TkA04G042180 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G042180

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 11308101-11310630 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

879 bp · TkA04G042180|TK1151|cDNA

TTCAGCCCTAAATAACTTCGACCTCTACTCTGATACTCTCCCAGGTTTCCGAGTTTTCGATTTCGAAGTCCGTCAACGCATCACTCGATCATCACCTTTCCCATTTTGCATTCGGCTCTCTACTCTGTGTACAGGCTCCCCAAATCGAAACAGCCCACAGAAAGCAAGAAAAAAGGATAAAGCATGTTGGACATAAATCTATTTAGGGAGGAAAAAGGCAACAATCCAGAAATCATACGGGAATCTCAACGCCGAAGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

354 bp · TkA04G042180|TK1151|CDS

ATGTTGGACATAAATCTATTTAGGGAGGAAAAAGGCAACAATCCAGAAATCATACGGGAATCTCAACGCCGAAGGTTTGCAAATGTTGAAATTGTTGATGAAGTTATTCATCTTGACAAGGAGTGGCGACAACGTCAATTTGAGCTGGAACAGTTGCGCAAAGACTTCAACAGGATTACCAAAGAAGTTGCTAAACTTAGGATTGCTGGGGAAGATGCAAGTTCCATGACAAAAAATATAGAGGAAAACAAGGACTCAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

117 aa · TkA04G042180|TK1151|PROTEIN

MLDINLFREEKGNNPEIIRESQRRRFANVEIVDEVIHLDKEWRQRQFELEQLRKDFNRITKEVAKLRIAGEDASSMTKNIEENKDSIAKKDTEVQKPVQHYIQIGVGWESCPRFSSC

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G042180`
TK1151 ID	TkA04G042180
OH-1004 ID	LXL04_036542
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 82.051 / OH-1004 21.007 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G042180

位置 Chr04:11308101-11310630 (-)

描述 Similar to Serine--tRNA ligase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g27470`	催化丝氨酸在两个步骤中附着到tRNA(Ser)：丝氨酸首先被ATP活化形成Ser-AMP，然后转移到tRNA(Ser)的受体末端。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036542 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002181 cytoplasmic translation 生物过程

GO:0006434 seryl-tRNA aminoacylation 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0045335 phagocytic vesicle 细胞组分

GO:0000049 tRNA binding 分子功能

GO:0004828 serine-tRNA ligase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G27470

cal:CAALFM_C302780WA

ddi:DDB_G0272660

spo:2542163

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.679

排名 1 · TkA04G042180 · TK1151

细胞核0.216

排名 2 · TkA04G042180 · TK1151

线粒体0.120

排名 3 · TkA04G042180 · TK1151

质体0.094

排名 4 · TkA04G042180 · TK1151

过氧化物酶体0.091

排名 5 · TkA04G042180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02403Seryl_tRNA_N1-96 aa

PF15035Rootletin9-83 aa

PF15717PCM1_C13-94 aa

PF02410RsfS14-81 aa

PF23875DUF722914-61 aa

PF03938OmpH17-100 aa

PF20700Mutator18-113 aa

PF06156YabA29-99 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G042180	`PF02403`	Seryl_tRNA_N	1	96	8.4e-23	81.4
TkA04G042180	`PF15035`	Rootletin	9	83	0.18	12.5
TkA04G042180	`PF15717`	PCM1_C	13	94	0.015	14.7
TkA04G042180	`PF02410`	RsfS	14	81	0.068	13.4
TkA04G042180	`PF23875`	DUF7229	14	61	0.1	13.5
TkA04G042180	`PF03938`	OmpH	17	100	0.092	13.7
TkA04G042180	`PF20700`	Mutator	18	113	0.0081	15.8
TkA04G042180	`PF06156`	YabA	29	99	0.0045	18.3
TkA04G042180	`PF12325`	TMF_TATA_bd	34	96	0.28	12.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39230`	拟南芥	sp\|Q39230\|SYSC_ARATH Serine--tRNA ligase, cytoplasmic	66.700%	Swiss-Prot	高置信

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