TkA04G049920 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G049920

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 13377466-13379049 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1584 bp · TkA04G049920|TK1151|cDNA

ATGCATTGTTTTCGTTCTTCCCAATCACCTTCCGATCGATACGTCAAGATTATCGAAAATTATGCTAGCAATCGAGCACTACAGTTAGGAAAACGCCTACATGCTCATCTAATCATTAATGGGTTAGCTCGTTCCCCCTACATCGCCTCAAAGCTCATATCTTTCTACACCGAATGCCGTCAAATATGTAATGCTCGCAAACTGTTTGACGAAATTCCCAAAACAAACACTCGACGTTGGACCGTTCTGGTAGGCGCATA...

CDS

下载 CDS FASTA

1584 bp · TkA04G049920|TK1151|CDS

ATGCATTGTTTTCGTTCTTCCCAATCACCTTCCGATCGATACGTCAAGATTATCGAAAATTATGCTAGCAATCGAGCACTACAGTTAGGAAAACGCCTACATGCTCATCTAATCATTAATGGGTTAGCTCGTTCCCCCTACATCGCCTCAAAGCTCATATCTTTCTACACCGAATGCCGTCAAATATGTAATGCTCGCAAACTGTTTGACGAAATTCCCAAAACAAACACTCGACGTTGGACCGTTCTGGTAGGCGCATA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

527 aa · TkA04G049920|TK1151|PROTEIN

MHCFRSSQSPSDRYVKIIENYASNRALQLGKRLHAHLIINGLARSPYIASKLISFYTECRQICNARKLFDEIPKTNTRRWTVLVGAYARHGFHQEAMDEFSEMQIEGLAPNKFIVPSVLKACGHLSDRQTGEKLHAVIVKQEFKSDPFVISALIDMYSKCGKINKARNVFDLMVKFDLVAMNTMVAGYVQHGLINEALILFTQTQSLGFVPNLVTWNTLIAGFSQANDDSNVAKLFQLMLESGIPPMWFLGLQSYQDSFK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G049920`
TK1151 ID	TkA04G049920
OH-1004 ID	LXL04_036402
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	84.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G049920

位置 Chr04:13377466-13379049 (-)

描述 Similar to PCMP-E1: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g59600

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g59600`	含有五聚重复肽的蛋白 At5g59600。	暂无已核实直接文献
`At1g20230`	含五重复肽的蛋白质 At1g20230。	暂无已核实直接文献
`At3g53360`	含五基重复蛋白 At3g53360，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At4g18750`	在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。	Identification of two pentatricopeptide repeat genes required for RNA editing and zinc binding by C-terminal cytidine deaminase-like domains.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.485755
`At4g25270`	含五个重复肽序列蛋白 At4g25270，叶绿体型。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036402 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G20230

ath:AT2G37310

ath:AT5G59600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.691

排名 1 · TkA04G049920 · TK1151

质体0.166

排名 2 · TkA04G049920 · TK1151

细胞核0.043

排名 3 · TkA04G049920 · TK1151

细胞质0.036

排名 4 · TkA04G049920 · TK1151

细胞膜0.005

排名 5 · TkA04G049920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17049AEP132-76 aa

PF00637Clathrin45-62 aa

PF29070MSC6_N50-170 aa

PF13041PPR_252-76 aa

PF01535PPR55-72 aa

PF22330Rib_mS39_PPR64-90 aa

PF12854PPR_165-71 aa

PF20431E_motif69-95 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G049920	`PF17049`	AEP1	32	76	1.5e-08	34.9
TkA04G049920	`PF00637`	Clathrin	45	62	0.0053	17.2
TkA04G049920	`PF29070`	MSC6_N	50	170	1.4e-14	54.7
TkA04G049920	`PF13041`	PPR_2	52	76	3.6e-45	152.6
TkA04G049920	`PF01535`	PPR	55	72	1.7e-46	153.9
TkA04G049920	`PF22330`	Rib_mS39_PPR	64	90	0.026	15.0
TkA04G049920	`PF12854`	PPR_1	65	71	1.5e-28	98.9
TkA04G049920	`PF20431`	E_motif	69	95	2.3e-16	60.5
TkA04G049920	`PF13812`	PPR_3	76	123	6.5e-20	71.7
TkA04G049920	`PF23276`	TPR_24	79	112	4e-11	43.7
TkA04G049920	`PF01535`	PPR	80	107	1.7e-46	153.9
TkA04G049920	`PF13041`	PPR_2	80	113	3.6e-45	152.6
TkA04G049920	`PF12854`	PPR_1	80	103	1.5e-28	98.9
TkA04G049920	`PF04354`	ZipA_C	83	104	0.17	12.4
TkA04G049920	`PF07719`	TPR_2	86	102	0.14	13.1
TkA04G049920	`PF17177`	PPR_long	94	179	2.5e-09	37.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FGR2`	拟南芥	sp\|Q9FGR2\|PP436_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g59600	43.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LNU6`	拟南芥	sp\|Q9LNU6\|PPR53_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g20230	31.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LFI1`	拟南芥	sp\|Q9LFI1\|PP280_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53360, mitochondrial	30.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SN39`	拟南芥	sp\|Q9SN39\|PP320_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic	28.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SB36`	拟南芥	sp\|Q9SB36\|PP337_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g25270, chloroplastic	33.200%	Swiss-Prot	中等置信

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