TkA04G039800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G039800

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 10653297-10656588 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2131 bp · TkA04G039800|TK1151|cDNA

AACCACTATATCCAAGAATCTCAAACCGATAAAGTTACCCCTTTTAACATTGTTACCCGTTGATAGTATATGGTGGAGCTTATCAAGAAAAACGGATAGATTTGCTGGATTACATTTACACTCACTTTAACATTGTCTTCCTTGTGGATAATAAAAACCAGACTCAAAATATCCATAACCATCTCTCTCTAACAGCTCAACTTCAAGAGAGAGAGAGCGCGCTCTCATGGACGCCTTAGCTTTCTCTGCCGTTACTTCCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1731 bp · TkA04G039800|TK1151|CDS

ATGGACGCCTTAGCTTTCTCTGCCGTTACTTCCCGCCATATCTCCGTAACTCTCCCGAGAAAGACGCACCACAATCACCCTTCTTCACCTTGGACCGGTTCAACTTCGCCGCACATGCTCTCATTCCGCTTCAGCAATTCATCATCGACGAGGGAGCTATGGGGAATTGTGAATTCTCAGAGAGTAATTACGGTCAGGAGGGAGAGGCGTGGAGTAATCCGAGCAGAAATGTTCGGTCAGCTAACTAGCGGCCTCGAATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

576 aa · TkA04G039800|TK1151|PROTEIN

MDALAFSAVTSRHISVTLPRKTHHNHPSSPWTGSTSPHMLSFRFSNSSSTRELWGIVNSQRVITVRRERRGVIRAEMFGQLTSGLESAWNRLKGEEVLTKENIVEPMRDIRRALLEADVSLPVVRRFVQTVSEQAVGVGVIRGVRPDQQLVKIVSDELVKLMGGEVSELTFSKSGPTVILLAGLQGVGKTTVSAKLALYLKKQGKSCMLIAGDVYRPAAIDQLVILGKQVDVPVYAVGTDAKPAEIAKQGLQEAKKKNVD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G039800`
TK1151 ID	TkA04G039800
OH-1004 ID	LXL04_036512
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 92.014 / OH-1004 93.972 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G039800

位置 Chr04:10653297-10656588 (+)

描述 Similar to FFC: Signal recognition particle 54 kDa protein, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g03940`	参与类囊体蛋白的共翻译和翻译后分选。	Functional characterization of recombinant chloroplast signal recognition particle.2001 · DOI: 10.1074/jbc.m103470200 Quantitative proteomics of a chloroplast SRP54 sorting mutant and its genetic interactions with CLPC1 in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.124545

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036512 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006614 SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane 生物过程

GO:0070208 protein heterotrimerization 生物过程

GO:0005786 signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0032991 protein-containing complex 细胞组分

GO:0048500 signal recognition particle 细胞组分

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

GO:0008312 7S RNA binding 分子功能

GO:0019904 protein domain specific binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G03940

bsu:BSU15980

smu:SMU_1060

syf:Synpcc7942_1771

syn:slr1531

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.968

排名 1 · TkA04G039800 · TK1151

线粒体0.049

排名 2 · TkA04G039800 · TK1151

细胞质0.017

排名 3 · TkA04G039800 · TK1151

细胞核0.014

排名 4 · TkA04G039800 · TK1151

过氧化物酶体0.012

排名 5 · TkA04G039800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02881SRP54_N81-158 aa

PF06414Zeta_toxin171-276 aa

PF015916PF2K172-215 aa

PF13604AAA_30173-270 aa

PF24883NPHP3_N173-208 aa

PF13191AAA_16174-213 aa

PF04851ResIII174-207 aa

PF07693KAP_NTPase174-282 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G039800	`PF02881`	SRP54_N	81	158	7.5e-18	65.2
TkA04G039800	`PF06414`	Zeta_toxin	171	276	1.7e-08	34.9
TkA04G039800	`PF01591`	6PF2K	172	215	0.0016	18.6
TkA04G039800	`PF13604`	AAA_30	173	270	0.064	13.7
TkA04G039800	`PF24883`	NPHP3_N	173	208	0.068	14.1
TkA04G039800	`PF13191`	AAA_16	174	213	0.01	17.1
TkA04G039800	`PF04851`	ResIII	174	207	0.022	15.4
TkA04G039800	`PF07693`	KAP_NTPase	174	282	0.029	14.3
TkA04G039800	`PF13401`	AAA_22	175	287	0.00018	22.5
TkA04G039800	`PF00448`	SRP54	176	371	9.2e-77	257.8
TkA04G039800	`PF01583`	APS_kinase	177	218	2.4e-05	25.1
TkA04G039800	`PF02374`	ArsA_ATPase	178	213	3.1e-05	24.1
TkA04G039800	`PF10609`	ParA	178	226	0.00012	22.4
TkA04G039800	`PF02492`	cobW	178	300	0.0006	20.2
TkA04G039800	`PF20720`	nSTAND3	178	210	0.00096	19.6
TkA04G039800	`PF13671`	AAA_33	178	216	0.0082	17.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P37107`	拟南芥	sp\|P37107\|SR54C_ARATH Signal recognition particle subunit SRP54, chloroplastic	84.900%	Swiss-Prot	高置信

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