TkA04G042630 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G042630

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 11427428-11432084 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3700 bp · TkA04G042630|TK1151|cDNA

CTTGTTTAAAATCATCAAATAAAAGAAGGAAGTTAAGTTTTGCAACACCTAAAAGGTTTGTATTTATTTTTAAATATCTAATCCTCATTCTCGCTCAATCTCACTTTGTGTTCTTTTCCCAGGGACAGGAAAACCGATACGAAGGAAATCTGTTTGGATTTGGTTGATTTCGTTTACATTGATGGTAGATGGGCAAAGGAGCCCGAAACCACGGGATGAAAGAGAGCACAAGCAAATCATCATCAAAGGATCAAAATGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

3123 bp · TkA04G042630|TK1151|CDS

ATGGGCAAAGGAGCCCGAAACCACGGGATGAAAGAGAGCACAAGCAAATCATCATCAAAGGATCAAAATGTATACGCGGCGTGGGCAAAGGATGTGAAAGAATGCGAAGAGAACTATCAGGTGAATAGAGAACAAGGTCTATCTGATAATGAAGTCGCGAAGCGGTTACAGACCTACGGGAAAAACGAATTGGAAAAGCACGAAGGTCAGTCCATCATCCGTCTTATTCTAGATCAATTCAACGATACTCTAGTTAGAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1040 aa · TkA04G042630|TK1151|PROTEIN

MGKGARNHGMKESTSKSSSKDQNVYAAWAKDVKECEENYQVNREQGLSDNEVAKRLQTYGKNELEKHEGQSIIRLILDQFNDTLVRILLAAAVISFILAWYDGDEGGEMEITAFVEPLVIFLILIVNAMVGVWQENNAEKALEALKEIQSDQATVIRNGRKILTLPAKELVPGDIVELRVGDKIPADMRILHLISSTLRIEQGSLTGESEAVSKTTKPVSEDCDIQGKKCIVFAGTTVVNGNCVCLVISTGMNTEIGKVH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G042630`
TK1151 ID	TkA04G042630
OH-1004 ID	LXL04_036481
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G042630

位置 Chr04:11427428-11432084 (-)

描述 Similar to ECA1: Calcium-transporting ATPase 1, endoplasmic reticulum-type

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g07810`	这种依赖镁的酶催化ATP水解，同时将钙从细胞质转运到内质网腔。	暂无已核实直接文献
`At1g07670`	这种依赖镁的酶催化ATP的水解，同时伴随钙从胞质转运到内膜区室。	暂无已核实直接文献
`At4g00900`	这种依赖镁的酶催化ATP的水解，同时伴随钙从胞质转运到内膜区室。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036481 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006816 calcium ion transport 生物过程

GO:0006874 intracellular calcium ion homeostasis 生物过程

GO:0010042 response to manganese ion 生物过程

GO:0070588 calcium ion transmembrane transport 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005388 P-type calcium transporter activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07670

ath:AT1G07810

ath:AT4G00900

sly:543554

tgo:TGME49_230420

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.394

排名 1 · TkA04G042630 · TK1151

细胞膜0.263

排名 2 · TkA04G042630 · TK1151

高尔基体0.177

排名 3 · TkA04G042630 · TK1151

细胞质0.106

排名 4 · TkA04G042630 · TK1151

溶酶体／液泡0.094

排名 5 · TkA04G042630 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00690Cation_ATPase_N28-95 aa

PF12725DUF381082-154 aa

PF00689Cation_ATPase_C101-101 aa

PF00122E1-E2_ATPase148-262 aa

PF00702Hydrolase380-407 aa

PF13246Cation_ATPase438-616 aa

PF23282WHD_ROQ1442-477 aa

PF23282WHD_ROQ1513-526 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G042630	`PF00690`	Cation_ATPase_N	28	95	4.1e-21	75.1
TkA04G042630	`PF12725`	DUF3810	82	154	0.27	11.3
TkA04G042630	`PF00689`	Cation_ATPase_C	101	101	9e-49	166.3
TkA04G042630	`PF00122`	E1-E2_ATPase	148	262	9.1e-24	83.9
TkA04G042630	`PF00702`	Hydrolase	380	407	2.6e-19	71.1
TkA04G042630	`PF13246`	Cation_ATPase	438	616	5.1e-36	124.9
TkA04G042630	`PF23282`	WHD_ROQ1	442	477	0.13	13.1
TkA04G042630	`PF23282`	WHD_ROQ1	513	526	0.13	13.1
TkA04G042630	`PF00702`	Hydrolase	604	725	2.6e-19	71.1
TkA04G042630	`PF12710`	HAD	612	722	1.9e-05	25.9
TkA04G042630	`PF08282`	Hydrolase_3	615	650	9.8e-06	26.2
TkA04G042630	`PF08282`	Hydrolase_3	699	754	9.8e-06	26.2
TkA04G042630	`PF00689`	Cation_ATPase_C	797	1022	9e-49	166.3
TkA04G042630	`PF12725`	DUF3810	985	1019	0.27	11.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P92939`	拟南芥	sp\|P92939\|ECA1_ARATH Calcium-transporting ATPase 1, endoplasmic reticulum-type	78.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9XES1`	拟南芥	sp\|Q9XES1\|ECA4_ARATH Calcium-transporting ATPase 4, endoplasmic reticulum-type	77.900%	Swiss-Prot	高置信
`O23087`	拟南芥	sp\|O23087\|ECA2_ARATH Calcium-transporting ATPase 2, endoplasmic reticulum-type	63.800%	Swiss-Prot	高置信

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