TkA04G047570 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G047570

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 12779242-12781099 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

315 bp · TkA04G047570|TK1151|cDNA

ATGGGGACGACGACGGCACTGGCGTCGGGGCTTTCAAGGAAGCTGAAGCTAGGACCGGCCCTAGCTTCCGATGCCGCCCAGCAGGCTTTGGATCGGGTGGTGGAAGGGGTTAATTCCCTAGCCGAATGCTGTGACAAAATTGCCAAATCCTTGAGTAACTGTAATGCTACTACTGGAGATATCATCAGTACCACAGAAAGGCTCAAACATGAACTTGAAATCACTACTGAGAGGCAAGAGATTGCATCATGCTTCCTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

315 bp · TkA04G047570|TK1151|CDS

ATGGGGACGACGACGGCACTGGCGTCGGGGCTTTCAAGGAAGCTGAAGCTAGGACCGGCCCTAGCTTCCGATGCCGCCCAGCAGGCTTTGGATCGGGTGGTGGAAGGGGTTAATTCCCTAGCCGAATGCTGTGACAAAATTGCCAAATCCTTGAGTAACTGTAATGCTACTACTGGAGATATCATCAGTACCACAGAAAGGCTCAAACATGAACTTGAAATCACTACTGAGAGGCAAGAGATTGCATCATGCTTCCTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

104 aa · TkA04G047570|TK1151|PROTEIN

MGTTTALASGLSRKLKLGPALASDAAQQALDRVVEGVNSLAECCDKIAKSLSNCNATTGDIISTTERLKHELEITTERQEIASCFLQDYQLSNKEVMVFLADIL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G047570`
TK1151 ID	TkA04G047570
OH-1004 ID	LXL04_036425
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 46.154 / OH-1004 42.478 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G047570

位置 Chr04:12779242-12781099 (-)

描述 Similar to COG6: Conserved oligomeric Golgi complex subunit 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g31780`	维持高尔基体正常功能所必需。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036425 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000301 retrograde transport, vesicle recycling within Golgi 生物过程

GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0007030 Golgi organization 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0017119 Golgi transport complex 细胞组分

GO:0032588 trans-Golgi network membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G31780

bta:509305

hsa:57511

mmu:67542

rno:310411

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.597

排名 1 · TkA04G047570 · TK1151

细胞核0.230

排名 2 · TkA04G047570 · TK1151

高尔基体0.179

排名 3 · TkA04G047570 · TK1151

细胞膜0.104

排名 4 · TkA04G047570 · TK1151

线粒体0.091

排名 5 · TkA04G047570 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20618GPD_NAD_C_bact10-50 aa

PF06419COG6_N25-97 aa

PF08650DASH_Dad427-62 aa

PF28544Helical_needle29-70 aa

PF04849HAP1_N30-101 aa

PF08650DASH_Dad461-73 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G047570	`PF20618`	GPD_NAD_C_bact	10	50	0.18	13.1
TkA04G047570	`PF06419`	COG6_N	25	97	3e-14	53.8
TkA04G047570	`PF08650`	DASH_Dad4	27	62	0.065	14.0
TkA04G047570	`PF28544`	Helical_needle	29	70	0.11	13.0
TkA04G047570	`PF04849`	HAP1_N	30	101	0.027	14.4
TkA04G047570	`PF08650`	DASH_Dad4	61	73	0.065	14.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6NMI3`	拟南芥	sp\|Q6NMI3\|COG6_ARATH Conserved oligomeric Golgi complex subunit 6	66.700%	Swiss-Prot	高置信

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