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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G060160
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 16061328-16067329 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2642 bp · TkA04G060160|TK1151|cDNA

GAATTGCCATATGCTCTTTCAAGTCCCTTGAAAATAATAAATAACGGGGACAAAAAAAGGCAAAATTGAAACGAAAAGGAAGCATTCGCAGGTGCCCTTTGTCACCGGATCTCTGCAAAAAGCTCCTCTTTTTTGATCGTTTCTTCTCTACGGGCCTGCATGCCTCGTACATGCTCACCTTCCTACAATCTCCATTGTCAACTACAACTCCGAATCTTCATTCATATATCAAAATCCTAGAGAGATACAAGAAACCCCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2949 bp · TkA04G060160|TK1151|CDS

ATGTCTATCAGAGTTCTGGAGCCTGCATTTCATGGAGTTGGCCAGAAAGTAGGGATTGAAACATGGAGAATTGAGAACTCACACCCAGTACCTTTACCAATTTCTGACCATGGTAGATTCTGCTCCAGTGATTCATACATTGTCTTGAAGACTAATGGCAAGCCAGGTGCTTACACGTATCATATACACTTCTGGTTAGGCAAAGATTCTAGTCAGGATGATGCTGGAACAGCAGCTGTAAAAGCTGTTGAGCTTGATGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

982 aa · TkA04G060160|TK1151|PROTEIN

MSIRVLEPAFHGVGQKVGIETWRIENSHPVPLPISDHGRFCSSDSYIVLKTNGKPGAYTYHIHFWLGKDSSQDDAGTAAVKAVELDAVLGNRAVQYREIEGHESDRFLSYFKPCILPLDGGFGSEVESPKEEKPEEDEEKPEEENTEEEKSEEEKSVKEKKPQPRLYTCKGKHFGRLKQVPFSRSSLNHDEIFILDTKDKIFMFNGANTNIHERSKALDVVQFMKEKYHEGNCKVSIADDGKLQSDAFWGHFGGFAPIGK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G060160
TK1151 IDTkA04G060160
OH-1004 IDLXL04_018445
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)58.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.898 / OH-1004 99.683
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G060160
位置Chr04:16061328-16067329 (+)
描述Similar to VLN2: Villin-2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g41740 可能作为受 Ca²⁺ 调控的肌动蛋白结合蛋白。
Arabidopsis VILLIN2 and VILLIN3 are required for the generation of thick actin filament bundles and for directional organ growth.2012 · DOI: 10.1104/pp.111.192385
Arabidopsis VILLIN2 and VILLIN3 act redundantly in sclerenchyma development via bundling of actin filaments.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.05044.x
Arabidopsis villins promote actin turnover at pollen tube tips and facilitate the construction of actin collars.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.110940
At3g57410 结合肌动蛋白及其丝束不依赖 Ca²⁺，但切断肌动蛋白丝依赖钙离子。
Arabidopsis VILLIN1 and VILLIN3 have overlapping and distinct activities in actin bundle formation and turnover.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.076240
Arabidopsis VILLIN2 and VILLIN3 are required for the generation of thick actin filament bundles and for directional organ growth.2012 · DOI: 10.1104/pp.111.192385
Arabidopsis VILLIN2 and VILLIN3 act redundantly in sclerenchyma development via bundling of actin filaments.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.05044.x
At4g30160 结合肌动蛋白及其丝束不依赖 Ca²⁺，但可封闭肌动蛋白丝正端并以钙依赖方式切断丝状结构。
Arabidopsis VILLIN4 is involved in root hair growth through regulating actin organization in a Ca2+-dependent manner.2011 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03632.x
The universal bundling activity of AtVLN4 in diffusely growing cells.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.9.16501

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0356700 Ca²⁺调控的肌动蛋白结合蛋白（根据相似性）。
VLN2 Regulates Plant Architecture by Affecting Microfilament Dynamics and Polar Auxin Transport in Rice.2015 · DOI: 10.1105/tpc.15.00581
Os06g0659300 Ca²⁺ 调节的肌动蛋白结合蛋白。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018445 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001558 regulation of cell growth 生物过程
GO:0007015 actin filament organization 生物过程
GO:0009630 gravitropism 生物过程
GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0030042 actin filament depolymerization 生物过程
GO:0048767 root hair elongation 生物过程
GO:0051014 actin filament severing 生物过程
GO:0051017 actin filament bundle assembly 生物过程
GO:0051693 actin filament capping 生物过程
GO:0051764 actin crosslink formation 生物过程
GO:0099636 cytoplasmic streaming 生物过程
GO:2000012 regulation of auxin polar transport 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G41740
ath:AT3G57410
ath:AT4G30160
ath:AT5G57320
dosa:Os03g0356700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.733
排名 1 · TkA04G060160 · TK1151
细胞膜0.204
排名 2 · TkA04G060160 · TK1151
细胞核0.180
排名 3 · TkA04G060160 · TK1151
高尔基体0.072
排名 4 · TkA04G060160 · TK1151
内质网0.052
排名 5 · TkA04G060160 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00626Gelsolin30-108 aa
PF25466MPK1_gelsolin_C42-77 aa
PF25480DUF790443-108 aa
PF22930PDXDC1-like_cen130-156 aa
PF00626Gelsolin150-169 aa
PF00626Gelsolin178-242 aa
PF00626Gelsolin285-356 aa
PF25480DUF7904307-357 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G060160PF00626Gelsolin301087.7e-57189.8
TkA04G060160PF25466MPK1_gelsolin_C42772.3e-0628.4
TkA04G060160PF25480DUF7904431082.5e-1763.2
TkA04G060160PF22930PDXDC1-like_cen1301566.07.8
TkA04G060160PF00626Gelsolin1501697.7e-57189.8
TkA04G060160PF00626Gelsolin1782427.7e-57189.8
TkA04G060160PF00626Gelsolin2853567.7e-57189.8
TkA04G060160PF25480DUF79043073572.5e-1763.2
TkA04G060160PF25466MPK1_gelsolin_C3223542.3e-0628.4
TkA04G060160PF25480DUF79044185112.5e-1763.2
TkA04G060160PF00626Gelsolin4275027.7e-57189.8
TkA04G060160PF25466MPK1_gelsolin_C4304802.3e-0628.4
TkA04G060160PF00626Gelsolin5526007.7e-57189.8
TkA04G060160PF22930PDXDC1-like_cen5706106.07.8
TkA04G060160PF25480DUF79045746252.5e-1763.2
TkA04G060160PF25466MPK1_gelsolin_C5856202.3e-0628.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O81644拟南芥sp|O81644|VILI2_ARATH Villin-253.300%Swiss-Prot高置信
O81645拟南芥sp|O81645|VILI3_ARATH Villin-351.700%Swiss-Prot高置信
O65570拟南芥sp|O65570|VILI4_ARATH Villin-443.300%Swiss-Prot中等置信
Q10L71水稻sp|Q10L71|VLN2_ORYSJ Villin-250.100%Swiss-Prot高置信
Q67U26水稻sp|Q67U26|VLN3_ORYSJ Villin-340.700%Swiss-Prot中等置信

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