TkA04G042680 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G042680

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 11452395-11456963 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2784 bp · TkA04G042680|TK1151|cDNA

AGATCATCTTACTCGCCCAATTTACTTTCAGTAACCGATTATTCCAACTTTGAAAGCTCTACAAGTCTGCATCTTTGTCTCTTACTTATAAAACCCTTTGCAACACGAAAACCCCACTTTGGAGTGATCGGAAATCAGTAATCGTAGAGATGGATGAAGAATTACTCGAACTACAGCGGCAATTTGAATCCGCTCAACAAGCGAAATCAAGCATTCGTTTATCAGAACGAAACGTCGTTGAATTAGTTCAAAAGCTTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2412 bp · TkA04G042680|TK1151|CDS

ATGGATGAAGAATTACTCGAACTACAGCGGCAATTTGAATCCGCTCAACAAGCGAAATCAAGCATTCGTTTATCAGAACGAAACGTCGTTGAATTAGTTCAAAAGCTTCAACAACTCCATATCATCGACTTCGATCTCCTACACACTGTATCCGGCAAAGAGTACATCACTCCTGAGCATCTACGGCTTGAGATTGTGTCAGAGATAAAGAAAATAGGGCGTGTCTCGTTGATTGATCTTGCTGATATTGTTGGTGTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

803 aa · TkA04G042680|TK1151|PROTEIN

MDEELLELQRQFESAQQAKSSIRLSERNVVELVQKLQQLHIIDFDLLHTVSGKEYITPEHLRLEIVSEIKKIGRVSLIDLADIVGVDLYHVEKQAQVVVANDSSLMLINGEIISDWYWNNVCEEINDRLQECSQIALAEIAAQLQVGSELLVTVLEPRLGSLIKGRLEGGQIYTPAYVARVNAMVRGAARGITVPMNLSMLWSSLQILLQEMDGASGVAVEGSFFQSMFNGLVKEGQVLGSVRAGVHWTPSVFAIAQREC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G042680`
TK1151 ID	TkA04G042680
OH-1004 ID	LXL04_036478
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.253 / OH-1004 99.129 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G042680

位置 Chr04:11452395-11456963 (-)

描述 Similar to Os05g0117600: E3 UFM1-protein ligase 1 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g46220`	E3 UFM1-蛋白连接酶，介导靶蛋白的UFM化。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: B8AXB6`	E3 UFM1-蛋白连接酶，介导靶蛋白的UFM化。	暂无已核实直接文献
`Os05g0117600`	E3 UFM1-蛋白连接酶，介导靶蛋白的UFM化。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036478 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000077 DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程

GO:0031397 negative regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0032434 regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0032790 ribosome disassembly 生物过程

GO:0032880 regulation of protein localization 生物过程

GO:0033146 regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G46220

dosa:Os05g0117600

osa:9266232

rno:313115

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.451

排名 1 · TkA04G042680 · TK1151

细胞核0.426

排名 2 · TkA04G042680 · TK1151

高尔基体0.144

排名 3 · TkA04G042680 · TK1151

内质网0.083

排名 4 · TkA04G042680 · TK1151

溶酶体／液泡0.050

排名 5 · TkA04G042680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09743E3_UFM1_ligase4-288 aa

PF02185HR111-40 aa

PF25212HVO_A011426-45 aa

PF25212HVO_A011462-94 aa

PF25870WHD_UFL1_5th305-351 aa

PF05642Sporozoite_P67386-482 aa

PF01080Presenilin392-480 aa

PF02862DDHD399-478 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G042680	`PF09743`	E3_UFM1_ligase	4	288	3.3e-98	329.4
TkA04G042680	`PF02185`	HR1	11	40	6.7	7.5
TkA04G042680	`PF25212`	HVO_A0114	26	45	1.1	9.7
TkA04G042680	`PF25212`	HVO_A0114	62	94	1.1	9.7
TkA04G042680	`PF25870`	WHD_UFL1_5th	305	351	8.3e-10	39.2
TkA04G042680	`PF05642`	Sporozoite_P67	386	482	2.5	6.8
TkA04G042680	`PF01080`	Presenilin	392	480	6.2	6.2
TkA04G042680	`PF02862`	DDHD	399	478	0.61	10.9
TkA04G042680	`PF09726`	Macoilin	400	552	0.6	9.4
TkA04G042680	`PF29052`	PGA28-like_dom	401	475	4.4	7.7
TkA04G042680	`PF27880`	Sec_Non_Glob	406	490	6.2	7.4
TkA04G042680	`PF05053`	Menin	423	500	3.1	6.7
TkA04G042680	`PF22038`	PRC2_EED_ins	425	492	0.39	11.5
TkA04G042680	`PF02862`	DDHD	510	558	0.61	10.9
TkA04G042680	`PF25212`	HVO_A0114	525	555	1.1	9.7
TkA04G042680	`PF09236`	AHSP	536	558	0.13	13.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LX73`	拟南芥	sp\|Q9LX73\|UFL1_ARATH E3 UFM1-protein ligase 1 homolog	58.100%	Swiss-Prot	高置信
`B8AXB6`	水稻	sp\|B8AXB6\|UFL1_ORYSI E3 UFM1-protein ligase 1 homolog	55.000%	Swiss-Prot	高置信
`B9FM64`	水稻	sp\|B9FM64\|UFL1_ORYSJ E3 UFM1-protein ligase 1 homolog	55.000%	Swiss-Prot	高置信

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