TkA04G067970 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G067970

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 18017518-18024138 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2224 bp · TkA04G067970|TK1151|cDNA

CACCACCCTATGGAACGCTTTTGCCGCCCCAAATCTGCCCAATCATACATTCCATTCATTCGGTCGGGACGCATCTCCCACCAAGGAGAGAGGGACCATTAATGGCGTCTCCTCCTAACCCTCGTCGGCTACTCTAGCCTCACAGCCGCCATCTTACCGGAACTCCAGCATCTCCTCCTGTGTTCTCTCCGCTTTATATAATGCTTGTTACCTCCAACAATTACATGAGGCAAGAAATATTTGGTCGGAGGGAACTCCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1815 bp · TkA04G067970|TK1151|CDS

ATGCTTGTTACCTCCAACAATTACATGAGGCAAGAAATATTTGGTCGGAGGGAACTCCTACATTTTGATAGAAGAACATTGGAAGTTCAACATTCTACACACTTTCCAAATCCCTACAATCTCACTGCACTAAAAGCATTCCATTCACTTGAAAAAAGACATCAGAAAGGATTGCAATATGCAAACATGTCACCTCAAACAGTGCTTACAAGAAACAGTAGTAGTGTAACAAGTGAAAGCATGCAAGAGTGGCATTCACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

604 aa · TkA04G067970|TK1151|PROTEIN

MLVTSNNYMRQEIFGRRELLHFDRRTLEVQHSTHFPNPYNLTALKAFHSLEKRHQKGLQYANMSPQTVLTRNSSSVTSESMQEWHSPFSYEAAMEALSSLITGKKREGNSNPHGKYKKLERMSMYIQILGIKEQIADLNIIHVAGTKGKGSTCTFCEAILRENGLKTGLFTSPHLIDVKERFRLNGLEISEGQFLLYFWGCWNQLKDKVTEDLPMPPLFQFLTLLGLKIFVSEKVDVAIIEVGLGGTNDSTNVIQDPVVC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G067970`
TK1151 ID	TkA04G067970
OH-1004 ID	LXL04_036184
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G067970

位置 Chr04:18017518-18024138 (-)

描述 Similar to FPGS2: Folylpolyglutamate synthase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g10160`	催化叶酸转化为多谷氨酸衍生物，使叶酸化合物在细胞内浓缩，并保持这些辅因子在细胞内的滞留，它们是大多数参与嘌呤、嘧啶和氨基酸合成中一碳转移反应的叶酸依赖酶的重要底物。	暂无已核实直接文献
`At5g05980`	催化叶酸转化为多谷氨酸衍生物，使叶酸化合物在细胞内浓缩，并保持这些辅因子在细胞内的滞留，它们是大多数参与嘌呤、嘧啶和氨基酸合成中一碳转移反应的叶酸依赖酶的重要底物。	Functional analysis of folate polyglutamylation and its essential role in plant metabolism and development.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04336.x The folylpolyglutamate synthetase plastidial isoform is required for postembryonic root development in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1104/pp.110.168278
`At3g55630`	催化叶酸转化为多谷氨酸衍生物，使叶酸化合物在细胞内浓缩，并保持这些辅因子在细胞内的滞留，它们是大多数参与嘌呤、嘧啶和氨基酸合成中一碳转移反应的叶酸依赖酶的重要底物。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036184 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006536 glutamate metabolic process 生物过程

GO:0006730 one-carbon metabolic process 生物过程

GO:0006760 folic acid-containing compound metabolic process 生物过程

GO:0008283 cell population proliferation 生物过程

GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程

GO:0009853 photorespiration 生物过程

GO:0010449 root meristem growth 生物过程

GO:0046901 tetrahydrofolylpolyglutamate biosynthetic process 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048767 root hair elongation 生物过程

GO:0090351 seedling development 生物过程

GO:1904961 quiescent center organization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G10160

ath:AT3G55630

ath:AT5G05980

bta:505809

mmu:14287

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.666

排名 1 · TkA04G067970 · TK1151

质体0.243

排名 2 · TkA04G067970 · TK1151

细胞质0.105

排名 3 · TkA04G067970 · TK1151

细胞核0.064

排名 4 · TkA04G067970 · TK1151

过氧化物酶体0.024

排名 5 · TkA04G067970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08245Mur_ligase_M143-169 aa

PF08245Mur_ligase_M230-292 aa

PF08245Mur_ligase_M325-345 aa

PF02875Mur_ligase_C403-432 aa

PF27239FOL3_C404-446 aa

PF02875Mur_ligase_C529-550 aa

PF27239FOL3_C575-601 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G067970	`PF08245`	Mur_ligase_M	143	169	5.3e-09	37.0
TkA04G067970	`PF08245`	Mur_ligase_M	230	292	5.3e-09	37.0
TkA04G067970	`PF08245`	Mur_ligase_M	325	345	5.3e-09	37.0
TkA04G067970	`PF02875`	Mur_ligase_C	403	432	0.09	14.3
TkA04G067970	`PF27239`	FOL3_C	404	446	2e-05	25.4
TkA04G067970	`PF02875`	Mur_ligase_C	529	550	0.09	14.3
TkA04G067970	`PF27239`	FOL3_C	575	601	2e-05	25.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4J2K2`	拟南芥	sp\|F4J2K2\|FPGS2_ARATH Folylpolyglutamate synthase	56.600%	Swiss-Prot	高置信
`F4K2A1`	拟南芥	sp\|F4K2A1\|FPGS1_ARATH Folylpolyglutamate synthase	50.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q8W035`	拟南芥	sp\|Q8W035\|FPGS3_ARATH Folylpolyglutamate synthase	49.900%	Swiss-Prot	中等置信

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