151|PROTEIN

MALLLHDQTMSLYIGRETSKLWKRISAETITEVNLLAENWKYILGGLTCQYIHGLAARGVHYIHRPGPILQDTGFRLLPELGQERAYVSETVFTFVFLSFVLWSLHPFILKTKKIYTILIWCRVLAFLSACQFLRILTFYSTQLPGPNYHCREGSRFATLPRPDNPLEFLLIMPRGVLYGCGDLIFSSHMIFSLVFVRTYQKYGTRRFIKQCAWLTVVIQSLLIIASRKHYTVDVVVAWYTVNLVVFFLDRKLAEMPERN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G072550`
TK1151 ID	TkA04G072550
OH-1004 ID	LXL04_036136
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G072550

位置 Chr04:19195003-19197621 (-)

描述 Similar to IPCS2: Phosphatidylinositol:ceramide inositolphosphotransferase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g37940`	催化磷酸肌醇基团从磷脂酰肌醇转移到植物神经酰胺，这是鞘脂生物合成中的重要步骤。	An inositolphosphorylceramide synthase is involved in regulation of plant programmed cell death associated with defense in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.060053
`At3g54020`	催化磷脂酰肌醇（PI）上的磷酸肌醇基向植酸酰胺的转移，这是鞘脂生物合成中的关键步骤。	暂无已核实直接文献
`At2g29525`	催化磷脂酰肌醇（PI）上的磷酸肌醇基向植酸酰胺的转移，这是鞘脂生物合成中的关键步骤。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B8ACH9`	催化磷脂酰肌醇（PI）上的磷酸肌醇基向植酸酰胺的转移，这是鞘脂生物合成中的关键步骤。	暂无已核实直接文献
`Os01g0850100`	催化磷脂酰肌醇（PI）上的磷酸肌醇基向植酸酰胺的转移，这是鞘脂生物合成中的关键步骤。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036136 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0030148 sphingolipid biosynthetic process 生物过程

GO:0046513 ceramide biosynthetic process 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0033188 sphingomyelin synthase activity 分子功能

GO:0045140 inositol phosphoceramide synthase activity 分子功能

GO:0047493 ceramide cholinephosphotransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G29525

ath:AT2G37940

ath:AT3G54020

dosa:Os01g0850100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.473

排名 1 · TkA04G072550 · TK1151

高尔基体0.342

排名 2 · TkA04G072550 · TK1151

细胞质0.095

排名 3 · TkA04G072550 · TK1151

细胞膜0.078

排名 4 · TkA04G072550 · TK1151

细胞核0.078

排名 5 · TkA04G072550 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01569PAP286-127 aa

PF14378PAP2_394-128 aa

PF14360PAP2_C95-123 aa

PF01569PAP2161-240 aa

PF14360PAP2_C180-248 aa

PF24788AtPDCT1_2184-238 aa

PF14378PAP2_3187-244 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G072550	`PF01569`	PAP2	86	127	0.085	13.3
TkA04G072550	`PF14378`	PAP2_3	94	128	0.00073	20.0
TkA04G072550	`PF14360`	PAP2_C	95	123	4.5e-23	82.3
TkA04G072550	`PF01569`	PAP2	161	240	0.085	13.3
TkA04G072550	`PF14360`	PAP2_C	180	248	4.5e-23	82.3
TkA04G072550	`PF24788`	AtPDCT1_2	184	238	0.023	15.2
TkA04G072550	`PF14378`	PAP2_3	187	244	0.00073	20.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SH93`	拟南芥	sp\|Q9SH93\|IPCS2_ARATH Phosphatidylinositol:ceramide inositolphosphotransferase 2	72.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9M325`	拟南芥	sp\|Q9M325\|IPCS1_ARATH Phosphatidylinositol:ceramide inositolphosphotransferase 1	72.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q56Y01`	拟南芥	sp\|Q56Y01\|IPCS3_ARATH Phosphatidylinositol:ceramide inositolphosphotransferase 3	64.700%	Swiss-Prot	高置信
`B8ACH9`	水稻	sp\|B8ACH9\|IPCS_ORYSI Phosphatidylinositol:ceramide inositolphosphotransferase	64.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q5N7A7`	水稻	sp\|Q5N7A7\|IPCS_ORYSJ Phosphatidylinositol:ceramide inositolphosphotransferase	64.800%	Swiss-Prot	高置信

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