TkA04G070420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G070420

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 18664734-18667112 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2085 bp · TkA04G070420|TK1151|cDNA

ATGAAGAAAATAGTCTTTATCCTCCTCTTTTGTTGCTTGATGAAATCTTCCATATCAAAGAACACAATTCACGATCATCTTTACAGAGGCTCGTTTCTCTCTGTAGGTGATGATTCACACCTCATAACTTCTCCCGACAAAACTTTTACCTGCGGCTTTTACAACTTTCAAACCAATGCTTACTGGTTTGCAATCTGGTATACAAATTCTAAAGACCGCACAGTTGTTTGGACTGCAAACCGCAACAAACCCGTCAATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2085 bp · TkA04G070420|TK1151|CDS

ATGAAGAAAATAGTCTTTATCCTCCTCTTTTGTTGCTTGATGAAATCTTCCATATCAAAGAACACAATTCACGATCATCTTTACAGAGGCTCGTTTCTCTCTGTAGGTGATGATTCACACCTCATAACTTCTCCCGACAAAACTTTTACCTGCGGCTTTTACAACTTTCAAACCAATGCTTACTGGTTTGCAATCTGGTATACAAATTCTAAAGACCGCACAGTTGTTTGGACTGCAAACCGCAACAAACCCGTCAATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

694 aa · TkA04G070420|TK1151|PROTEIN

MKKIVFILLFCCLMKSSISKNTIHDHLYRGSFLSVGDDSHLITSPDKTFTCGFYNFQTNAYWFAIWYTNSKDRTVVWTANRNKPVNGHGSKLTLQANGAMVLTDVDGTFVWTTNPTSTDVDRAGLLNTGNLVLMNTNDQIVWQSFDFPTDTLLPSQSLTRSKSLISIMRKESFQPGYFSFSYASNNVLTLFYDGPEISNVYWPSPDPTFNVFQYGRTNFNNSRYAVFNDVGVFTSTDGLQFNATDMGFGIKRRLTMDYDG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G070420`
TK1151 ID	TkA04G070420
OH-1004 ID	LXL04_036154
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	68.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.983 / OH-1004 99.871 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G070420

位置 Chr04:18664734-18667112 (+)

描述 Similar to PK1: Putative receptor protein kinase ZmPK1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g34300`	G型凝集素S受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At1g34300。	暂无已核实直接文献
`UniProt: P0DH86`	自交不亲和性的雌性特异性决定因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0201900`	参与先天免疫。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A0A075F7E9`	参与先天免疫。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036154 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0048544 recognition of pollen 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004672 protein kinase activity 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0030246 carbohydrate binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G34300

ath:AT2G19130

ath:AT5G24080

zma:542378

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.779

排名 1 · TkA04G070420 · TK1151

内质网0.087

排名 2 · TkA04G070420 · TK1151

细胞质0.078

排名 3 · TkA04G070420 · TK1151

细胞外0.061

排名 4 · TkA04G070420 · TK1151

溶酶体／液泡0.040

排名 5 · TkA04G070420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00954S_locus_glycop73-104 aa

PF01453B_lectin74-162 aa

PF00954S_locus_glycop251-309 aa

PF01453B_lectin258-286 aa

PF00008EGF284-311 aa

PF14295PAN_4346-379 aa

PF08276PAN_2352-388 aa

PF00024PAN_1358-392 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G070420	`PF00954`	S_locus_glycop	73	104	6.3e-09	37.1
TkA04G070420	`PF01453`	B_lectin	74	162	1.8e-23	83.7
TkA04G070420	`PF00954`	S_locus_glycop	251	309	6.3e-09	37.1
TkA04G070420	`PF01453`	B_lectin	258	286	1.8e-23	83.7
TkA04G070420	`PF00008`	EGF	284	311	0.41	11.7
TkA04G070420	`PF14295`	PAN_4	346	379	0.016	16.0
TkA04G070420	`PF08276`	PAN_2	352	388	6.4e-06	26.9
TkA04G070420	`PF00024`	PAN_1	358	392	0.0083	16.7
TkA04G070420	`PF00069`	Pkinase	449	474	6.3e-37	128.1
TkA04G070420	`PF03109`	ABC1	451	467	0.054	13.3
TkA04G070420	`PF00069`	Pkinase	476	686	6.3e-37	128.1
TkA04G070420	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	476	686	3.1e-24	86.4
TkA04G070420	`PF03109`	ABC1	479	556	0.054	13.3
TkA04G070420	`PF12260`	PIP49_C	481	552	0.0097	16.2
TkA04G070420	`PF14531`	Kinase-like	506	603	0.31	11.0
TkA04G070420	`PF03109`	ABC1	598	687	0.054	13.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XID3`	拟南芥	sp\|Q9XID3\|Y1343_ARATH G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g34300	32.200%	Swiss-Prot	中等置信
`P0DH86`	拟南芥	sp\|P0DH86\|SRK_ARATH G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase SRK	28.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q7FAZ3`	水稻	sp\|Q7FAZ3\|LERK1_ORYSJ G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK1	29.900%	Swiss-Prot	低置信
`A0A075F7E9`	水稻	sp\|A0A075F7E9\|LERK1_ORYSI G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase LECRK1	29.700%	Swiss-Prot	低置信

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