TkA04G053030 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G053030

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 14215932-14218760 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2402 bp · TkA04G053030|TK1151|cDNA

CGAGTTCTTTAACAGAACATCTTGATATATTGAAAGGATTTATTAATTTAAGTGATATTCAAAATCCAGCGATACCGGTATTCACACCACACTCTGATTGCCATAATCATCTTCTCTCTCTAGAACAACACTCACGAGTCACAGACTCCCTTCTCATCCTTTCTCTCTCTACCTTTGTCTGTCAAACCGTGAAATTTACTGATCTCGGCCTGTGGCTGTTGTTCCAGTTCCATGGCGGAATCAGCCAAGTATATGCCCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1836 bp · TkA04G053030|TK1151|CDS

ATGGCGGAATCAGCCAAGTATATGCCCGTTAATGGAGGAACTGTGGTGTCGGATTTCAAGTTTACGAAGATATTTTCCTTTACAACGAAAAGGAATAGGGCTTTTGCTTATGTATTTATCGCTGTTTTCGTTGTTCTTACCGTTTTCGTAGCTTTTAATCCGTCCTCGAATCCTGCTTCTCCATGGTTCTCGAATATCTTCACTGGTTCAGGCTTTGGGGTCGCTAGTAGTAGTAGTACAAGTTTGCAACCAAATGGTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

611 aa · TkA04G053030|TK1151|PROTEIN

MAESAKYMPVNGGTVVSDFKFTKIFSFTTKRNRAFAYVFIAVFVVLTVFVAFNPSSNPASPWFSNIFTGSGFGVASSSSTSLQPNGTASSSSDANGGIGSHFSSIYSLFFNSNSTKLNQNSTVSASSSNGTNSGSRASNNEAPTVNSDPPIAPNQTRTGGVRDKAEPQKTNQTTIGTPPSQPVSNQTTQTLPKQSSETLKNATQNGTKSSSGIPKSIREKANGSANSTSDVVNKGGTNGTNTGGLAKPGIEDLVKNLLNC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G053030`
TK1151 ID	TkA04G053030
OH-1004 ID	LXL04_018384
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	62.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.836 / OH-1004 99.847 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G053030

位置 Chr04:14215932-14218760 (+)

描述 Similar to TBR: Protein trichome birefringence

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g06700`	在纤维素沉积过程中所需。	暂无已核实直接文献
`At3g12060`	可以互补 TBR，因此功能等效，但可能在不同组织中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At1g60790`	可能作为桥联蛋白，结合果胶及其他细胞壁多糖。	暂无已核实直接文献
`At5g49340`	可能作为桥联蛋白，结合果胶及其他细胞壁多糖。	暂无已核实直接文献
`At5g20590`	可能作为桥联蛋白，结合果胶及其他细胞壁多糖。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018384 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009827 plant-type cell wall modification 生物过程

GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0045489 pectin biosynthetic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0008374 O-acyltransferase activity 分子功能

GO:0016413 O-acetyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G60790

ath:AT3G12060

ath:AT5G06700

ath:AT5G20590

ath:AT5G49340

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.572

排名 1 · TkA04G053030 · TK1151

细胞膜0.157

排名 2 · TkA04G053030 · TK1151

内质网0.084

排名 3 · TkA04G053030 · TK1151

细胞外0.064

排名 4 · TkA04G053030 · TK1151

细胞质0.053

排名 5 · TkA04G053030 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14416PMR5N259-310 aa

PF24536NXPE4_C305-355 aa

PF13839PC-Esterase312-597 aa

PF14416PMR5N431-448 aa

PF14416PMR5N471-477 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G053030	`PF14416`	PMR5N	259	310	4.5e-21	75.6
TkA04G053030	`PF24536`	NXPE4_C	305	355	0.003	17.9
TkA04G053030	`PF13839`	PC-Esterase	312	597	3.3e-102	343.0
TkA04G053030	`PF14416`	PMR5N	431	448	4.5e-21	75.6
TkA04G053030	`PF14416`	PMR5N	471	477	4.5e-21	75.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FG35`	拟南芥	sp\|Q9FG35\|TBR_ARATH Protein trichome birefringence	53.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LHL6`	拟南芥	sp\|Q9LHL6\|TBL1_ARATH Protein trichome birefringence-like 1	71.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8VYR3`	拟南芥	sp\|Q8VYR3\|TBL2_ARATH Protein trichome birefringence-like 2	59.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FJ06`	拟南芥	sp\|Q9FJ06\|TBL4_ARATH Protein trichome birefringence-like 4	56.000%	Swiss-Prot	中等置信
`F4K5K4`	拟南芥	sp\|F4K5K4\|TBL5_ARATH Protein trichome birefringence-like 5	45.900%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情