RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G070970
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 18803428-18805839 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2286 bp · TkA04G070970|TK1151|cDNA

CAAAACTCGAATAACTTCTTTTCTTTCCTCACATCGTACTCACAAAAACCAGTTGACTTGTTCGCTTACAACACAAATTACGAACAAATCATGAAAAAAACAGCCCATCTCCTCCTCCTCATCCTCCTCTTCTATAATTGCTTGATGAAATCTTCATCATCAAAGAACACATTTCAGGAATATCTTCAGAGAGGATCGTCCCTCTCTGTAGGTGATGATTCAGACCTCATAACCTCCCCTGACAAAACTTTTACCTGCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2196 bp · TkA04G070970|TK1151|CDS

ATGAAAAAAACAGCCCATCTCCTCCTCCTCATCCTCCTCTTCTATAATTGCTTGATGAAATCTTCATCATCAAAGAACACATTTCAGGAATATCTTCAGAGAGGATCGTCCCTCTCTGTAGGTGATGATTCAGACCTCATAACCTCCCCTGACAAAACTTTTACCTGCGGCTTCTACAGTTTTGGAACCAATGCTTACTGGTTTGCAATCTGGTACACAAACTCCATAGACCGCACCGTGGTTTGGACTGCAAACACCAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

732 aa · TkA04G070970|TK1151|PROTEIN

MKKTAHLLLLILLFYNCLMKSSSSKNTFQEYLQRGSSLSVGDDSDLITSPDKTFTCGFYSFGTNAYWFAIWYTNSIDRTVVWTANTKKPVNGKGSKLTLLANGAMVLTDVDGTFVWGTNTTSTDVNRAVLLNTGNLVLVNKKGQIRWQSFDYPTDTLLPSQRLTKNTNLISALRKRSFEAGYFSLRYAMFNDLGVFDSTDGWTFNASDMGLGIKRRLTMDYDGNLRFYSLNESTGLWLISWQAIAQPCDIHGICGRNGIC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G070970
TK1151 IDTkA04G070970
OH-1004 IDLXL04_036154
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)94.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.541 / OH-1004 97.172
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G070970
位置Chr04:18803428-18805839 (+)
描述Similar to PK1: Putative receptor protein kinase ZmPK1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g24080 G型凝集素S-受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶At5g24080。 暂无已核实直接文献
At1g34300 G型凝集素S受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g34300。 暂无已核实直接文献
At2g19130 G型凝集素S受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At2g19130。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: A2XQD3 参与对食草性昆虫褐飞虱（Nilaparvata lugens, BPH）的抗性。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036154 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0048544 recognition of pollen 生物过程
GO:0051707 response to other organism 生物过程
GO:0005576 extracellular region 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0004672 protein kinase activity 分子功能
GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能
GO:0005516 calmodulin binding 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
GO:0030246 carbohydrate binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G34300
ath:AT2G19130
ath:AT5G24080
zma:542378
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.853
排名 1 · TkA04G070970 · TK1151
内质网0.085
排名 2 · TkA04G070970 · TK1151
细胞质0.066
排名 3 · TkA04G070970 · TK1151
细胞核0.034
排名 4 · TkA04G070970 · TK1151
溶酶体／液泡0.028
排名 5 · TkA04G070970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00024PAN_116-34 aa
PF01453B_lectin79-168 aa
PF00954S_locus_glycop120-149 aa
PF00954S_locus_glycop214-271 aa
PF01453B_lectin222-249 aa
PF00024PAN_1306-353 aa
PF14295PAN_4310-345 aa
PF08276PAN_2319-352 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G070970PF00024PAN_116340.03614.6
TkA04G070970PF01453B_lectin791681.6e-2280.7
TkA04G070970PF00954S_locus_glycop1201491.2e-0836.1
TkA04G070970PF00954S_locus_glycop2142711.2e-0836.1
TkA04G070970PF01453B_lectin2222491.6e-2280.7
TkA04G070970PF00024PAN_13063530.03614.6
TkA04G070970PF14295PAN_43103450.003818.0
TkA04G070970PF08276PAN_23193528e-0626.6
TkA04G070970PF07714PK_Tyr_Ser-Thr4756943.1e-36125.7
TkA04G070970PF00069Pkinase4766918.8e-48163.7
TkA04G070970PF03109ABC14855020.005316.7
TkA04G070970PF03109ABC15406160.005316.7
TkA04G070970PF12260PIP49_C5406110.01116.1
TkA04G070970PF03109ABC16576860.005316.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FLV4拟南芥sp|Q9FLV4|Y5248_ARATH G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At5g2408034.100%Swiss-Prot中等置信
Q9XID3拟南芥sp|Q9XID3|Y1343_ARATH G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g3430035.500%Swiss-Prot中等置信
O64477拟南芥sp|O64477|Y2913_ARATH G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At2g1913032.500%Swiss-Prot中等置信
A2XQD3水稻sp|A2XQD3|LERK2_ORYSI G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK233.100%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看