TkA04G041390 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G041390

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 11066826-11074122 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4380 bp · TkA04G041390|TK1151|cDNA

CACTTCTAAAACCCTAACCTGCGAACGAACTGCAAACCCCTCTCCTTCAACCCGTGCTCTATGGCACATGCGATGAATAGAAACAGAGGACAAGAAACCACCCTCACATTCACGAAACATCCTTATGTCGAAGATAAAGGCCCCCGAAGGATCGAGAGCATTAAGTTCTCGATGTTTTCTGACTCCGATGTTCTCAAAATGGGGGAAGTTCAGGTTTCGTGCTCCCGATGTTACGTGAGTCAAGAGGACAAAAGCCCTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

4218 bp · TkA04G041390|TK1151|CDS

ATGGCACATGCGATGAATAGAAACAGAGGACAAGAAACCACCCTCACATTCACGAAACATCCTTATGTCGAAGATAAAGGCCCCCGAAGGATCGAGAGCATTAAGTTCTCGATGTTTTCTGACTCCGATGTTCTCAAAATGGGGGAAGTTCAGGTTTCGTGCTCCCGATGTTACGTGAGTCAAGAGGACAAAAGCCCTGTTGCCAATGGATTACTGGATGCACATATGGGTCCTCCAAACAAGCAAGGCACATGTGAGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1405 aa · TkA04G041390|TK1151|PROTEIN

MAHAMNRNRGQETTLTFTKHPYVEDKGPRRIESIKFSMFSDSDVLKMGEVQVSCSRCYVSQEDKSPVANGLLDAHMGPPNKQGTCETCHGKFENCPGHFGYLTLALPVFNVGYLSHIIDILKCICKSCARILLVEEERVGVLKKMRNPKLDHLRKNETFKKVVKRCTAMVSSKKAVKCSRCGYINGIVKKLAGTVAVVHDRSHVQENSLKDSKGAIKQMKESKPSVTFLPHLNPDKVLKLFKKMLDEDCDLLYLADRPEK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G041390`
TK1151 ID	TkA04G041390
OH-1004 ID	LXL04_036490
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G041390

位置 Chr04:11066826-11074122 (-)

描述 Similar to NRPC1: DNA-directed RNA polymerase III subunit 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g60040`	DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036490 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006383 transcription by RNA polymerase III 生物过程

GO:0006384 transcription initiation at RNA polymerase III promoter 生物过程

GO:0006386 termination of RNA polymerase III transcription 生物过程

GO:0032728 positive regulation of interferon-beta production 生物过程

GO:0042797 tRNA transcription by RNA polymerase III 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0000428 DNA-directed RNA polymerase complex 细胞组分

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G60040

bta:540308

dha:DEHA2G12980g

sce:YOR116C

spo:2541094

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.909

排名 1 · TkA04G041390 · TK1151

细胞质0.132

排名 2 · TkA04G041390 · TK1151

线粒体0.029

排名 3 · TkA04G041390 · TK1151

细胞膜0.022

排名 4 · TkA04G041390 · TK1151

内质网0.010

排名 5 · TkA04G041390 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04997RNA_pol_Rpb1_129-371 aa

PF04998RNA_pol_Rpb1_5174-203 aa

PF00623RNA_pol_Rpb1_2373-539 aa

PF04983RNA_pol_Rpb1_3542-721 aa

PF05000RNA_pol_Rpb1_4750-852 aa

PF04998RNA_pol_Rpb1_5859-1339 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G041390	`PF04997`	RNA_pol_Rpb1_1	29	371	1e-74	252.4
TkA04G041390	`PF04998`	RNA_pol_Rpb1_5	174	203	1.6e-89	300.7
TkA04G041390	`PF00623`	RNA_pol_Rpb1_2	373	539	2.1e-73	246.8
TkA04G041390	`PF04983`	RNA_pol_Rpb1_3	542	721	3.1e-39	135.2
TkA04G041390	`PF05000`	RNA_pol_Rpb1_4	750	852	8.9e-33	113.1
TkA04G041390	`PF04998`	RNA_pol_Rpb1_5	859	1339	1.6e-89	300.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JXF9`	拟南芥	sp\|F4JXF9\|NRPC1_ARATH DNA-directed RNA polymerase III subunit 1	62.300%	Swiss-Prot	高置信

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