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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G043220
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 11622346-11622957 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

612 bp · TkA04G043220|TK1151|cDNA

ATGGCTTCAAGTCCTACACAACCTCCTAGCTTACATCATTCATGGAGTCCAATAGTGATTGCTATTGTCGGCACCATGGGAACTCTATTTCTAGTTTTTAGTTACTTTAACATACTAAAACGCTGTTCATTTCGCGAATCGTCAAGAAATGGTCAAAGAAGGCGTTTACGTGGCACAAATCTTGATGGTAATAATGATCATTCCTTACAGTTCCAGAGCCGTGGACTTGATTCATTCGCTGTTCAAATGATTCCCGCAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

612 bp · TkA04G043220|TK1151|CDS

ATGGCTTCAAGTCCTACACAACCTCCTAGCTTACATCATTCATGGAGTCCAATAGTGATTGCTATTGTCGGCACCATGGGAACTCTATTTCTAGTTTTTAGTTACTTTAACATACTAAAACGCTGTTCATTTCGCGAATCGTCAAGAAATGGTCAAAGAAGGCGTTTACGTGGCACAAATCTTGATGGTAATAATGATCATTCCTTACAGTTCCAGAGCCGTGGACTTGATTCATTCGCTGTTCAAATGATTCCCGCAAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

203 aa · TkA04G043220|TK1151|PROTEIN

MASSPTQPPSLHHSWSPIVIAIVGTMGTLFLVFSYFNILKRCSFRESSRNGQRRRLRGTNLDGNNDHSLQFQSRGLDSFAVQMIPATQFKKKKESDKVINQCDESTECAICLGEYEDDEWVKTIPNCSHVFHVSCIDTWFQTHSSCPLCRSDIFDLEVSVSECRSRGNNLIGEAVDEERLVFYQTLRSHILQNSNFASLDHNL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G043220
TK1151 IDTkA04G043220
OH-1004 IDLXL04_036467
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G043220
位置Chr04:11622346-11622957 (-)
描述Similar to ATL1: RING-H2 finger protein ATL1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g04360 RING-H2 指蛋白 ATL1。 暂无已核实直接文献
At5g43420 RING-H2 指蛋白 ATL16。 暂无已核实直接文献
At1g72200 RING-H2指蛋白ATL11。 暂无已核实直接文献
At3g16720 可能参与植物防御信号通路的早期阶段。 暂无已核实直接文献
At2g35000 E3 泛素蛋白连接酶，能够与泛素结合酶 E2 UBC8 在体外催化多泛素化反应。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036467 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G04360
ath:AT1G72200
ath:AT4G17905
ath:AT4G40070
ath:AT5G43420
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.267
排名 1 · TkA04G043220 · TK1151
细胞质0.254
排名 2 · TkA04G043220 · TK1151
细胞核0.221
排名 3 · TkA04G043220 · TK1151
溶酶体／液泡0.218
排名 4 · TkA04G043220 · TK1151
内质网0.205
排名 5 · TkA04G043220 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17869Cys_box80-118 aa
PF23412zf_RING_Vps887-99 aa
PF12906RINGv91-102 aa
PF05883Baculo_RING92-152 aa
PF14446Prok-RING_1103-136 aa
PF13920zf-C3HC4_3105-153 aa
PF11793FANCL_C105-145 aa
PF13639zf-RING_2107-150 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G043220PF17869Cys_box801180.3111.8
TkA04G043220PF23412zf_RING_Vps887992.58.7
TkA04G043220PF12906RINGv911020.006817.2
TkA04G043220PF05883Baculo_RING921520.01915.7
TkA04G043220PF14446Prok-RING_11031367.47.5
TkA04G043220PF13920zf-C3HC4_31051530.001119.5
TkA04G043220PF11793FANCL_C1051450.2112.6
TkA04G043220PF13639zf-RING_21071501.1e-1455.2
TkA04G043220PF17123zf-RING_111071365e-1039.6
TkA04G043220PF13923zf-C3HC4_21071491.1e-0938.6
TkA04G043220PF12678zf-rbx11071508e-0936.3
TkA04G043220PF14634zf-RING_51071501.1e-0526.1
TkA04G043220PF21202SLX1_C1071500.03815.0
TkA04G043220PF22908PHD_NSD1071443.08.9
TkA04G043220PF00097zf-C3HC41081491e-0732.4
TkA04G043220PF13445zf-RING_UBOX1081476.1e-0626.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P93823拟南芥sp|P93823|ATL1_ARATH RING-H2 finger protein ATL137.500%Swiss-Prot中等置信
Q9LSW9拟南芥sp|Q9LSW9|ATL16_ARATH RING-H2 finger protein ATL1635.000%Swiss-Prot中等置信
Q84W40拟南芥sp|Q84W40|ATL11_ARATH RING-H2 finger protein ATL1131.000%Swiss-Prot中等置信
Q8L9T5拟南芥sp|Q8L9T5|ATL2_ARATH RING-H2 finger protein ATL235.700%Swiss-Prot中等置信
O64763拟南芥sp|O64763|ATL9_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase ATL930.400%Swiss-Prot中等置信

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